转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 18 / 136 下载 TSV

上一页 18 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001144 Chr01 NC_080387.1:23384605-23384615promoter 内 1889-1899 bp + 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 23382398-23382503(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGCT
SmilChr06G000427 Chr06 NC_080392.1:3502985-3502995promoter 内 1623-1633 bp - 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 3505363-3508551(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGGC
SmilChr04G002096 Chr04 NC_080390.1:33791068-33791078promoter 内 1571-1581 bp + 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 33783651-33788648(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGGC
SmilChr01G000054 Chr01 NC_080387.1:848715-848725promoter 内 1445-1455 bp - 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 851271-853373(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGGC
SmilChr01G003980 Chr01 NC_080387.1:58239964-58239974promoter 内 1215-1225 bp - 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 58242750-58245425(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGGG
SmilChr05G003265 Chr05 NC_080391.1:42257027-42257037promoter 内 83-93 bp - 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 42251856-42253119(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGCT
SmilChr05G003871 Chr05 NC_080391.1:52316200-52316210promoter 内 76-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 52320125-52324870(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGCT
SmilChr01G001043 Chr01 NC_080387.1:21678372-21678382promoter 内 3530-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 21673892-21677911(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGTG
SmilChr01G002334 Chr01 NC_080387.1:40500430-40500440promoter 内 3530-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 40495964-40499969(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGTG
SmilChr04G002715 Chr04 NC_080390.1:42762764-42762774promoter 内 3530-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 42760769-42762303(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGTG
SmilChr03G001959 Chr03 NC_080389.1:28082145-28082155promoter 内 3625-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 28080979-28081779(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAGTT
SmilChr03G003976 Chr03 NC_080389.1:58777578-58777588promoter 内 3291-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 58776776-58776878(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGTG
SmilChr03G003975 Chr03 NC_080389.1:58777578-58777588promoter 内 2351-2361 bp - 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 58772403-58775938(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGTG
SmilChr07G000100 Chr07 NC_080393.1:543758-543768promoter 内 3727-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 544032-545478(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGCT
SmilChr01G005622 Chr01 NC_080387.1:72713251-72713261promoter 内 2970-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 72708889-72712230(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCG
SmilChr08G003646 Chr08 NC_080394.1:39980745-39980755promoter 内 2360-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 39978791-39979114(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAGTT
SmilChr05G001845 Chr05 NC_080391.1:18480962-18480972promoter 内 2326-2336 bp + 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 18482637-18483512(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCG
SmilChr01G003336 Chr01 NC_080387.1:52107887-52107897promoter 内 2221-2231 bp - 1770 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 52105785-52106117(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGTG
SmilChr01G005080 Chr01 NC_080387.1:68668693-68668703promoter 内 1616-1626 bp + 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 68671078-68671149(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGCG
SmilChr01G002067 Chr01 NC_080387.1:36526965-36526975promoter 内 1409-1419 bp - 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 36522430-36524383(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGTG
SmilChr04G001838 Chr04 NC_080390.1:29921178-29921188promoter 内 1255-1265 bp + 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 29923924-29926040(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGTG
SmilChr04G001150 Chr04 NC_080390.1:16972453-16972463promoter 内 1006-1016 bp - 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 16975448-16976587(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAGTT
SmilChr01G002578 Chr01 NC_080387.1:43926962-43926972promoter 内 917-927 bp + 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 43922847-43923888(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGCT
SmilChr05G003726 Chr05 NC_080391.1:50351799-50351809promoter 内 466-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 50355334-50357596(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCGTG
SmilChr01G001379 Chr01 NC_080387.1:27191971-27191981promoter 内 80-90 bp + 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 27187377-27188060(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGCT
SmilChr08G001868 Chr08 NC_080394.1:16053304-16053314promoter 内 2965-2975 bp - 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 16054340-16063094(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGCA
SmilChr07G002399 Chr07 NC_080393.1:22340437-22340447promoter 内 3406-3416 bp + 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 22337319-22339852(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTG
SmilChr08G000075 Chr08 NC_080394.1:437547-437557promoter 内 3145-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 438403-442039(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTG
SmilChr08G001261 Chr08 NC_080394.1:9994185-9994195promoter 内 2887-2897 bp + 1104 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 9987921-9993081(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTG
SmilChr05G000270 Chr05 NC_080391.1:2080749-2080759promoter 内 2833-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 2081917-2082791(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGGC
SmilChr01G005859 Chr01 NC_080387.1:74519405-74519415promoter 内 2759-2769 bp + 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 74514983-74518173(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTG
SmilChr04G002166 Chr04 NC_080390.1:34944785-34944795promoter 内 1724-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 34942446-34942518(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTG
SmilChr02G004282 Chr02 NC_080388.1:65069023-65069033promoter 内 779-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 65055731-65065811(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGCA
SmilChr01G002663 Chr01 NC_080387.1:44876031-44876041promoter 内 279-289 bp - 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 44870500-44872319(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGCC
SmilChr03G000497 Chr03 NC_080389.1:5316486-5316496promoter 内 3858-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 5316629-5320251(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACTCAGCGCC
SmilChr01G003213 Chr01 NC_080387.1:50911075-50911085promoter 内 3814-3824 bp + 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 50903496-50910898(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGTG
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