转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 140 / 161 下载 TSV

上一页 140 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004137 Chr03 NC_080389.1:60223924-60223937promoter 内 3470-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 60220415-60223406(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GATAGGTCAACGTT
SmilChr07G002344 Chr07 NC_080393.1:21785377-21785390promoter 内 3470-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21781569-21784859(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr04G003036 Chr04 NC_080390.1:46845138-46845151promoter 内 3469-3482 bp + 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 46845670-46846062(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTATTA
SmilChr01G003823 Chr01 NC_080387.1:56559814-56559827promoter 内 3458-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56560357-56560430(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTTTTGACTTTCG
SmilChr02G003615 Chr02 NC_080388.1:57408832-57408845promoter 内 3454-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 57409379-57422409(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr01G003843 Chr01 NC_080387.1:56755804-56755817promoter 内 3453-3466 bp - 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56755196-56755269(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTTTTGACTTTCG
SmilChr06G000720 Chr06 NC_080392.1:6574417-6574430promoter 内 3453-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 6571914-6573882(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr04G003184 Chr04 NC_080390.1:48549193-48549206promoter 内 3452-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48548265-48548657(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTATTA
SmilChr01G006082 Chr01 NC_080387.1:76278374-76278387promoter 内 3445-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 76278930-76279670(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TATGTTGACTTCTC
SmilChr01G001664 Chr01 NC_080387.1:30721118-30721131promoter 内 3415-3428 bp + 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30719296-30720545(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr05G004180 Chr05 NC_080391.1:55712085-55712098promoter 内 3367-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55707244-55711464(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTAAACGTC
SmilChr02G003949 Chr02 NC_080388.1:61651431-61651444promoter 内 3354-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 61650183-61650797(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr07G000952 Chr07 NC_080393.1:6824025-6824038promoter 内 3354-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 6824672-6828859(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCGTTGACCATTA
SmilChr04G002074 Chr04 NC_080390.1:33484597-33484610promoter 内 3350-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 33485248-33486151(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTTAGA
SmilChr03G000962 Chr03 NC_080389.1:10860761-10860774promoter 内 3343-3356 bp + 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 10858831-10860116(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr03G004664 Chr03 NC_080389.1:64113410-64113423promoter 内 3335-3348 bp - 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 64108932-64112757(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCGTTTACTTTTT
SmilChr06G003226 Chr06 NC_080392.1:45011810-45011823promoter 内 3275-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45012536-45016027(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAATGCT
SmilChr02G005481 Chr02 NC_080388.1:75025777-75025790promoter 内 3267-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 75023016-75025056(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAATTTGACTTTGT
SmilChr07G000013 Chr07 NC_080393.1:71568-71581promoter 内 3259-3272 bp - 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72310-74083(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr07G001332 Chr07 NC_080393.1:10289971-10289984promoter 内 3256-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 10290716-10296401(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCAAGTCAACCAT
SmilChr01G004469 Chr01 NC_080387.1:62788414-62788427promoter 内 3204-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62786523-62787630(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTATTA
SmilChr03G003322 Chr03 NC_080389.1:51457759-51457772promoter 内 3195-3208 bp - 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51458565-51460118(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr02G000550 Chr02 NC_080388.1:7683591-7683604promoter 内 3180-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7684412-7685293(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr07G000819 Chr07 NC_080393.1:5784457-5784470promoter 内 3169-3182 bp + 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5778555-5783638(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr01G004504 Chr01 NC_080387.1:63155364-63155377promoter 内 3161-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63156204-63164130(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr07G001087 Chr07 NC_080393.1:7979967-7979980promoter 内 3148-3161 bp + 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7980820-7981761(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr01G005296 Chr01 NC_080387.1:70273482-70273495promoter 内 3085-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70274398-70275173(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCGAGGTCAACGGG
SmilChr01G002364 Chr01 NC_080387.1:40805289-40805302promoter 内 3051-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 40806239-40815704(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr01G001589 Chr01 NC_080387.1:29920218-29920231promoter 内 3046-3059 bp + 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 29915355-29919276(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr04G000143 Chr04 NC_080390.1:1238180-1238193promoter 内 3038-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1239143-1242531(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACTTTGACTTCGG
SmilChr01G005272 Chr01 NC_080387.1:70157739-70157752promoter 内 3032-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70158708-70159433(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCGAGGTCAACGGG
SmilChr03G002421 Chr03 NC_080389.1:38435256-38435269promoter 内 3003-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 38436254-38437540(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCGAAGTCAAAGGT
SmilChr02G002234 Chr02 NC_080388.1:39676486-39676499promoter 内 2935-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39677552-39681626(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAAATT
SmilChr03G002076 Chr03 NC_080389.1:31747311-31747324promoter 内 2935-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 31733993-31746258(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
SmilChr03G002008 Chr03 NC_080389.1:29989748-29989761promoter 内 2909-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 29990840-30001619(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATTTTGACTTTTT
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