转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 137 / 139 下载 TSV

上一页 137 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000962 Chr01 NC_080387.1:20399800-20399811promoter 内 2678-2689 bp + 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20401123-20430750(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGGGCC
SmilChr04G003743 Chr04 NC_080390.1:53732681-53732692promoter 内 2376-2387 bp - 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53726226-53731067(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTGGGACGTGGC
SmilChr02G002304 Chr02 NC_080388.1:40655343-40655354promoter 内 2254-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40647737-40653607(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGGCGTCAGCA
SmilChr04G003953 Chr04 NC_080390.1:55081382-55081393promoter 内 2209-2220 bp - 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55083174-55083254(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAAACGTCAGCG
SmilChr02G001609 Chr02 NC_080388.1:29954988-29954999promoter 内 2129-2140 bp + 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29956860-29957405(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGTATC
SmilChr02G003336 Chr02 NC_080388.1:54602318-54602329promoter 内 2010-2021 bp + 1980 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54599667-54600338(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAAACGTCAGCG
SmilChr03G004017 Chr03 NC_080389.1:59152664-59152675promoter 内 1834-1845 bp + 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59154831-59157772(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGTATC
SmilChr01G005264 Chr01 NC_080387.1:70105096-70105107promoter 内 1825-1836 bp + 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 70107272-70111578(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGCA
SmilChr02G000096 Chr02 NC_080388.1:1263015-1263026promoter 内 1798-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1256990-1260823(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCCCGTCAGCG
SmilChr01G005281 Chr01 NC_080387.1:70202127-70202138promoter 内 1775-1786 bp + 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 70204353-70208629(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGCA
SmilChr01G002158 Chr01 NC_080387.1:37590625-37590636promoter 内 1635-1646 bp + 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37592991-37593703(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGCGCC
SmilChr02G001421 Chr02 NC_080388.1:26825559-26825570promoter 内 1511-1522 bp + 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26821704-26823080(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCCCGTCAGCG
SmilChr04G003459 Chr04 NC_080390.1:51067670-51067681promoter 内 1494-1505 bp + 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51063886-51065174(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACGTCAGAT
SmilChr01G003104 Chr01 NC_080387.1:49849992-49850003promoter 内 1454-1465 bp - 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49852539-49854024(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACGTCAGTT
SmilChr04G003862 Chr04 NC_080390.1:54551341-54551352promoter 内 1136-1147 bp + 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54554206-54556288(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AACTGACGTGCT
SmilChr02G002433 Chr02 NC_080388.1:42369907-42369918promoter 内 1059-1070 bp + 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42372849-42373669(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTCTT
SmilChr02G000097 Chr02 NC_080388.1:1263015-1263026promoter 内 1049-1060 bp + 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1265967-1268801(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGGGCC
SmilChr04G002536 Chr04 NC_080390.1:40529426-40529437promoter 内 928-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40532499-40534077(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACGTCAGTT
SmilChr03G002003 Chr03 NC_080389.1:29849622-29849633promoter 内 803-814 bp - 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29852820-29853405(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGGCGTCAGCA
SmilChr04G003860 Chr04 NC_080390.1:54551341-54551352promoter 内 789-800 bp + 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54544578-54548140(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCACGTCAGTT
SmilChr02G003339 Chr02 NC_080388.1:54602318-54602329promoter 内 493-504 bp + 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54605826-54606361(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGTTTC
SmilChr02G001224 Chr02 NC_080388.1:22526567-22526578promoter 内 458-469 bp + 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22520145-22523035(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCCTGA
SmilChr02G003385 Chr02 NC_080388.1:54966062-54966073promoter 内 313-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54958479-54962385(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCCCAA
SmilChr02G000666 Chr02 NC_080388.1:10231608-10231619promoter 内 3682-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 10231927-10233018(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGAG
SmilChr03G003408 Chr03 NC_080389.1:52419912-52419923promoter 内 3340-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 52420573-52424371(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGAG
