转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 21 / 152 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003980 Chr02 NC_080388.1:62056553-62056571promoter 内 469-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 62060085-62064416(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAGCAGTGGTTGGAAGTG
SmilChr04G002638 Chr04 NC_080390.1:41793020-41793038promoter 内 283-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 41786703-41789320(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAATGTGGTTGCGGAAG
SmilChr02G001724 Chr02 NC_080388.1:31758598-31758616promoter 内 271-289 bp + 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 31753657-31754886(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGATGTGGTTGGCAGCA
SmilChr01G000797 Chr01 NC_080387.1:17240811-17240829promoter 内 204-222 bp + 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 17235549-17237032(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAAAAGTGGGTGGAAAAG
SmilChr01G001853 Chr01 NC_080387.1:33474262-33474280promoter 内 196-214 bp + 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 33467816-33470475(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAATGTGGTTGCGGAAG
SmilChr02G001725 Chr02 NC_080388.1:31758598-31758616promoter 内 80-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 31762519-31763588(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGCTGCCAACCACATCCCC
SmilChr03G002233 Chr03 NC_080389.1:35242712-35242730promoter 内 5-23 bp - 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 35236852-35238734(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTTTTCAACCACATTCAC
SmilChr03G003121 Chr03 NC_080389.1:48374967-48374985promoter 内 2942-2960 bp - 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 48376026-48378649(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGTTGTGGTTGGGGTGG
SmilChr02G001316 Chr02 NC_080388.1:24475054-24475072promoter 内 2906-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 24470867-24473977(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGGCGGTGGTTGTGGGCG
SmilChr02G002447 Chr02 NC_080388.1:42702348-42702366promoter 内 1544-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 42698713-42699909(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAAATGTGGTTGGGGATT
SmilChr05G001091 Chr05 NC_080391.1:9100329-9100347promoter 内 555-573 bp + 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 9094467-9096901(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTTGGGTGGTTGGTGGAG
SmilChr02G003200 Chr02 NC_080388.1:53160966-53160984promoter 内 3923-3941 bp - 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 53158001-53160906(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr02G003201 Chr02 NC_080388.1:53170696-53170714promoter 内 3923-3941 bp - 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 53167782-53170636(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr03G001525 Chr03 NC_080389.1:18924467-18924485promoter 内 3919-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 18922089-18924403(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr02G002523 Chr02 NC_080388.1:43883387-43883405promoter 内 2971-2989 bp - 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 43884417-43886031(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGTGAGTGGTTGGGAATG
SmilChr04G001567 Chr04 NC_080390.1:25985717-25985735promoter 内 2817-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 25983405-25984551(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTATGGTGGTTGGCAGAT
SmilChr02G001317 Chr02 NC_080388.1:24484441-24484459promoter 内 2741-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 24482259-24483199(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGGCGGTGGTTGTGGGCG
SmilChr02G004305 Chr02 NC_080388.1:65429629-65429647promoter 内 2265-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 65431365-65443597(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCAAGGTGGTTGGGTACC
SmilChr04G003369 Chr04 NC_080390.1:50269329-50269347promoter 内 2124-2142 bp + 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 50259961-50267470(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGGCGGTGGTTGGTGGGT
SmilChr05G000815 Chr05 NC_080391.1:6370988-6371006promoter 内 1989-2007 bp - 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 6373000-6373649(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAGAAGTGGTTGGGCCTC
SmilChr03G003743 Chr03 NC_080389.1:56472721-56472739promoter 内 1937-1955 bp - 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 56474785-56481308(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTGGGGTGGTTGGAATGT
SmilChr01G006064 Chr01 NC_080387.1:76060940-76060958promoter 内 1823-1841 bp + 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 76063118-76066924(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTCCCAACCACTCACAG
SmilChr02G004241 Chr02 NC_080388.1:64606792-64606810promoter 内 1542-1560 bp + 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 64609251-64610499(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCCCTCAACCACTTCTCA
SmilChr04G000719 Chr04 NC_080390.1:8419635-8419653promoter 内 1329-1347 bp + 2654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 8422307-8424016(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGTTCAACCACCGCCGC
SmilChr02G000031 Chr02 NC_080388.1:385005-385023promoter 内 1028-1046 bp - 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 387978-389068(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGGATGTGGTTGGGAATC
SmilChr04G000634 Chr04 NC_080390.1:7208623-7208641promoter 内 741-759 bp + 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 7202489-7205381(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGGCGGTGGTTGCGGCTG
SmilChr04G001568 Chr04 NC_080390.1:25985717-25985735promoter 内 655-673 bp + 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 25989063-25993539(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCTGCCAACCACCATAGC
SmilChr03G004621 Chr03 NC_080389.1:63902749-63902767promoter 内 391-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 63898406-63899157(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTTCACAACCACCACTCC
SmilChr01G000040 Chr01 NC_080387.1:638357-638375promoter 内 3948-3966 bp - 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 635623-638322(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr04G002221 Chr04 NC_080390.1:35897650-35897668promoter 内 3935-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35894991-35897602(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr04G002222 Chr04 NC_080390.1:35909499-35909517promoter 内 3935-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35906714-35909451(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr03G000662 Chr03 NC_080389.1:7409027-7409045promoter 内 3927-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7405691-7408971(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr02G001440 Chr02 NC_080388.1:27085152-27085170promoter 内 3924-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 27085229-27088122(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr04G001658 Chr04 NC_080390.1:27553776-27553794promoter 内 3924-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 27553853-27556576(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr04G002220 Chr04 NC_080390.1:35887049-35887067promoter 内 3880-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35884281-35886946(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr03G003543 Chr03 NC_080389.1:54072728-54072746promoter 内 3852-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54071383-54072597(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTCTTCAACCACCAATTC
SmilChr04G000130 Chr04 NC_080390.1:1114934-1114952promoter 内 3621-3639 bp - 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1111619-1114572(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGCCACCAACCACATCCTC
SmilChr04G002219 Chr04 NC_080390.1:35869568-35869586promoter 内 3346-3364 bp - 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35868149-35868931(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCACCAACCACCCAACC
SmilChr01G002697 Chr01 NC_080387.1:45233249-45233267promoter 内 3334-3352 bp - 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45233916-45235474(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGTAGTGGTTGGATCGA
SmilChr01G000703 Chr01 NC_080387.1:15823472-15823490promoter 内 3165-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15821262-15822654(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGGCGGTGGTTGTGGGCG
SmilChr01G000705 Chr01 NC_080387.1:15833165-15833183promoter 内 3162-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 15830954-15832344(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGGCGGTGGTTGTGGGCG
SmilChr02G002777 Chr02 NC_080388.1:47833436-47833454promoter 内 3051-3069 bp - 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 47834386-47836088(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAAAGGTGGTTGAAATTT
SmilChr02G004826 Chr02 NC_080388.1:70380017-70380035promoter 内 3008-3026 bp - 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 70369528-70379042(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGCCACAACCACCACTAC
SmilChr03G000106 Chr03 NC_080389.1:1182353-1182371promoter 内 2945-2963 bp + 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1179413-1181315(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGTGAGTGGTTGGGAATG
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SmilChr03G004561 Chr03 NC_080389.1:63556867-63556885promoter 内 2856-2874 bp - 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 63558012-63560227(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGTGGTGGTTGAGAGGA
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SmilChr02G005596 Chr02 NC_080388.1:75707693-75707711promoter 内 2752-2770 bp - 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 75704910-75706462(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTCTCCAACCACTAATTC
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