转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 147 / 162 下载 TSV

上一页 147 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr02G005180 Chr02 NC_080388.1:73092949-73092967promoter 内 3775-3793 bp + 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73088503-73092741(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAAATTCTCGTAGTCAACG
SmilChr07G003602 Chr07 NC_080393.1:42147894-42147912promoter 内 3768-3786 bp - 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42148127-42152944(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTTCTATTGCAAGTCAACT
SmilChr05G000182 Chr05 NC_080391.1:1449657-1449675promoter 内 3753-3771 bp - 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1449905-1453013(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTCACTAATTAAGTCAACA
SmilChr01G004548 Chr01 NC_080387.1:63608320-63608338promoter 内 3750-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63605638-63608087(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCTGAATAAAGA
SmilChr03G001358 Chr03 NC_080389.1:15955978-15955996promoter 内 3696-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15956283-15958980(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTAATCAAAGTA
SmilChr02G004432 Chr02 NC_080388.1:66687595-66687613promoter 内 3692-3710 bp + 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66678498-66687304(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTAATCGTAACAGTCAACT
SmilChr04G001714 Chr04 NC_080390.1:28361047-28361065promoter 内 3685-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28359711-28360749(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTCACTAATTAAGTCAACA
SmilChr03G002021 Chr03 NC_080389.1:30243105-30243123promoter 内 3672-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30236730-30242794(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGATCCTTCTT
SmilChr04G002201 Chr04 NC_080390.1:35641584-35641602promoter 内 3666-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35637814-35641267(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATTTCTAAGTTAGTCAACT
SmilChr01G002674 Chr01 NC_080387.1:44954742-44954760promoter 内 3648-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44955095-44955667(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTACTTAAATTA
SmilChr06G002345 Chr06 NC_080392.1:34143493-34143511promoter 内 3644-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34143850-34144551(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTACTTAAATTA
SmilChr08G000616 Chr08 NC_080394.1:4603006-4603024promoter 内 3639-3657 bp - 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4597038-4602662(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTGTCCGCAATC
SmilChr03G004141 Chr03 NC_080389.1:60245844-60245862promoter 内 3638-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 60243987-60245499(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TCTAATCTAACGGTCAACG
SmilChr03G002060 Chr03 NC_080389.1:31370542-31370560promoter 内 3630-3648 bp + 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31370913-31376747(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGATCCTTCTT
SmilChr02G001698 Chr02 NC_080388.1:31293401-31293419promoter 内 3612-3630 bp - 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31293790-31297449(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAAAAAAAAATAGTCAACA
SmilChr01G005602 Chr01 NC_080387.1:72597362-72597380promoter 内 3575-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72596794-72596954(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTTGAAAGTGGG
SmilChr04G003708 Chr04 NC_080390.1:53398857-53398875promoter 内 3565-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53399293-53401585(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTTAGCCATTAA
SmilChr03G001293 Chr03 NC_080389.1:15127990-15128008promoter 内 3543-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15127478-15127550(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGCAGAAACAAGTCAAAG
SmilChr06G001336 Chr06 NC_080392.1:13894160-13894178promoter 内 3502-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 13891501-13893679(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGCTGGATCTAGTCAACA
SmilChr02G002242 Chr02 NC_080388.1:39801462-39801480promoter 内 3476-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39798509-39800955(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCTATAAATTAGTCAACT
SmilChr04G003036 Chr04 NC_080390.1:46845140-46845158promoter 内 3471-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46845670-46846062(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTATTATGAATAG
SmilChr08G002078 Chr08 NC_080394.1:18683517-18683535promoter 内 3469-3487 bp + 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18678957-18683003(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCTGGAAACCCAGTCAACA
SmilChr08G000780 Chr08 NC_080394.1:5742751-5742769promoter 内 3459-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5743293-5745794(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGAGTGCAGGT
SmilChr03G000167 Chr03 NC_080389.1:1828151-1828169promoter 内 3454-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1828698-1834802(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACAGAGACTAGAGTCAACC
SmilChr04G003184 Chr04 NC_080390.1:48549186-48549204promoter 内 3454-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48548265-48548657(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTATTATGAATAG
SmilChr04G000547 Chr04 NC_080390.1:6085285-6085303promoter 内 3452-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6085834-6087763(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTCACTAATTAAGTCAACA
SmilChr01G002073 Chr01 NC_080387.1:36634184-36634202promoter 内 3441-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36630279-36633642(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CCCAAATCAACAGTCAACA
SmilChr04G001835 Chr04 NC_080390.1:29914432-29914450promoter 内 3436-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29905163-29913885(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCGTTAGATTAGA
SmilChr01G001924 Chr01 NC_080387.1:34388747-34388765promoter 内 3433-3451 bp + 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34384607-34388197(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTCACTAATTAAGTCAACA
SmilChr01G003680 Chr01 NC_080387.1:55211219-55211237promoter 内 3429-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55211791-55214783(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAAAAAACACCAGTCAACA
SmilChr07G000958 Chr07 NC_080393.1:6903617-6903635promoter 内 3400-3418 bp + 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6899734-6903034(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCATAGTAATAAGTCAACT
SmilChr07G002530 Chr07 NC_080393.1:23971138-23971156promoter 内 3392-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23971747-23975987(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTATATCTTGAAA
SmilChr01G001885 Chr01 NC_080387.1:33946944-33946962promoter 内 3377-3395 bp + 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33943069-33946338(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTAGTTAAAACAGTCAACC
SmilChr07G000555 Chr07 NC_080393.1:3832215-3832233promoter 内 3350-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3823636-3831582(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTTAATATAAGTCAACT
SmilChr03G001359 Chr03 NC_080389.1:15959376-15959394promoter 内 3332-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15956471-15958725(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGGCCTTTAAAGTCAACA
SmilChr03G002205 Chr03 NC_080389.1:34756708-34756726promoter 内 3330-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34757379-34761774(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTATATCAACAAC
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SmilChr01G005004 Chr01 NC_080387.1:68096562-68096580promoter 内 3181-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68092459-68095760(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CCCACTTTCAAAGTCAAAG