靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00003923-RA_Salv |
SmilChr05G001980 |
ARF | XP_057766076.1 |
MP00153 |
GCCGACAAAA |
9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 17 / 131 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G000978 |
Chr01 | NC_080387.1:20682086-20682095promoter 内 2480-2489 bp |
- | 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 20678587-20680574(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAT |
SmilChr02G003514 |
Chr02 | NC_080388.1:56336440-56336449promoter 内 2419-2428 bp |
- | 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 56329508-56334867(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAG |
SmilChr03G000825 |
Chr03 | NC_080389.1:9445008-9445017promoter 内 2394-2403 bp |
+ | 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 9439215-9443410(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GTTTGTCGGC |
SmilChr01G000393 |
Chr01 | NC_080387.1:8075930-8075939promoter 内 2343-2352 bp |
- | 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 8068297-8074281(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAT |
SmilChr02G004174 |
Chr02 | NC_080388.1:64033345-64033354promoter 内 2084-2093 bp |
- | 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 64035262-64036151(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CTTTGTCGGG |
SmilChr02G004137 |
Chr02 | NC_080388.1:63636109-63636118promoter 内 2054-2063 bp |
+ | 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 63627924-63634171(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ATTTGTCGGG |
SmilChr02G004350 |
Chr02 | NC_080388.1:65759012-65759021promoter 内 1938-1947 bp |
- | 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 65761075-65764167(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CTTTGTCGGG |
SmilChr01G005972 |
Chr01 | NC_080387.1:75400938-75400947promoter 内 1870-1879 bp |
+ | 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 75397096-75398816(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CTTTGTCGGG |
SmilChr01G000903 |
Chr01 | NC_080387.1:19088571-19088580promoter 内 1821-1830 bp |
+ | 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 19085731-19086400(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ATTTGTCGGG |
SmilChr02G003515 |
Chr02 | NC_080388.1:56336440-56336449promoter 内 1804-1813 bp |
- | 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 56338637-56340457(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CTTTGTCGGG |
SmilChr01G005950 |
Chr01 | NC_080387.1:75223090-75223099promoter 内 1696-1705 bp |
+ | 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 75218721-75220794(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ATTTGTCGGG |
SmilChr01G003004 |
Chr01 | NC_080387.1:49038140-49038149promoter 内 1682-1691 bp |
- | 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 49027842-49035830(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
SmilChr02G003566 |
Chr02 | NC_080388.1:56828961-56828970promoter 内 1550-1559 bp |
- | 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 56831412-56833232(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CTTTGTCGGG |
SmilChr02G002126 |
Chr02 | NC_080388.1:38077072-38077081promoter 内 1535-1544 bp |
+ | 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 38079538-38081399(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAG |
SmilChr01G004072 |
Chr01 | NC_080387.1:59127971-59127980promoter 内 1503-1512 bp |
- | 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 59120898-59125482(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAT |
SmilChr03G000890 |
Chr03 | NC_080389.1:10162826-10162835promoter 内 1478-1487 bp |
+ | 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 10165349-10166841(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAT |
SmilChr02G002103 |
Chr02 | NC_080388.1:37718858-37718867promoter 内 1475-1484 bp |
+ | 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 37713921-37716341(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ATTTGTCGGG |
SmilChr01G002901 |
Chr01 | NC_080387.1:47699574-47699583promoter 内 1472-1481 bp |
+ | 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 47696201-47697054(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GTTTGTCGGC |
SmilChr02G003565 |
Chr02 | NC_080388.1:56828961-56828970promoter 内 1448-1457 bp |
- | 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 56821444-56826417(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAG |
SmilChr01G000263 |
Chr01 | NC_080387.1:5063364-5063373promoter 内 1403-1412 bp |
- | 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 5059402-5060775(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
SmilChr03G000826 |
Chr03 | NC_080389.1:9445008-9445017promoter 内 1396-1405 bp |
+ | 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 9447613-9448063(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
SmilChr01G002265 |
Chr01 | NC_080387.1:39441671-39441680promoter 内 1384-1393 bp |
+ | 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 39444288-39446912(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAG |
SmilChr01G001859 |
Chr01 | NC_080387.1:33550475-33550484promoter 内 1301-1310 bp |
+ | 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 33553175-33557522(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAT |
SmilChr01G001901 |
Chr01 | NC_080387.1:34122329-34122338promoter 内 1254-1263 bp |
+ | 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 34125076-34129264(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAT |
SmilChr02G003292 |
Chr02 | NC_080388.1:54198977-54198986promoter 内 1249-1258 bp |
- | 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 54190962-54196234(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAT |
SmilChr01G000346 |
Chr01 | NC_080387.1:7056967-7056976promoter 内 1204-1213 bp |
+ | 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 7059764-7061098(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAG |
SmilChr01G000430 |
Chr01 | NC_080387.1:8589011-8589020promoter 内 1085-1094 bp |
- | 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 8591927-8592436(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GTTTGTCGGC |
SmilChr01G006102 |
Chr01 | NC_080387.1:76526775-76526784promoter 内 1072-1081 bp |
- | 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 76521564-76523855(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
SmilChr01G000703 |
Chr01 | NC_080387.1:15825619-15825628promoter 内 1027-1036 bp |
- | 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 15821262-15822654(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
SmilChr01G004754 |
Chr01 | NC_080387.1:65740829-65740838promoter 内 993-1002 bp |
- | 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 65743837-65744217(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ATTTGTCGGG |
SmilChr01G002981 |
Chr01 | NC_080387.1:48739427-48739436promoter 内 938-947 bp |
+ | 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 48742490-48744446(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
SmilChr01G005622 |
Chr01 | NC_080387.1:72715474-72715483promoter 内 748-757 bp |
- | 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 72708889-72712230(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAT |
SmilChr02G000111 |
Chr02 | NC_080388.1:1403680-1403689promoter 内 397-406 bp |
- | 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 1407284-1409535(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CTTTGTCGGG |
SmilChr01G000208 |
Chr01 | NC_080387.1:3626700-3626709promoter 内 362-371 bp |
- | 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 3616537-3623070(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
SmilChr03G000371 |
Chr03 | NC_080389.1:4157038-4157047promoter 内 12-21 bp |
- | 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 4150391-4153058(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
SmilChr01G000429 |
Chr01 | NC_080387.1:8589011-8589020promoter 内 3912-3921 bp |
- | 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 8589100-8590420(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GTTTGTCGGC |
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Chr01 | NC_080387.1:48739427-48739436promoter 内 3848-3857 bp |
+ | 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 48734833-48739283(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GTTTGTCGGC |
SmilChr01G001492 |
Chr01 | NC_080387.1:28731388-28731397promoter 内 3638-3647 bp |
+ | 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 28731751-28735693(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAT |
SmilChr02G004218 |
Chr02 | NC_080388.1:64403205-64403214promoter 内 3511-3520 bp |
- | 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 64401012-64402724(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
CCCGACAAAT |
SmilChr01G002660 |
Chr01 | NC_080387.1:44855677-44855686promoter 内 3402-3411 bp |
+ | 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 44846835-44855087(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ATTTGTCGGG |
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Chr02 | NC_080388.1:3565873-3565882promoter 内 3387-3396 bp |
+ | 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 3563736-3565268(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ATTTGTCGGG |
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Chr02 | NC_080388.1:70945286-70945295promoter 内 3278-3287 bp |
+ | 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 70938481-70944572(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GTTTGTCGGC |
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Chr01 | NC_080387.1:23187565-23187574promoter 内 3214-3223 bp |
+ | 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 23188352-23191802(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
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- | 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 13489710-13493063(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
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+ | 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 19762005-19765392(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
GCCGACAAAC |
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- | 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 12865618-12869264(-) |
SMil_00003923-RA_Salv |
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GCCGACAAAC |
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- | 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 25740127-25740813(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
ATTTGTCGGG |
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- | 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 30639834-30641550(+) |
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- | 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 5906524-5909885(-) |
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SmilChr01G003978 |
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- | 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 1 | 58236878-58238026(+) |
SMil_00003923-RA_Salv |
MP00153 |
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