SmilChr05G000427 Chr05 NC_080391.1:3218560-3218571promoter 内 3100-3111 bp + 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 3212662-3217670(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCACGTCACTT
SmilChr05G000428 Chr05 NC_080391.1:3218621-3218632promoter 内 2998-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 3219624-3221114(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGAG
SmilChr03G001201 Chr03 NC_080389.1:13851052-13851063promoter 内 2604-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 13852449-13853402(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATGTGACGTGAG
SmilChr01G001428 Chr01 NC_080387.1:27919980-27919991promoter 内 2516-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 27921465-27924019(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCACGTCACTT
SmilChr04G002310 Chr04 NC_080390.1:37404243-37404254promoter 内 2453-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 2 37405791-37411721(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGAG
SmilChr02G003239 Chr02 NC_080388.1:53663421-53663432promoter 内 3980-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 53663442-53668441(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGAG
SmilChr04G000832 Chr04 NC_080390.1:10462469-10462480promoter 内 3844-3855 bp + 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10460599-10462323(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCACGTCACAT
SmilChr02G000711 Chr02 NC_080388.1:11457524-11457535promoter 内 3753-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 11457772-11472778(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGACGTCAGTC
SmilChr02G003662 Chr02 NC_080388.1:58009779-58009790promoter 内 3734-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 58010046-58016971(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAGTGACGTGAA
SmilChr02G003887 Chr02 NC_080388.1:60957359-60957370promoter 内 3693-3704 bp - 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 60953433-60957062(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATGTGACGTGAG
SmilChr04G000913 Chr04 NC_080390.1:11893154-11893165promoter 内 3672-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 11893483-11894214(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGACGTCAGAG
SmilChr04G001749 Chr04 NC_080390.1:28796804-28796815promoter 内 3591-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 28795046-28796405(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTCACGTCACAC
SmilChr02G001496 Chr02 NC_080388.1:27902710-27902721promoter 内 3420-3431 bp + 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 27900496-27902140(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCACGTCATGT
SmilChr04G003282 Chr04 NC_080390.1:49495534-49495545promoter 内 3377-3388 bp - 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49496158-49498946(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGACGTCAGTC
SmilChr02G000777 Chr02 NC_080388.1:12730249-12730260promoter 内 3350-3361 bp + 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 12730900-12731858(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTCTGACGTCAC
SmilChr02G001449 Chr02 NC_080388.1:27182457-27182468promoter 内 3261-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 27179273-27181728(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCACGTCATGT
SmilChr05G000323 Chr05 NC_080391.1:2427537-2427548promoter 内 3258-3269 bp + 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 2425435-2426805(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCACGTCACTT
SmilChr01G002620 Chr01 NC_080387.1:44467491-44467502promoter 内 3243-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 44468249-44469037(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTCACGTCACAC
SmilChr04G003038 Chr04 NC_080390.1:46869305-46869316promoter 内 3193-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46870113-46873349(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCACGTCAAGC
SmilChr02G004932 Chr02 NC_080388.1:71316068-71316079promoter 内 3130-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 71313833-71315208(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGAG
SmilChr02G004548 Chr02 NC_080388.1:68028919-68028930promoter 内 3093-3104 bp + 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 68021422-68028022(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTCACGTCACTG
SmilChr01G002619 Chr01 NC_080387.1:44456777-44456788promoter 内 2955-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 44457823-44458322(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TTCACGTCACAC
SmilChr02G000775 Chr02 NC_080388.1:12724527-12724538promoter 内 2953-2964 bp + 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 12722107-12723490(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GTGACGTCAGAC
SmilChr02G004245 Chr02 NC_080388.1:64644864-64644875promoter 内 2924-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 64645941-64648038(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTGTGACGTGAT
SmilChr02G000155 Chr02 NC_080388.1:2017792-2017803promoter 内 2891-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 2018902-2021942(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGAG