转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 149 / 161 下载 TSV

上一页 149 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003821 Chr07 NC_080393.1:47252505-47252518promoter 内 2441-2454 bp - 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 47254065-47260169(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAAATAA
SmilChr01G003556 Chr01 NC_080387.1:54189687-54189700promoter 内 2416-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54185514-54188115(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAATGAA
SmilChr07G003788 Chr07 NC_080393.1:46538471-46538484promoter 内 2353-2366 bp + 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46540119-46540709(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTAGT
SmilChr03G004064 Chr03 NC_080389.1:59601230-59601243promoter 内 2329-2342 bp + 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59602902-59607842(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGATTTGACTTATT
SmilChr05G003994 Chr05 NC_080391.1:53784134-53784147promoter 内 2323-2336 bp - 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53785812-53787681(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAGAGTCAACTCA
SmilChr02G002866 Chr02 NC_080388.1:48827230-48827243promoter 内 2296-2309 bp + 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48820365-48825538(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAACA
SmilChr06G000908 Chr06 NC_080392.1:8558071-8558084promoter 内 2289-2302 bp - 1699 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8559783-8565456(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATAGTCAACAAT
SmilChr04G000024 Chr04 NC_080390.1:262319-262332promoter 内 2272-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 264048-264836(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATTTGACTTTCC
SmilChr01G004529 Chr01 NC_080387.1:63480205-63480218promoter 内 2247-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 63481959-63483387(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAATTGACTTTTT
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49467296-49467309promoter 内 2228-2241 bp - 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49460707-49465536(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCATTGACTTTAC
SmilChr02G004837 Chr02 NC_080388.1:70493550-70493563promoter 内 2225-2238 bp - 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70490461-70491787(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGTTTGACTTTGG
SmilChr07G002869 Chr07 NC_080393.1:28901357-28901370promoter 内 2214-2227 bp + 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28895037-28899583(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAAATC
SmilChr05G001322 Chr05 NC_080391.1:11354425-11354438promoter 内 2196-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11351234-11352633(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACAAGTCAACAAC
SmilChr02G002369 Chr02 NC_080388.1:41473722-41473735promoter 内 2150-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41471010-41471884(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTAAGTCAACAAT
SmilChr01G003688 Chr01 NC_080387.1:55263395-55263408promoter 内 2134-2147 bp - 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55265262-55267069(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGCAAGTCAACTTC
SmilChr03G001977 Chr03 NC_080389.1:28609167-28609180promoter 内 2129-2142 bp + 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28605256-28607308(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACATAGTCAACTAA
SmilChr06G002603 Chr06 NC_080392.1:37417407-37417420promoter 内 2108-2121 bp - 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37410472-37415527(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGGCTTCAT
SmilChr04G002729 Chr04 NC_080390.1:42906667-42906680promoter 内 2089-2102 bp + 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 42908579-42915947(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CATGTTGACTTCGT
SmilChr06G001392 Chr06 NC_080392.1:14555243-14555256promoter 内 2044-2057 bp - 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14557200-14560819(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTAAGTCAACATC
SmilChr06G001353 Chr06 NC_080392.1:14084463-14084476promoter 内 2038-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14086426-14090277(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTAAGTCAACATC
SmilChr05G002101 Chr05 NC_080391.1:21981362-21981375promoter 内 2015-2028 bp + 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 21977822-21979389(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGAAAGTCAATGCA
SmilChr05G000568 Chr05 NC_080391.1:4267858-4267871promoter 内 1965-1978 bp + 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4263791-4265835(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACATA
SmilChr01G003581 Chr01 NC_080387.1:54380864-54380877promoter 内 1796-1809 bp - 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54376761-54378672(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTCCT
SmilChr03G004259 Chr03 NC_080389.1:61094617-61094630promoter 内 1721-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61090711-61092350(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAAAGT
SmilChr05G001311 Chr05 NC_080391.1:11299652-11299665promoter 内 1698-1711 bp - 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11301955-11304810(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAATCGC
SmilChr06G002312 Chr06 NC_080392.1:33395936-33395949promoter 内 1694-1707 bp + 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33398243-33401510(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTATGG
SmilChr04G002032 Chr04 NC_080390.1:33011929-33011942promoter 内 1629-1642 bp - 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33003954-33009570(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTTTTGACTTTTC
SmilChr04G001074 Chr04 NC_080390.1:15420287-15420300promoter 内 1615-1628 bp + 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15422673-15426627(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAGTTGACTTGCT
SmilChr04G000214 Chr04 NC_080390.1:1888063-1888076promoter 内 1600-1613 bp - 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1890464-1893442(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAACAT
SmilChr02G002584 Chr02 NC_080388.1:44908510-44908523promoter 内 1598-1611 bp - 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44910913-44911431(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAAAGT
SmilChr02G005039 Chr02 NC_080388.1:72081750-72081763promoter 内 1472-1485 bp - 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72084279-72090658(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAAAACG
SmilChr02G003430 Chr02 NC_080388.1:55521568-55521581promoter 内 1336-1349 bp + 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55524233-55529275(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCGTTGACATCTT
SmilChr01G005556 Chr01 NC_080387.1:72382775-72382788promoter 内 1319-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 72377029-72380106(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTAAGTCAACAAT
SmilChr02G001916 Chr02 NC_080388.1:34494371-34494384promoter 内 1300-1313 bp + 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34487721-34491683(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAAAGTCAAAACG
SmilChr02G004800 Chr02 NC_080388.1:70188756-70188769promoter 内 1275-1288 bp - 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 70191482-70192438(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACAAGTCAACTAG
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