转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 21 / 162 下载 TSV

上一页 21 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000333 Chr08 NC_080394.1:2332124-2332133promoter 内 2013-2022 bp + 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 2328319-2330145(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr01G004458 Chr01 NC_080387.1:62695099-62695108promoter 内 2011-2020 bp - 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 62697089-62699251(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr04G000453 Chr04 NC_080390.1:4811321-4811330promoter 内 1937-1946 bp + 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 4806858-4809266(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr02G005306 Chr02 NC_080388.1:73985000-73985009promoter 内 1922-1931 bp + 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 73980373-73982930(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr03G001816 Chr03 NC_080389.1:24834187-24834196promoter 内 1797-1806 bp + 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 24836391-24838682(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr01G000208 Chr01 NC_080387.1:3625360-3625369promoter 内 1702-1711 bp + 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 3616537-3623070(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr05G004160 Chr05 NC_080391.1:55502621-55502630promoter 内 1643-1652 bp - 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 55504979-55507681(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr01G001940 Chr01 NC_080387.1:34608026-34608035promoter 内 1607-1616 bp - 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 34587467-34605641(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr01G001497 Chr01 NC_080387.1:28818555-28818564promoter 内 1378-1387 bp - 2614 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 28821178-28822257(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr04G003959 Chr04 NC_080390.1:55124108-55124117promoter 内 884-893 bp - 3108 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 55118334-55121000(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr02G001327 Chr02 NC_080388.1:24744980-24744989promoter 内 872-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 24738717-24741860(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr01G003923 Chr01 NC_080387.1:57477190-57477199promoter 内 806-815 bp + 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 57480385-57485705(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr06G000998 Chr06 NC_080392.1:9878403-9878412promoter 内 654-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 9881750-9886822(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr02G005364 Chr02 NC_080388.1:74353942-74353951promoter 内 628-637 bp + 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 74348519-74350578(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr04G000738 Chr04 NC_080390.1:8947138-8947147promoter 内 270-279 bp + 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 8950869-8952636(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr08G000364 Chr08 NC_080394.1:2507591-2507600promoter 内 218-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 2511374-2512397(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr04G002879 Chr04 NC_080390.1:44993988-44993997promoter 内 3985-3994 bp + 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 44994004-44997472(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr06G002349 Chr06 NC_080392.1:34171295-34171304promoter 内 3984-3993 bp - 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 34168033-34171287(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr07G000435 Chr07 NC_080393.1:3053428-3053437promoter 内 3843-3852 bp - 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 3052995-3053279(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr04G001259 Chr04 NC_080390.1:19862961-19862970promoter 内 3787-3796 bp - 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19863175-19864535(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr04G000026 Chr04 NC_080390.1:269949-269958promoter 内 3782-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 270168-273153(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr05G002153 Chr05 NC_080391.1:22745838-22745847promoter 内 3755-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 22744894-22745601(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr02G000573 Chr02 NC_080388.1:8117686-8117695promoter 内 3656-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 8118031-8119196(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr04G001258 Chr04 NC_080390.1:19852017-19852026promoter 内 3656-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19852362-19853591(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr05G001161 Chr05 NC_080391.1:9763232-9763241promoter 内 3613-3622 bp - 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 9757662-9762853(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr07G003356 Chr07 NC_080393.1:36050571-36050580promoter 内 3613-3622 bp - 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 36050959-36052143(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr03G001842 Chr03 NC_080389.1:25315345-25315354promoter 内 3605-3614 bp + 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 25315741-25323625(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACCA
SmilChr07G003439 Chr07 NC_080393.1:38050708-38050717promoter 内 3584-3593 bp + 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 38049197-38050300(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr02G000797 Chr02 NC_080388.1:13201882-13201891promoter 内 3580-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 13200323-13201470(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr02G000796 Chr02 NC_080388.1:13190928-13190937promoter 内 3559-3568 bp + 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 13189369-13190495(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr04G003474 Chr04 NC_080390.1:51196867-51196876promoter 内 3555-3564 bp + 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 51192356-51196430(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr05G003023 Chr05 NC_080391.1:37765340-37765349promoter 内 3536-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 37763821-37764884(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr04G001024 Chr04 NC_080390.1:14363223-14363232promoter 内 3521-3530 bp - 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 14363703-14364842(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr04G001025 Chr04 NC_080390.1:14372652-14372661promoter 内 3521-3530 bp - 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 14373132-14374220(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr02G004933 Chr02 NC_080388.1:71313535-71313544promoter 内 3492-3501 bp - 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 71314044-71314942(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
SmilChr05G003256 Chr05 NC_080391.1:42075501-42075510promoter 内 3465-3474 bp - 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 42076037-42077085(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTAT
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