转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 15 / 137 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001943 Chr07 NC_080393.1:16850746-16850754promoter 内 3288-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16851459-16853226(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr02G005386 Chr02 NC_080388.1:74515206-74515214promoter 内 3272-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 74512208-74514485(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25495918-25495926promoter 内 3265-3273 bp - 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 25496654-25497888(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr07G003597 Chr07 NC_080393.1:42061395-42061403promoter 内 3224-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42055671-42060626(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr07G004399 Chr07 NC_080393.1:56640112-56640120promoter 内 3192-3200 bp + 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 56640921-56643699(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr06G002923 Chr06 NC_080392.1:42090109-42090117promoter 内 3185-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42088723-42089301(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr07G001914 Chr07 NC_080393.1:16539843-16539851promoter 内 3126-3134 bp + 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16540718-16543809(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr01G000048 Chr01 NC_080387.1:763543-763551promoter 内 3117-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 761036-762667(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr01G002535 Chr01 NC_080387.1:43373486-43373494promoter 内 3105-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 43374382-43379875(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr08G002716 Chr08 NC_080394.1:26762129-26762137promoter 内 3088-3096 bp + 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26758796-26761224(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr02G003117 Chr02 NC_080388.1:52182474-52182482promoter 内 3086-3094 bp - 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 52183389-52187516(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr04G002764 Chr04 NC_080390.1:43402502-43402510promoter 内 3085-3093 bp + 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 43403418-43406822(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr02G001736 Chr02 NC_080388.1:31936721-31936729promoter 内 3073-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31937649-31939943(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr05G002444 Chr05 NC_080391.1:26927985-26927993promoter 内 3060-3068 bp + 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26919557-26927052(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr07G002122 Chr07 NC_080393.1:19366840-19366848promoter 内 3048-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 19359678-19365895(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr04G003935 Chr04 NC_080390.1:54987968-54987976promoter 内 3047-3055 bp - 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 54988922-54989425(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr06G002972 Chr06 NC_080392.1:42553135-42553143promoter 内 3046-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42554090-42556657(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr07G003575 Chr07 NC_080393.1:41734001-41734009promoter 内 3021-3029 bp + 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 41734981-41749535(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr02G003955 Chr02 NC_080388.1:61710842-61710850promoter 内 3020-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 61704822-61709869(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr06G001023 Chr06 NC_080392.1:10134853-10134861promoter 内 2997-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 10135857-10137909(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr02G004452 Chr02 NC_080388.1:66883131-66883139promoter 内 2989-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 66877644-66882127(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr01G005068 Chr01 NC_080387.1:68579622-68579630promoter 内 2972-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 68574525-68578601(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr03G002876 Chr03 NC_080389.1:45446506-45446514promoter 内 2970-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 45447537-45449473(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr04G003218 Chr04 NC_080390.1:49003439-49003447promoter 内 2967-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 49004473-49006040(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr01G005844 Chr01 NC_080387.1:74424249-74424257promoter 内 2959-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 74421859-74423215(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr01G001546 Chr01 NC_080387.1:29454185-29454193promoter 内 2953-2961 bp - 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 29455233-29455428(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr01G001579 Chr01 NC_080387.1:29812503-29812511promoter 内 2948-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 29813556-29813750(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr03G003817 Chr03 NC_080389.1:57231839-57231847promoter 内 2935-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 57232905-57233327(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr02G000683 Chr02 NC_080388.1:10782855-10782863promoter 内 2923-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 10780977-10781785(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr05G001473 Chr05 NC_080391.1:13506664-13506672promoter 内 2920-2928 bp - 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 13502916-13505591(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr06G002281 Chr06 NC_080392.1:32751831-32751839promoter 内 2917-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 32752915-32754573(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr01G004052 Chr01 NC_080387.1:58973742-58973750promoter 内 2900-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58972292-58972649(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr01G002017 Chr01 NC_080387.1:35747340-35747348promoter 内 2877-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 35745559-35746224(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr08G002007 Chr08 NC_080394.1:17848336-17848344promoter 内 2846-2854 bp + 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 17849491-17849949(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr06G002081 Chr06 NC_080392.1:27425692-27425700promoter 内 2814-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 27423567-27424513(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr07G003682 Chr07 NC_080393.1:44279088-44279096promoter 内 2813-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 44280276-44280381(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
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