转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 144 / 149 下载 TSV

上一页 144 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000760 Chr07 NC_080393.1:5343920-5343930promoter 内 2796-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5342012-5342725(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr02G000479 Chr02 NC_080388.1:6583989-6583999promoter 内 2739-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6579395-6582737(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr02G001454 Chr02 NC_080388.1:27216040-27216050promoter 内 2717-2727 bp - 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 27217324-27218875(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr01G000101 Chr01 NC_080387.1:1819063-1819073promoter 内 2676-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 1814760-1817748(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTT
SmilChr04G003074 Chr04 NC_080390.1:47333969-47333979promoter 内 2636-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47335334-47335440(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr05G002589 Chr05 NC_080391.1:29103351-29103361promoter 内 2633-2643 bp - 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 29101887-29101993(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr05G003560 Chr05 NC_080391.1:47530237-47530247promoter 内 2628-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47531610-47534303(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCACGCTGTCA
SmilChr01G000363 Chr01 NC_080387.1:7497291-7497301promoter 内 2627-2637 bp - 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7495821-7495927(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr03G000647 Chr03 NC_080389.1:7208732-7208742promoter 内 2625-2635 bp - 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7207260-7207366(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr03G000730 Chr03 NC_080389.1:8216435-8216445promoter 内 2610-2620 bp + 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8212387-8215054(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTT
SmilChr04G001972 Chr04 NC_080390.1:31946405-31946415promoter 内 2600-2610 bp + 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31947806-31947912(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr04G001157 Chr04 NC_080390.1:17113606-17113616promoter 内 2588-2598 bp + 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17115019-17115125(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr05G001410 Chr05 NC_080391.1:12724260-12724270promoter 内 2588-2598 bp - 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 12722751-12722857(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr03G002009 Chr03 NC_080389.1:30007280-30007290promoter 内 2582-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 30008699-30008805(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr04G002532 Chr04 NC_080390.1:40389747-40389757promoter 内 2582-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 40391166-40391272(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr02G004482 Chr02 NC_080388.1:67296138-67296148promoter 内 2508-2518 bp - 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 67293477-67294655(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr07G003291 Chr07 NC_080393.1:34680386-34680396promoter 内 2477-2487 bp + 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 34681910-34682756(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr01G005995 Chr01 NC_080387.1:75548225-75548235promoter 内 2407-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75543753-75546641(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGTGC
SmilChr04G000024 Chr04 NC_080390.1:262283-262293promoter 内 2236-2246 bp - 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 264048-264836(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr05G000358 Chr05 NC_080391.1:2676896-2676906promoter 内 2169-2179 bp + 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 2678728-2680485(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr07G000765 Chr07 NC_080393.1:5364287-5364297promoter 内 2131-2141 bp - 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5366157-5366912(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr03G003794 Chr03 NC_080389.1:57030599-57030609promoter 内 2114-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 57032486-57035206(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr02G003417 Chr02 NC_080388.1:55400824-55400834promoter 内 2028-2038 bp + 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 55402797-55406595(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr05G000987 Chr05 NC_080391.1:7989354-7989364promoter 内 1982-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7991373-7997747(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTT
SmilChr02G002777 Chr02 NC_080388.1:47832358-47832368promoter 内 1973-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47834386-47836088(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTT
SmilChr02G002245 Chr02 NC_080388.1:39869099-39869109promoter 内 1948-1958 bp - 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39864346-39867056(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr04G003063 Chr04 NC_080390.1:47186558-47186568promoter 内 1948-1958 bp + 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47182047-47184515(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGAG
SmilChr06G001895 Chr06 NC_080392.1:22690535-22690545promoter 内 1945-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22692591-22694117(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr02G000502 Chr02 NC_080388.1:6907560-6907570promoter 内 1905-1915 bp - 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 6903650-6905474(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AACCGCTGTCA
SmilChr07G001079 Chr07 NC_080393.1:7916348-7916358promoter 内 1827-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 7918522-7922319(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCACGCTGTCA
SmilChr03G004000 Chr03 NC_080389.1:59032852-59032862promoter 内 1813-1823 bp - 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 59035040-59038488(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr02G003388 Chr02 NC_080388.1:54981474-54981484promoter 内 1794-1804 bp - 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 54983681-54986207(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
SmilChr06G001905 Chr06 NC_080392.1:22864592-22864602promoter 内 1787-1797 bp + 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 22866806-22871345(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
SmilChr01G000822 Chr01 NC_080387.1:17749137-17749147promoter 内 1785-1795 bp - 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 17751353-17758891(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTT
SmilChr05G004330 Chr05 NC_080391.1:56983373-56983383promoter 内 1783-1793 bp - 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 56985591-56986052(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGG
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SmilChr02G000424 Chr02 NC_080388.1:5423664-5423674promoter 内 1570-1580 bp - 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5420456-5421243(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCAA
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