转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 17 / 148 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001507 Chr08 NC_080394.1:12206916-12206929promoter 内 1661-1674 bp + 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 12209256-12219177(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACGCGACACGTGG
SmilChr03G003049 Chr03 NC_080389.1:47390214-47390227promoter 内 1613-1626 bp + 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 47392602-47393188(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGAGCGTCACGTGC
SmilChr07G004718 Chr07 NC_080393.1:60046040-60046053promoter 内 1518-1531 bp + 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 60048523-60066191(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
SmilChr08G001450 Chr08 NC_080394.1:11682082-11682095promoter 内 1491-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 11684592-11687341(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
SmilChr08G001071 Chr08 NC_080394.1:8253497-8253510promoter 内 1302-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 8245545-8250811(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
SmilChr05G004251 Chr05 NC_080391.1:56310383-56310396promoter 内 1185-1198 bp - 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 56303333-56307580(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGATGGACACGTGG
SmilChr05G001525 Chr05 NC_080391.1:13968768-13968781promoter 内 1113-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 13962947-13965893(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAGTGACACGTGG
SmilChr01G006009 Chr01 NC_080387.1:75653241-75653254promoter 内 926-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 75647259-75650179(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGTGGTCACGTGC
SmilChr01G001459 Chr01 NC_080387.1:28352992-28353005promoter 内 513-526 bp + 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 28356480-28359703(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
SmilChr06G001529 Chr06 NC_080392.1:16537156-16537169promoter 内 444-457 bp - 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 16532992-16533612(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGAAGGCCACGTGG
SmilChr02G002445 Chr02 NC_080388.1:42683595-42683608promoter 内 432-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 42687164-42687237(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
SmilChr05G002939 Chr05 NC_080391.1:35444717-35444730promoter 内 286-299 bp + 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 35448432-35451182(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
SmilChr03G001534 Chr03 NC_080389.1:19179454-19179467promoter 内 285-298 bp - 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 19183170-19185531(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCGCCTT
SmilChr02G002848 Chr02 NC_080388.1:48654475-48654488promoter 内 276-289 bp + 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 48658200-48662685(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
SmilChr05G001437 Chr05 NC_080391.1:13118077-13118090promoter 内 58-71 bp - 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 13111503-13114147(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAACGGCACGTGG
SmilChr02G004778 Chr02 NC_080388.1:69949173-69949186promoter 内 2662-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 69950512-69956552(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCGAGTCACGTGT
SmilChr02G004777 Chr02 NC_080388.1:69949173-69949186promoter 内 604-617 bp + 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 69943037-69945789(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACTCGCC
SmilChr02G000623 Chr02 NC_080388.1:9220491-9220504promoter 内 1178-1191 bp - 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 9216415-9217681(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGTGCGCCACGTGG
SmilChr06G000259 Chr06 NC_080392.1:1714418-1714431promoter 内 823-836 bp - 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 1704409-1711253(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCTGGTCACGTGC
SmilChr01G005693 Chr01 NC_080387.1:73209342-73209355promoter 内 3950-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 73205725-73209304(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAAGCGCCACGTGG
SmilChr05G004240 Chr05 NC_080391.1:56209342-56209355promoter 内 3784-3797 bp - 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 56209559-56211841(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCTTCAC
SmilChr02G004423 Chr02 NC_080388.1:66569898-66569911promoter 内 1990-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 66565488-66567900(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGGGGGCACGTGG
SmilChr03G004488 Chr03 NC_080389.1:63004480-63004493promoter 内 1818-1831 bp + 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 62998249-63002310(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCTTC
SmilChr01G005456 Chr01 NC_080387.1:71594783-71594796promoter 内 343-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 71598441-71600735(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCACA
SmilChr05G004370 Chr05 NC_080391.1:57219274-57219287promoter 内 274-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 57213480-57215560(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGGGCCCACGTGG
SmilChr02G000622 Chr02 NC_080388.1:9220491-9220504promoter 内 250-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 9212839-9216753(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGTGCGCCACGTGG
SmilChr01G002004 Chr01 NC_080387.1:35544443-35544456promoter 内 3972-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 35540745-35544427(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCACTAC
SmilChr07G000774 Chr07 NC_080393.1:5421249-5421262promoter 内 3886-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 5421364-5422583(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCGTCAT
SmilChr03G003377 Chr03 NC_080389.1:52117186-52117199promoter 内 3223-3236 bp - 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 52113362-52116421(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCGTGTCACGTGG
SmilChr03G000536 Chr03 NC_080389.1:5778413-5778426promoter 内 2329-2342 bp + 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 5780085-5827863(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGGGGACACGTGG
SmilChr04G001082 Chr04 NC_080390.1:15500021-15500034promoter 内 2098-2111 bp - 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 15497688-15498131(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCACGACACGTGG
SmilChr07G000849 Chr07 NC_080393.1:6053474-6053487promoter 内 1974-1987 bp - 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 6055501-6059166(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACTCCCA
SmilChr03G000535 Chr03 NC_080389.1:5778413-5778426promoter 内 1700-1713 bp + 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 5773432-5776125(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCCCCTA
SmilChr01G003568 Chr01 NC_080387.1:54249880-54249893promoter 内 533-546 bp + 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 54253348-54255051(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAAGCGGCACGTGG
SmilChr04G003877 Chr04 NC_080390.1:54635268-54635281promoter 内 3337-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 54634544-54634617(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGTTCG
SmilChr04G003876 Chr04 NC_080390.1:54635268-54635281promoter 内 2339-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 54631101-54633619(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGTTCG
SmilChr06G002332 Chr06 NC_080392.1:33839020-33839033promoter 内 3941-3954 bp - 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 33818395-33838973(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGGATGCCACGTGG
SmilChr06G000823 Chr06 NC_080392.1:7746823-7746836promoter 内 3891-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 7746933-7748974(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGTGGACACGTGG
SmilChr04G003882 Chr04 NC_080390.1:54663154-54663167promoter 内 3465-3478 bp - 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 54663690-54664205(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCCCGTT
SmilChr04G000952 Chr04 NC_080390.1:12597822-12597835promoter 内 3454-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 12598369-12601026(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCATCCA
SmilChr04G000918 Chr04 NC_080390.1:11941125-11941138promoter 内 3232-3245 bp - 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 11941894-11944482(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCATCCA
SmilChr08G001080 Chr08 NC_080394.1:8318658-8318671promoter 内 1755-1768 bp + 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 8314676-8316425(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCCCGTT
SmilChr03G002554 Chr03 NC_080389.1:40723830-40723843promoter 内 466-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 40717137-40720308(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTGTGACACGTGG
SmilChr01G004022 Chr01 NC_080387.1:58632129-58632142promoter 内 3926-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 58632204-58636130(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCGCTAT
SmilChr07G001974 Chr07 NC_080393.1:17306419-17306432promoter 内 3746-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 17303669-17306177(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGTGGACACGTGG
SmilChr07G001970 Chr07 NC_080393.1:17262862-17262875promoter 内 3575-3588 bp - 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 17254652-17262449(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGTGGACACGTGG
SmilChr03G003532 Chr03 NC_080389.1:53920305-53920318promoter 内 3236-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53918860-53919553(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCATCCA
SmilChr06G002333 Chr06 NC_080392.1:33839020-33839033promoter 内 3013-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 33840008-33841063(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCATCCA
SmilChr02G002819 Chr02 NC_080388.1:48287666-48287679promoter 内 2982-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 48288685-48289447(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCGCCTCACGTGG
SmilChr05G001208 Chr05 NC_080391.1:10170641-10170654promoter 内 2963-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 10166825-10169616(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTGAGGACACGTGG