转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 17 / 131 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000978 Chr01 NC_080387.1:20682086-20682095promoter 内 2480-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 20678587-20680574(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAT
SmilChr02G003514 Chr02 NC_080388.1:56336440-56336449promoter 内 2419-2428 bp - 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 56329508-56334867(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAG
SmilChr03G000825 Chr03 NC_080389.1:9445008-9445017promoter 内 2394-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 9439215-9443410(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGGC
SmilChr01G000393 Chr01 NC_080387.1:8075930-8075939promoter 内 2343-2352 bp - 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 8068297-8074281(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAT
SmilChr02G004174 Chr02 NC_080388.1:64033345-64033354promoter 内 2084-2093 bp - 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 64035262-64036151(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGGG
SmilChr02G004137 Chr02 NC_080388.1:63636109-63636118promoter 内 2054-2063 bp + 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 63627924-63634171(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGG
SmilChr02G004350 Chr02 NC_080388.1:65759012-65759021promoter 内 1938-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 65761075-65764167(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGGG
SmilChr01G005972 Chr01 NC_080387.1:75400938-75400947promoter 内 1870-1879 bp + 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 75397096-75398816(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGGG
SmilChr01G000903 Chr01 NC_080387.1:19088571-19088580promoter 内 1821-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 19085731-19086400(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGG
SmilChr02G003515 Chr02 NC_080388.1:56336440-56336449promoter 内 1804-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 56338637-56340457(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGGG
SmilChr01G005950 Chr01 NC_080387.1:75223090-75223099promoter 内 1696-1705 bp + 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 75218721-75220794(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGG
SmilChr01G003004 Chr01 NC_080387.1:49038140-49038149promoter 内 1682-1691 bp - 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 49027842-49035830(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAAC
SmilChr02G003566 Chr02 NC_080388.1:56828961-56828970promoter 内 1550-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 56831412-56833232(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGGG
SmilChr02G002126 Chr02 NC_080388.1:38077072-38077081promoter 内 1535-1544 bp + 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 38079538-38081399(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAG
SmilChr01G004072 Chr01 NC_080387.1:59127971-59127980promoter 内 1503-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 59120898-59125482(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAT
SmilChr03G000890 Chr03 NC_080389.1:10162826-10162835promoter 内 1478-1487 bp + 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 10165349-10166841(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAT
SmilChr02G002103 Chr02 NC_080388.1:37718858-37718867promoter 内 1475-1484 bp + 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 37713921-37716341(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGG
SmilChr01G002901 Chr01 NC_080387.1:47699574-47699583promoter 内 1472-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 47696201-47697054(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGGC
SmilChr02G003565 Chr02 NC_080388.1:56828961-56828970promoter 内 1448-1457 bp - 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 56821444-56826417(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAG
SmilChr01G000263 Chr01 NC_080387.1:5063364-5063373promoter 内 1403-1412 bp - 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 5059402-5060775(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAAC
SmilChr03G000826 Chr03 NC_080389.1:9445008-9445017promoter 内 1396-1405 bp + 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 9447613-9448063(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAAC
SmilChr01G002265 Chr01 NC_080387.1:39441671-39441680promoter 内 1384-1393 bp + 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 39444288-39446912(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAG
SmilChr01G001859 Chr01 NC_080387.1:33550475-33550484promoter 内 1301-1310 bp + 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 33553175-33557522(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAT
SmilChr01G001901 Chr01 NC_080387.1:34122329-34122338promoter 内 1254-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 34125076-34129264(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAT
SmilChr02G003292 Chr02 NC_080388.1:54198977-54198986promoter 内 1249-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 54190962-54196234(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAT
SmilChr01G000346 Chr01 NC_080387.1:7056967-7056976promoter 内 1204-1213 bp + 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 7059764-7061098(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAG
SmilChr01G000430 Chr01 NC_080387.1:8589011-8589020promoter 内 1085-1094 bp - 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 8591927-8592436(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGGC
SmilChr01G006102 Chr01 NC_080387.1:76526775-76526784promoter 内 1072-1081 bp - 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 76521564-76523855(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAAC
SmilChr01G000703 Chr01 NC_080387.1:15825619-15825628promoter 内 1027-1036 bp - 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 15821262-15822654(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAAC
SmilChr01G004754 Chr01 NC_080387.1:65740829-65740838promoter 内 993-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 65743837-65744217(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGG
SmilChr01G002981 Chr01 NC_080387.1:48739427-48739436promoter 内 938-947 bp + 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 48742490-48744446(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAAC
SmilChr01G005622 Chr01 NC_080387.1:72715474-72715483promoter 内 748-757 bp - 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 72708889-72712230(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAT
SmilChr02G000111 Chr02 NC_080388.1:1403680-1403689promoter 内 397-406 bp - 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 1407284-1409535(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGGG
SmilChr01G000208 Chr01 NC_080387.1:3626700-3626709promoter 内 362-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 3616537-3623070(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAAC
SmilChr03G000371 Chr03 NC_080389.1:4157038-4157047promoter 内 12-21 bp - 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 4150391-4153058(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GCCGACAAAC
SmilChr01G000429 Chr01 NC_080387.1:8589011-8589020promoter 内 3912-3921 bp - 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 8589100-8590420(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGGC
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SmilChr01G001492 Chr01 NC_080387.1:28731388-28731397promoter 内 3638-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 28731751-28735693(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CCCGACAAAT
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SmilChr01G002660 Chr01 NC_080387.1:44855677-44855686promoter 内 3402-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 44846835-44855087(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGG
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SmilChr02G004886 Chr02 NC_080388.1:70945286-70945295promoter 内 3278-3287 bp + 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 70938481-70944572(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGGC
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SmilChr01G003978 Chr01 NC_080387.1:58235843-58235852promoter 内 2966-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 58236878-58238026(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ATTTGTCGGG