转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 2 / 152 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001897 Chr01 NC_080387.1:34090032-34090050promoter 内 66-84 bp - 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 34085428-34086115(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCCCCCAACCACCTCTCG
SmilChr04G002305 Chr04 NC_080390.1:37325759-37325777promoter 内 3175-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 37326585-37327405(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGCCCCCAACCACCATCGC
SmilChr01G001182 Chr01 NC_080387.1:23882314-23882332promoter 内 1797-1815 bp + 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 23866677-23880128(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTGGTGGTTGAGGATG
SmilChr03G000367 Chr03 NC_080389.1:4099696-4099714promoter 内 921-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 4102776-4104254(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGAAGGTGGTTGGAGTTG
SmilChr02G001578 Chr02 NC_080388.1:29376535-29376553promoter 内 762-780 bp - 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 29379774-29381798(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAGAGGTGGTTGGAGAAG
SmilChr01G002416 Chr01 NC_080387.1:41536965-41536983promoter 内 3386-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 41537580-41538929(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGAGGTGGTTGCGGAGG
SmilChr04G002311 Chr04 NC_080390.1:37411390-37411408promoter 内 2459-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 37412932-37423473(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCCCCAACCACTTTCTT
SmilChr04G002328 Chr04 NC_080390.1:37584480-37584498promoter 内 2370-2388 bp + 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 37586111-37596932(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCCCCAACCACTTTCTT
SmilChr03G002847 Chr03 NC_080389.1:45035948-45035966promoter 内 2214-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 45029734-45034179(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCCCCCAACCACCCCCAC
SmilChr02G004876 Chr02 NC_080388.1:70844279-70844297promoter 内 1889-1907 bp - 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 70840325-70842185(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTCCAACCACCTCGGG
SmilChr05G001968 Chr05 NC_080391.1:20283717-20283735promoter 内 158-176 bp + 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 20276669-20279892(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGAAGGTGGGTGGGGAGG
SmilChr01G003482 Chr01 NC_080387.1:53372801-53372819promoter 内 2960-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 53373842-53376928(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCACCAACCACCTCTGC
SmilChr02G003081 Chr02 NC_080388.1:51734410-51734428promoter 内 3409-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 51733764-51733836(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGAAGGTGGTTGGTGGCG
SmilChr02G000151 Chr02 NC_080388.1:1991417-1991435promoter 内 2867-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 1992551-1995058(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCTCCAACCACCCCTTC
SmilChr01G001378 Chr01 NC_080387.1:27155637-27155655promoter 内 56-74 bp + 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 27147069-27151710(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGAGGTGGTTGGGGTCT
SmilChr01G003210 Chr01 NC_080387.1:50876663-50876681promoter 内 1643-1661 bp - 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 5 50871331-50874323(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGCCACCAACCACCTCTGC
SmilChr01G004831 Chr01 NC_080387.1:66451808-66451826promoter 内 1757-1775 bp + 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 66440004-66449582(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAGAGGTGGTTGGGGGGA
SmilChr05G001304 Chr05 NC_080391.1:11256039-11256057promoter 内 3914-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 11256126-11257890(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGGGGTGGTTGGGGGGT
SmilChr04G001892 Chr04 NC_080390.1:30892810-30892828promoter 内 2959-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 30883867-30891786(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGTCGGTGGTTGGGGATG
SmilChr04G001307 Chr04 NC_080390.1:20863194-20863212promoter 内 2035-2053 bp - 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 20859819-20861246(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCCCCAACCACCATAAC
SmilChr03G000209 Chr03 NC_080389.1:2403366-2403384promoter 内 3888-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 2403479-2406045(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCCTCCAACCACCTCAGC
SmilChr04G002980 Chr04 NC_080390.1:46226116-46226134promoter 内 3127-3145 bp - 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 46213024-46225260(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCCCCACCCACCTTCTT
SmilChr02G004673 Chr02 NC_080388.1:69096784-69096802promoter 内 2953-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 4 69091695-69095754(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCCCCCAACCACCTCTCA
SmilChr05G001140 Chr05 NC_080391.1:9534277-9534295promoter 内 1395-1413 bp - 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 9529481-9531689(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTCGCCAACCACCTCTGC
SmilChr04G002498 Chr04 NC_080390.1:39919150-39919168promoter 内 177-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 39912889-39915344(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAGAGGTGGTTGGGGGAA
SmilChr03G001134 Chr03 NC_080389.1:13073606-13073624promoter 内 2927-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 13074680-13077615(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAGGTGGGTGGGGGGT
SmilChr02G005119 Chr02 NC_080388.1:72678531-72678549promoter 内 2486-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 72680046-72684140(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCCTTCAACCACCTCCCC
SmilChr04G004024 Chr04 NC_080390.1:55477795-55477813promoter 内 1900-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 55479896-55481306(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAATGGTGGTTGGGGCAG
SmilChr02G005117 Chr02 NC_080388.1:72678531-72678549promoter 内 1216-1234 bp + 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 72672090-72675764(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGAGGTGGTTGAAGGAT
SmilChr04G000821 Chr04 NC_080390.1:10324137-10324155promoter 内 672-690 bp - 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 10317787-10320826(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATCCCCAACCACCTCAAT
SmilChr01G002734 Chr01 NC_080387.1:45689173-45689191promoter 内 344-362 bp + 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 45692830-45692988(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCTTCAACCACCACCAC
SmilChr01G001999 Chr01 NC_080387.1:35495152-35495170promoter 内 121-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 35499032-35502377(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAGAGGTGGTTGGGGGAA
SmilChr02G004692 Chr02 NC_080388.1:69269390-69269408promoter 内 2392-2410 bp - 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 69270999-69273246(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGGGTGGTTGGAGAAT
SmilChr02G000479 Chr02 NC_080388.1:6585779-6585797promoter 内 941-959 bp + 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6579395-6582737(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATAAGGTGGTTGAGGCAG
SmilChr03G001971 Chr03 NC_080389.1:28409572-28409590promoter 内 705-723 bp - 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 28412868-28414304(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGATTGGTGGTTGGGGTGG
SmilChr03G003957 Chr03 NC_080389.1:58603797-58603815promoter 内 948-966 bp + 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 58606850-58609894(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCCCCAACCACTATCAC
SmilChr03G002255 Chr03 NC_080389.1:35492940-35492958promoter 内 506-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 35496435-35498673(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGGGGTGGTTGGCGGCG
SmilChr02G000722 Chr02 NC_080388.1:11618842-11618860promoter 内 2522-2540 bp + 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 11615294-11617381(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAAAGGTAGTTGGGGCTG
SmilChr01G004802 Chr01 NC_080387.1:66234104-66234122promoter 内 3623-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 66234482-66236984(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAAGGTGGTTGGAGTTT
SmilChr02G004265 Chr02 NC_080388.1:64859955-64859973promoter 内 3249-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 64847257-64859221(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCCTCAACCACCTTCCA
SmilChr03G002593 Chr03 NC_080389.1:41236052-41236070promoter 内 2972-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 41233848-41235041(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAAGTGGTTGGGAAGA
SmilChr03G001553 Chr03 NC_080389.1:19577999-19578017promoter 内 2864-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 19579136-19579945(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCCCAACCACCCCCGA
SmilChr02G001427 Chr02 NC_080388.1:26931485-26931503promoter 内 2103-2121 bp - 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 26933383-26936742(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGGGGTGGTTGGAGGAA
SmilChr03G001704 Chr03 NC_080389.1:22636624-22636642promoter 内 1793-1811 bp + 2190 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 22632393-22634434(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAGCGGTGGTTGGGATGG
SmilChr01G005642 Chr01 NC_080387.1:72852864-72852882promoter 内 1437-1455 bp + 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72849507-72850318(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAAGTGGTTGGGAAGA
SmilChr01G004406 Chr01 NC_080387.1:62165841-62165859promoter 内 563-581 bp - 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 62160552-62162421(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTTCCCAACCACTTTCTC
SmilChr01G005644 Chr01 NC_080387.1:72852864-72852882promoter 内 207-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72856658-72859105(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTTCCCAACCACTTTCTC
SmilChr04G004181 Chr04 NC_080390.1:56382441-56382459promoter 内 1035-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 56385407-56394503(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCCTCAACCACTACCGC
SmilChr02G002666 Chr02 NC_080388.1:46156383-46156401promoter 内 3849-3867 bp - 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 46156535-46157296(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGAAGTGGTTGAGGGAG
SmilChr03G004691 Chr03 NC_080389.1:64284773-64284791promoter 内 3100-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 64285674-64285745(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGAAGTGGTTGGAAAAG