转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 143 / 146 下载 TSV

上一页 143 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003269 Chr03 NC_080389.1:50615744-50615757promoter 内 3104-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50616641-50622504(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCTAGTCAACTCT
SmilChr04G000799 Chr04 NC_080390.1:9878561-9878574promoter 内 3091-3104 bp + 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 9879471-9882187(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTGTTGACTATAT
SmilChr03G000720 Chr03 NC_080389.1:8060739-8060752promoter 内 3089-3102 bp - 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8061651-8063327(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAATTTC
SmilChr04G000077 Chr04 NC_080390.1:710319-710332promoter 内 3067-3080 bp + 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 711253-714956(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGATTGACTTTTT
SmilChr02G004574 Chr02 NC_080388.1:68248161-68248174promoter 内 3065-3078 bp + 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 68246240-68247238(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGGAGTCAACTCC
SmilChr02G004913 Chr02 NC_080388.1:71126871-71126884promoter 内 3064-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71123696-71125947(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTCAAGTCAACAAA
SmilChr03G000440 Chr03 NC_080389.1:4740931-4740944promoter 内 3000-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4739170-4739943(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCAAGTCAAAGTG
SmilChr01G000789 Chr01 NC_080387.1:17178043-17178056promoter 内 2989-3002 bp - 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17175442-17177044(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGTTTGACTTCCG
SmilChr03G001114 Chr03 NC_080389.1:12850466-12850479promoter 内 2987-3000 bp + 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12851480-12855465(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACTTTGACTTCAT
SmilChr01G001086 Chr01 NC_080387.1:22304615-22304628promoter 内 2856-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22305760-22308579(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACATAGTCAACATA
SmilChr03G004182 Chr03 NC_080389.1:60538487-60538500promoter 内 2830-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60539658-60542483(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGAAGTCAAAGTG
SmilChr03G003507 Chr03 NC_080389.1:53669371-53669384promoter 内 2822-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53670550-53673864(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTTGTTGACTCTGG
SmilChr03G000026 Chr03 NC_080389.1:369035-369048promoter 内 2797-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 370239-372416(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCATTGACTTTCA
SmilChr04G000966 Chr04 NC_080390.1:12960037-12960050promoter 内 2789-2802 bp + 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12961249-12964204(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGTTTGACTTCCG
SmilChr01G001460 Chr01 NC_080387.1:28363641-28363654promoter 内 2770-2783 bp - 1218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28360104-28362423(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTGTTTGACTTTAC
SmilChr04G000707 Chr04 NC_080390.1:8244129-8244142promoter 内 2764-2777 bp + 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8241816-8242905(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAAAGTCAAAAAC
SmilChr02G002086 Chr02 NC_080388.1:37435832-37435845promoter 内 2761-2774 bp + 1227 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37437072-37456117(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTCGTTGACAATCT
SmilChr02G005366 Chr02 NC_080388.1:74357868-74357881promoter 内 2715-2728 bp + 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 74352580-74356595(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CATTAGTCAACTTT
SmilChr02G005582 Chr02 NC_080388.1:75642105-75642118promoter 内 2689-2702 bp - 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 75643417-75647580(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACTAGTCAACATC
SmilChr02G001434 Chr02 NC_080388.1:27036948-27036961promoter 内 2682-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 27038267-27040377(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CATAAGTCAATGTC
SmilChr04G002848 Chr04 NC_080390.1:44591098-44591111promoter 内 2641-2654 bp - 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44585088-44589751(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAGTTGACTACTC
SmilChr02G005358 Chr02 NC_080388.1:74301923-74301936promoter 内 2628-2641 bp + 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 74303296-74303367(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCAATTGACTTTGG
SmilChr02G003502 Chr02 NC_080388.1:56218706-56218719promoter 内 2594-2607 bp + 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56216197-56217312(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACAAGTCAAATGC
SmilChr01G001926 Chr01 NC_080387.1:34399126-34399139promoter 内 2564-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34400563-34402953(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCCGTTGACTGACA
SmilChr01G003393 Chr01 NC_080387.1:52661991-52662004promoter 内 2548-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52657385-52660551(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCTAAGTCAACAGA
SmilChr03G002862 Chr03 NC_080389.1:45237194-45237207promoter 内 2522-2535 bp - 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45233810-45235728(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTTGTTGACTACTT
SmilChr01G001537 Chr01 NC_080387.1:29397472-29397485promoter 内 2494-2507 bp + 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29394965-29395978(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAAAGTCAAAAGA
SmilChr03G000688 Chr03 NC_080389.1:7683787-7683800promoter 内 2422-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7680743-7682221(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCAAGTCAAAGAG
SmilChr01G003689 Chr01 NC_080387.1:55271378-55271391promoter 内 2405-2418 bp - 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 55267026-55269795(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCCGTTGACCAGAT
SmilChr02G001544 Chr02 NC_080388.1:28695478-28695491promoter 内 2405-2418 bp - 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 28690398-28693895(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGGGTTGACTAACG
SmilChr03G001268 Chr03 NC_080389.1:14716722-14716735promoter 内 2387-2400 bp - 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14718336-14720534(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACATAGTCAACATA
SmilChr04G003171 Chr04 NC_080390.1:48345192-48345205promoter 内 2305-2318 bp + 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48342003-48343509(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAATGAG
SmilChr01G001692 Chr01 NC_080387.1:31145704-31145717promoter 内 2264-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31142274-31143980(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGGATGTCAACGCA
SmilChr01G001925 Chr01 NC_080387.1:34399126-34399139promoter 内 2262-2275 bp + 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34395602-34397400(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTCAGTCAACGGC
SmilChr03G003473 Chr03 NC_080389.1:53217685-53217698promoter 内 2240-2253 bp + 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53211842-53215937(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAATTTC
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