转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 19 / 149 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000373 Chr01 NC_080387.1:7683993-7684007promoter 内 1767-1781 bp + 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7686227-7698295(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAACTTATCCATTTT
SmilChr03G002190 Chr03 NC_080389.1:34200539-34200553promoter 内 1737-1751 bp - 2250 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 34195770-34198289(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCATTATCCATAAT
SmilChr01G004582 Chr01 NC_080387.1:63862104-63862118promoter 内 1710-1724 bp + 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 63856577-63859827(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATGGATAATGAT
SmilChr01G005201 Chr01 NC_080387.1:69689198-69689212promoter 内 1457-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 69691742-69692321(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCCTTTCC
SmilChr01G003863 Chr01 NC_080387.1:56897995-56898009promoter 内 1398-1412 bp - 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56891702-56895406(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATTATCCACAAC
SmilChr02G002833 Chr02 NC_080388.1:48472072-48472086promoter 内 991-1005 bp + 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 48475082-48484788(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCATTATCCATATT
SmilChr02G000512 Chr02 NC_080388.1:7082550-7082564promoter 内 827-841 bp - 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7076226-7079390(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCTACAAC
SmilChr01G005404 Chr01 NC_080387.1:71307587-71307601promoter 内 661-675 bp + 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71303109-71304261(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTCGGATAAGATT
SmilChr02G001333 Chr02 NC_080388.1:24781902-24781916promoter 内 505-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 24785398-24787724(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCTATAAA
SmilChr01G004905 Chr01 NC_080387.1:67102722-67102736promoter 内 370-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 67106353-67109520(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAATAGATAAGGTC
SmilChr04G002237 Chr04 NC_080390.1:36091314-36091328promoter 内 267-281 bp - 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 36095048-36120297(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATAATATT
SmilChr01G003679 Chr01 NC_080387.1:55208520-55208534promoter 内 251-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 55200909-55204784(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCCTTTCC
SmilChr01G002344 Chr01 NC_080387.1:40593934-40593948promoter 内 29-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40586139-40589976(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAATGGATAATGCT
SmilChr04G003040 Chr04 NC_080390.1:46898000-46898014promoter 内 360-374 bp + 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 46901641-46903773(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTCTTATCCATAAT
SmilChr02G003653 Chr02 NC_080388.1:57918229-57918243promoter 内 3626-3640 bp - 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 57913076-57917868(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACTTTATCCAAACA
SmilChr04G003178 Chr04 NC_080390.1:48468168-48468182promoter 内 759-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 48471410-48474040(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATGGATAAGAAA
SmilChr03G004718 Chr03 NC_080389.1:64413657-64413671promoter 内 3898-3912 bp + 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 64413760-64417012(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACTTTATCCACTTG
SmilChr04G002684 Chr04 NC_080390.1:42288330-42288344promoter 内 3819-3833 bp + 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 42285729-42288162(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATAATGTG
SmilChr04G002655 Chr04 NC_080390.1:41959674-41959688promoter 内 3728-3742 bp - 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 41959947-41960776(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTTTGGATAAAGAT
SmilChr04G001631 Chr04 NC_080390.1:27055980-27055994promoter 内 3215-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 27053956-27055208(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTGGATAATGTA
SmilChr01G003507 Chr01 NC_080387.1:53646515-53646529promoter 内 2901-2915 bp - 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 53647615-53653795(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATAGGATAAGATT
SmilChr03G003449 Chr03 NC_080389.1:52857065-52857079promoter 内 2665-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 52853738-52855743(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATGGATAAGAAA
SmilChr03G002657 Chr03 NC_080389.1:42243643-42243657promoter 内 2524-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 42240966-42242180(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACTTTGGATAAGATT
SmilChr03G004717 Chr03 NC_080389.1:64413657-64413671promoter 内 2267-2281 bp + 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 64408633-64411937(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAAGTGGATAAAGTT
SmilChr04G003498 Chr04 NC_080390.1:51402408-51402422promoter 内 1919-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 51393355-51400340(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATAGGATAAGATT
SmilChr04G002614 Chr04 NC_080390.1:41558764-41558778promoter 内 1642-1656 bp - 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 41561123-41561845(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTTTGGATAAAGAT
SmilChr02G005372 Chr02 NC_080388.1:74407607-74407621promoter 内 1303-1317 bp + 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 74410305-74412582(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCTATAT
SmilChr03G001406 Chr03 NC_080389.1:16660227-16660241promoter 内 1228-1242 bp - 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 16663000-16664166(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTAGGATAAGGCA
SmilChr03G004296 Chr03 NC_080389.1:61368045-61368059promoter 内 1093-1107 bp - 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 61370953-61373457(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATAGGATAAGATT
SmilChr04G002562 Chr04 NC_080390.1:40942556-40942570promoter 内 925-939 bp + 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 40945632-40947752(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTCTTATCCATATG
SmilChr01G003611 Chr01 NC_080387.1:54656979-54656993promoter 内 713-727 bp - 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 54660267-54661448(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATAGGATAAGATT
SmilChr01G002139 Chr01 NC_080387.1:37373601-37373615promoter 内 173-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 37377429-37378289(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGCTTATCCATTAA
SmilChr03G001857 Chr03 NC_080389.1:25615058-25615072promoter 内 3946-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 25615113-25623695(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATAGGATAAGATT
SmilChr03G002630 Chr03 NC_080389.1:41755259-41755273promoter 内 3875-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 41755385-41756770(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAATGGATAAGGGC
SmilChr04G000850 Chr04 NC_080390.1:10747075-10747089promoter 内 3862-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 10747214-10747287(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATCTTATCCAATAT
SmilChr01G001345 Chr01 NC_080387.1:26705391-26705405promoter 内 3824-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 26705568-26708801(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATGGATAAGAAA
SmilChr01G004698 Chr01 NC_080387.1:65079998-65080012promoter 内 3819-3833 bp + 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 65080180-65085224(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATCTTATCCAATCT
SmilChr01G004292 Chr01 NC_080387.1:61135367-61135381promoter 内 3794-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 61132968-61135174(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAAAGGATAAGATA
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SmilChr01G001247 Chr01 NC_080387.1:24986133-24986147promoter 内 3574-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24986560-24987734(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCGTTAG
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SmilChr01G004066 Chr01 NC_080387.1:59072553-59072567promoter 内 3373-3387 bp + 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 59070817-59071939(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGTCTGGATAAGGAT
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SmilChr04G003472 Chr04 NC_080390.1:51191599-51191613promoter 内 3183-3197 bp + 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 51186651-51190795(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGAATGGATAAGAAT
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