转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 138 / 161 下载 TSV

上一页 138 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003872 Chr02 NC_080388.1:60752896-60752909promoter 内 168-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 60756729-60759180(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAAAG
SmilChr04G003079 Chr04 NC_080390.1:47405404-47405417promoter 内 127-140 bp + 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 47399044-47401543(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TATAAGTCAAAGCA
SmilChr05G001927 Chr05 NC_080391.1:19553581-19553594promoter 内 121-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 19557461-19560655(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAACTA
SmilChr05G001160 Chr05 NC_080391.1:9746522-9746535promoter 内 117-130 bp - 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 9739071-9742651(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCGTTGACCTCAA
SmilChr02G005014 Chr02 NC_080388.1:71920604-71920617promoter 内 43-56 bp - 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 71924562-71926068(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAGAGTCAACCCC
SmilChr02G004693 Chr02 NC_080388.1:69273441-69273454promoter 内 12-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69277430-69280513(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGAAGTCAAAGGT
SmilChr05G003837 Chr05 NC_080391.1:51823539-51823552promoter 内 6-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 51827534-51829066(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTCATG
SmilChr01G001093 Chr01 NC_080387.1:22378609-22378622promoter 内 2887-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 22379723-22397006(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAGTTGACTATGA
SmilChr07G004326 Chr07 NC_080393.1:55826935-55826948promoter 内 2608-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 55822442-55825555(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACTC
SmilChr06G001587 Chr06 NC_080392.1:17363353-17363366promoter 内 2604-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 17364750-17369808(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATTTGACTTTCA
SmilChr01G005816 Chr01 NC_080387.1:74155108-74155121promoter 内 2331-2344 bp + 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 74152452-74153451(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAAAGTCAAAACT
SmilChr01G006137 Chr01 NC_080387.1:76890395-76890408promoter 内 2235-2248 bp + 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 76884284-76888642(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGAAGTCAACATA
SmilChr02G004635 Chr02 NC_080388.1:68821996-68822009promoter 内 2097-2110 bp + 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 68818426-68820105(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCGAAGTCAAAGTT
SmilChr02G003484 Chr02 NC_080388.1:56107271-56107284promoter 内 1898-1911 bp + 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 56105110-56105181(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCATAGTCAACCCA
SmilChr01G004689 Chr01 NC_080387.1:64929955-64929968promoter 内 1573-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 64932383-64934344(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATTTGACTTTCA
SmilChr01G005127 Chr01 NC_080387.1:69069806-69069819promoter 内 3987-4000 bp + 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 69064746-69069805(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAAACAG
SmilChr03G002277 Chr03 NC_080389.1:35932427-35932440promoter 内 3976-3989 bp + 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 35928546-35932415(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAAACCA
SmilChr01G002427 Chr01 NC_080387.1:41806075-41806088promoter 内 3970-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 41802750-41806057(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr02G003125 Chr02 NC_080388.1:52247733-52247746promoter 内 3970-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52244355-52247715(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr04G002557 Chr04 NC_080390.1:40877490-40877503promoter 内 3970-3983 bp + 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40877521-40880801(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr05G002201 Chr05 NC_080391.1:23464773-23464786promoter 内 3959-3972 bp - 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 23461395-23464744(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr05G003633 Chr05 NC_080391.1:48716421-48716434promoter 内 3947-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48716475-48719803(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr02G002231 Chr02 NC_080388.1:39676486-39676499promoter 内 3945-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39662614-39676443(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr01G002065 Chr01 NC_080387.1:36508051-36508064promoter 内 3918-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36504862-36507981(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAAAC
SmilChr03G004138 Chr03 NC_080389.1:60223924-60223937promoter 内 3918-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60224007-60233480(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACGTTGACCTATC
SmilChr01G006006 Chr01 NC_080387.1:75627080-75627093promoter 内 3914-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 75623935-75627006(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr01G004076 Chr01 NC_080387.1:59204413-59204426promoter 内 3902-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 59201299-59204327(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGGTTGACTTGTT
SmilChr03G001151 Chr03 NC_080389.1:13277675-13277688promoter 内 3902-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13274311-13277589(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr01G002093 Chr01 NC_080387.1:36947254-36947267promoter 内 3897-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36947358-36950451(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAAAC
SmilChr08G000173 Chr08 NC_080394.1:1183893-1183906promoter 内 3875-3888 bp + 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1184019-1185705(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAGTTGACTCTTA
SmilChr01G003547 Chr01 NC_080387.1:54069222-54069235promoter 内 3848-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54069375-54071693(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr07G004370 Chr07 NC_080393.1:56242340-56242353promoter 内 3831-3844 bp + 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56242510-56245743(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr01G004196 Chr01 NC_080387.1:60417294-60417307promoter 内 3792-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60417503-60433614(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAGTTGACTTGTT
SmilChr03G002293 Chr03 NC_080389.1:36136308-36136321promoter 内 3789-3802 bp + 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36136520-36139697(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr01G001897 Chr01 NC_080387.1:34086316-34086329promoter 内 3787-3800 bp + 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34085428-34086115(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCGAAGTCAACATT
SmilChr04G001160 Chr04 NC_080390.1:17164959-17164972promoter 内 3787-3800 bp - 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17161589-17164758(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr01G002988 Chr01 NC_080387.1:48816727-48816740promoter 内 3782-3795 bp - 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48814174-48816521(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAGTTTGACTTTCT
SmilChr03G003750 Chr03 NC_080389.1:56558137-56558150promoter 内 3775-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56552003-56557924(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTAAACGTC
SmilChr08G000174 Chr08 NC_080394.1:1188346-1188359promoter 内 3755-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1188592-1197568(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAGTTGACTCTTA
SmilChr06G000521 Chr06 NC_080392.1:4294884-4294897promoter 内 3714-3727 bp + 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4295171-4298274(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr03G001542 Chr03 NC_080389.1:19352158-19352171promoter 内 3704-3717 bp + 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19349623-19351874(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr02G003065 Chr02 NC_080388.1:51504016-51504029promoter 内 3701-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51504316-51507353(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr07G000265 Chr07 NC_080393.1:1713613-1713626promoter 内 3699-3712 bp - 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1713915-1717093(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACAT
SmilChr01G004077 Chr01 NC_080387.1:59204413-59204426promoter 内 3680-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 59204734-59207177(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACAAGTCAACCTA
SmilChr01G001665 Chr01 NC_080387.1:30721118-30721131promoter 内 3678-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30721441-30724947(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr07G004517 Chr07 NC_080393.1:57827567-57827580promoter 内 3675-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 57827893-57830355(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAGAGTCAACGTA
SmilChr01G004206 Chr01 NC_080387.1:60502842-60502855promoter 内 3670-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60503173-60504883(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATTTGACTTTCA
SmilChr07G004081 Chr07 NC_080393.1:52259288-52259301promoter 内 3669-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52259620-52271226(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr07G001337 Chr07 NC_080393.1:10338762-10338775promoter 内 3635-3648 bp - 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 10336827-10338409(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr06G003267 Chr06 NC_080392.1:45300806-45300819promoter 内 3619-3632 bp - 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45297471-45300437(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT