转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 145 / 152 下载 TSV

上一页 145 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002695 Chr02 NC_080388.1:46687855-46687873promoter 内 22-40 bp + 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46682644-46683894(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGTGTGGTTGAAATTG
SmilChr05G002711 Chr05 NC_080391.1:31236413-31236431promoter 内 3239-3257 bp - 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 31234587-31235669(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTCAGCAACCACCAATGT
SmilChr02G000454 Chr02 NC_080388.1:6043007-6043025promoter 内 3151-3169 bp - 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 6039582-6042175(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACTACCGGGAA
SmilChr03G002061 Chr03 NC_080389.1:31397484-31397502promoter 内 1262-1280 bp + 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 2 31400223-31405967(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCGCCAACCACACTGCA
SmilChr05G002712 Chr05 NC_080391.1:31236413-31236431promoter 内 3981-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31235920-31236411(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTCAGCAACCACCAATGT
SmilChr01G000998 Chr01 NC_080387.1:21016375-21016393promoter 内 3948-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21016428-21018133(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTAATCAACCACTTTTCT
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54755509-54755527promoter 内 3948-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54753719-54755474(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTAGTTCAACCACCGACAA
SmilChr04G000852 Chr04 NC_080390.1:10772523-10772541promoter 内 3935-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10772589-10778509(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCTCTCCACCACCTCCGA
SmilChr05G001720 Chr05 NC_080391.1:16474720-16474738promoter 内 3866-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16474855-16475799(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGTTTTTGGTTGGAAAGG
SmilChr03G001304 Chr03 NC_080389.1:15277906-15277924promoter 内 3859-3877 bp - 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 15271009-15277782(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAATCCAACCACAAATTC
SmilChr03G001837 Chr03 NC_080389.1:25204272-25204290promoter 内 3826-3844 bp + 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25204447-25208084(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTTCCAACTACCGGGAA
SmilChr02G005403 Chr02 NC_080388.1:74573539-74573557promoter 内 3762-3780 bp - 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 74573778-74575362(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCAATTTAGTTGGAAGAG
SmilChr02G005029 Chr02 NC_080388.1:72024620-72024638promoter 内 3758-3776 bp + 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 72024863-72028030(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACAATCAACCACTTTTAT
SmilChr02G003365 Chr02 NC_080388.1:54774443-54774461promoter 内 3749-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 54766824-54774209(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTTGGGTGGTTGGCTGAT
SmilChr02G000179 Chr02 NC_080388.1:2286615-2286633promoter 内 3721-3739 bp + 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2286895-2288286(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAATTCAACCACTTGTAT
SmilChr01G001583 Chr01 NC_080387.1:29847864-29847882promoter 内 3710-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29846602-29847591(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGAAAGCTGTTGGAACGG
SmilChr02G002074 Chr02 NC_080388.1:37329204-37329222promoter 内 3707-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 37329498-37330279(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGCAAGTGGTTGTAATTT
SmilChr03G002078 Chr03 NC_080389.1:31897180-31897198promoter 内 3687-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31897494-31903418(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTGAACAACCACTTCTTC
SmilChr01G005261 Chr01 NC_080387.1:70089232-70089250promoter 内 3680-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 70089553-70092093(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCATACAACCACCGCCAA
SmilChr01G005277 Chr01 NC_080387.1:70185049-70185067promoter 内 3678-3696 bp + 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 70185372-70187985(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCATACAACCACCGCCAA
SmilChr01G000776 Chr01 NC_080387.1:16872911-16872929promoter 内 3667-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 16873245-16883623(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCCCGGTAGTTGGAAATA
SmilChr02G000789 Chr02 NC_080388.1:12986525-12986543promoter 内 3638-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 12985385-12986180(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCCACAACCACAAATCA
SmilChr04G003217 Chr04 NC_080390.1:49001809-49001827promoter 内 3617-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 48993368-49001443(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAAGGTGGTGGCGACCG
SmilChr02G001247 Chr02 NC_080388.1:22923275-22923293promoter 内 3613-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22919554-22922905(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACTACCGGGAA
SmilChr01G001727 Chr01 NC_080387.1:31816700-31816718promoter 内 3590-3608 bp + 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31817111-31822515(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATTACAACCACTTCATA
SmilChr03G002825 Chr03 NC_080389.1:44738227-44738245promoter 内 3563-3581 bp - 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44738665-44743638(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTGAAGTGGTTGATTACA
SmilChr02G000400 Chr02 NC_080388.1:4944429-4944447promoter 内 3518-3536 bp + 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4944912-4948191(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACTACCGGGAA
SmilChr03G002786 Chr03 NC_080389.1:44374340-44374358promoter 内 3508-3526 bp - 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44370390-44373865(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTTCCAACTACCGGGAA
SmilChr02G001592 Chr02 NC_080388.1:29692379-29692397promoter 内 3499-3517 bp - 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29688601-29691895(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACTACCGGGAA
SmilChr04G001769 Chr04 NC_080390.1:29087913-29087931promoter 内 3490-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 29082302-29087420(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTGAACAACCACTTCTTC
SmilChr01G005868 Chr01 NC_080387.1:74621461-74621479promoter 内 3464-3482 bp + 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 74618551-74620942(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCAATGTGGTTGATATTA
SmilChr04G001494 Chr04 NC_080390.1:24501442-24501460promoter 内 3457-3475 bp + 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24501986-24503327(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACTTCCAACAACATCTTT
SmilChr02G000540 Chr02 NC_080388.1:7435946-7435964promoter 内 3448-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7436499-7439737(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACTACCGGGAA
SmilChr04G001292 Chr04 NC_080390.1:20581323-20581341promoter 内 3446-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20581878-20584922(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACTACCGGGAA
SmilChr01G000780 Chr01 NC_080387.1:17008987-17009005promoter 内 3394-3412 bp - 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17005209-17008398(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACTACCGGGAA
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