转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 17 / 137 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004398 Chr02 NC_080388.1:66335516-66335524promoter 内 1751-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 66329075-66333274(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr03G004314 Chr03 NC_080389.1:61506495-61506503promoter 内 1751-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 61503321-61504253(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr03G002695 Chr03 NC_080389.1:42940527-42940535promoter 内 1710-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42936360-42938244(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr08G000819 Chr08 NC_080394.1:6037947-6037955promoter 内 1679-1687 bp - 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 6040269-6041373(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr02G000743 Chr02 NC_080388.1:12020869-12020877promoter 内 1643-1651 bp + 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12015330-12018519(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr07G000520 Chr07 NC_080393.1:3642483-3642491promoter 内 1643-1651 bp + 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 3644841-3646695(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr01G004845 Chr01 NC_080387.1:66598191-66598199promoter 内 1627-1635 bp + 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 66589666-66595825(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr02G005070 Chr02 NC_080388.1:72375231-72375239promoter 内 1618-1626 bp + 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 72370778-72372856(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr01G002089 Chr01 NC_080387.1:36886457-36886465promoter 内 1614-1622 bp - 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 36883067-36884078(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr01G002466 Chr01 NC_080387.1:42346215-42346223promoter 内 1566-1574 bp - 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42348650-42358688(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr03G000552 Chr03 NC_080389.1:5972379-5972387promoter 内 1557-1565 bp - 2436 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 5974823-5979533(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr02G002883 Chr02 NC_080388.1:49104262-49104270promoter 内 1550-1558 bp - 2443 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 49099623-49101819(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr02G004904 Chr02 NC_080388.1:71027267-71027275promoter 内 1543-1551 bp - 2450 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 71029725-71030812(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr01G005729 Chr01 NC_080387.1:73430015-73430023promoter 内 1513-1521 bp - 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 73432503-73439654(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr02G003073 Chr02 NC_080388.1:51586977-51586985promoter 内 1496-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 51579520-51584480(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr06G001513 Chr06 NC_080392.1:16189613-16189621promoter 内 1463-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16185527-16187083(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr02G000164 Chr02 NC_080388.1:2135358-2135366promoter 内 1461-1469 bp + 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 2130772-2132826(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr08G003274 Chr08 NC_080394.1:33829851-33829859promoter 内 1457-1465 bp - 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 33832395-33833638(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr02G003842 Chr02 NC_080388.1:60156483-60156491promoter 内 1414-1422 bp + 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 60149380-60153904(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr02G000128 Chr02 NC_080388.1:1752243-1752251promoter 内 1409-1417 bp + 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 1745405-1749659(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr07G000626 Chr07 NC_080393.1:4232820-4232828promoter 内 1402-1410 bp - 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 4229236-4230229(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr04G002281 Chr04 NC_080390.1:37048440-37048448promoter 内 1400-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 37051041-37051886(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr08G003129 Chr08 NC_080394.1:31634005-31634013promoter 内 1391-1399 bp - 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31630156-31631403(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr02G005061 Chr02 NC_080388.1:72296702-72296710promoter 内 1344-1352 bp - 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 72299359-72307057(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr03G004235 Chr03 NC_080389.1:60869169-60869177promoter 内 1335-1343 bp + 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 60864735-60866511(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr07G004617 Chr07 NC_080393.1:58961170-58961178promoter 内 1305-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58963866-58968306(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr03G004313 Chr03 NC_080389.1:61506495-61506503promoter 内 1280-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 61498912-61503782(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr01G002169 Chr01 NC_080387.1:37796029-37796037promoter 内 1275-1283 bp - 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 37793240-37793311(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr05G001212 Chr05 NC_080391.1:10186319-10186327promoter 内 1269-1277 bp + 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 10189051-10202173(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr04G001852 Chr04 NC_080390.1:30175295-30175303promoter 内 1259-1267 bp + 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30178037-30178489(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr02G004562 Chr02 NC_080388.1:68135479-68135487promoter 内 1208-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 68129136-68132694(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr04G000553 Chr04 NC_080390.1:6178793-6178801promoter 内 1174-1182 bp + 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 6173659-6175974(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr04G002964 Chr04 NC_080390.1:46016026-46016034promoter 内 1167-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 46012125-46013200(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
SmilChr04G001348 Chr04 NC_080390.1:21859810-21859818promoter 内 1165-1173 bp - 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 21862646-21872150(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr06G002922 Chr06 NC_080392.1:42090109-42090117promoter 内 1112-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42080580-42087228(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACCC
SmilChr03G004126 Chr03 NC_080389.1:60096206-60096214promoter 内 1110-1118 bp + 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 60099097-60101368(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GGGTACGGA
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