转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 23 / 139 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001979 Chr03 NC_080389.1:28721431-28721442promoter 内 2048-2059 bp + 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 28723384-28731521(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCTGACGTGGA
SmilChr02G003574 Chr02 NC_080388.1:56902605-56902616promoter 内 1951-1962 bp + 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 56898632-56900566(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGAG
SmilChr03G003232 Chr03 NC_080389.1:50132419-50132430promoter 内 1943-1954 bp + 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 50127451-50130372(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr01G005044 Chr01 NC_080387.1:68376417-68376428promoter 内 1911-1922 bp - 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 68372151-68374338(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACTGACGTGGA
SmilChr01G000100 Chr01 NC_080387.1:1811295-1811306promoter 内 1697-1708 bp + 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 1806014-1809002(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr01G000099 Chr01 NC_080387.1:1802545-1802556promoter 内 1696-1707 bp + 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 1797263-1800251(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr03G001748 Chr03 NC_080389.1:23725043-23725054promoter 内 1611-1622 bp + 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 23719198-23722664(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr01G000242 Chr01 NC_080387.1:4507686-4507697promoter 内 1573-1584 bp + 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 4501786-4505269(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr03G001462 Chr03 NC_080389.1:17460082-17460093promoter 内 1482-1493 bp + 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 17462601-17463092(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATCTGACGTGGG
SmilChr01G004600 Chr01 NC_080387.1:63992885-63992896promoter 内 1478-1489 bp - 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 63989068-63990373(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACACGTGGC
SmilChr01G004601 Chr01 NC_080387.1:63992885-63992896promoter 内 1459-1470 bp - 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 63995427-64002877(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTGCA
SmilChr02G004702 Chr02 NC_080388.1:69327423-69327434promoter 内 1454-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 69329970-69333125(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCTGACGTGGA
SmilChr02G000641 Chr02 NC_080388.1:9700844-9700855promoter 内 1453-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 9703392-9706749(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr02G001242 Chr02 NC_080388.1:22811636-22811647promoter 内 1372-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 22805990-22809018(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr03G003173 Chr03 NC_080389.1:49119417-49119428promoter 内 1327-1338 bp + 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 49111047-49116754(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGTG
SmilChr02G004077 Chr02 NC_080388.1:63058251-63058262promoter 内 1069-1080 bp - 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 63061183-63063735(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGAG
SmilChr01G002791 Chr01 NC_080387.1:46407620-46407631promoter 内 823-834 bp - 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 46403662-46404453(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCTGACGTGGA
SmilChr02G004076 Chr02 NC_080388.1:63058215-63058226promoter 内 822-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 63053717-63055047(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCTGACGTGGA
SmilChr04G000576 Chr04 NC_080390.1:6417906-6417917promoter 内 647-658 bp + 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 6421260-6422212(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACACGTGGC
SmilChr04G001203 Chr04 NC_080390.1:18490507-18490518promoter 内 554-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 18486454-18487071(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGAG
SmilChr02G004824 Chr02 NC_080388.1:70346610-70346621promoter 内 390-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 70342030-70343010(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCTGACGTGGA
SmilChr02G000682 Chr02 NC_080388.1:10770222-10770233promoter 内 364-375 bp + 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 10765274-10766596(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr03G002061 Chr03 NC_080389.1:31396562-31396573promoter 内 340-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 31400223-31405967(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr03G003160 Chr03 NC_080389.1:48956962-48956973promoter 内 204-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 48960759-48964130(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGTG
SmilChr01G000508 Chr01 NC_080387.1:10243282-10243293promoter 内 168-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 10247115-10250188(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTC
SmilChr04G003055 Chr04 NC_080390.1:47136806-47136817promoter 内 3915-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 47135548-47136731(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGAT
SmilChr01G004483 Chr01 NC_080387.1:62962882-62962893promoter 内 3893-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 62962990-62965431(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGGT
SmilChr04G000575 Chr04 NC_080390.1:6417906-6417917promoter 内 3606-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6418301-6419386(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACACGTGGC
SmilChr04G003157 Chr04 NC_080390.1:48201473-48201484promoter 内 3555-3566 bp - 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48201919-48202602(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGAT
SmilChr03G004471 Chr03 NC_080389.1:62802090-62802101promoter 内 3511-3522 bp + 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 62800487-62801611(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAGTG
SmilChr04G003089 Chr04 NC_080390.1:47515373-47515384promoter 内 3391-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 47515983-47517462(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACACGTGGC
SmilChr03G001710 Chr03 NC_080389.1:22873009-22873020promoter 内 3339-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 22873671-22874800(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACACGTGGC
SmilChr03G004606 Chr03 NC_080389.1:63819192-63819203promoter 内 3257-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 63815932-63818459(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCTGACGTGGA
SmilChr03G004600 Chr03 NC_080389.1:63794541-63794552promoter 内 3201-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 63791313-63793752(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCTGACGTGGA
SmilChr02G004226 Chr02 NC_080388.1:64477513-64477524promoter 内 3149-3160 bp + 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 64478365-64486743(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTCTGACGTGGA
SmilChr01G005856 Chr01 NC_080387.1:74490655-74490666promoter 内 2990-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 74491666-74497993(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GACTGACGTGGA
SmilChr04G001813 Chr04 NC_080390.1:29632365-29632376promoter 内 2984-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 29633382-29634236(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCACACGTGGC
SmilChr03G004097 Chr03 NC_080389.1:59848174-59848185promoter 内 2982-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59844411-59847166(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACTGACGTGGA
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SmilChr01G001701 Chr01 NC_080387.1:31446331-31446342promoter 内 1716-1727 bp + 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 31448616-31451301(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CACTGACGTGGA
SmilChr02G001465 Chr02 NC_080388.1:27384479-27384490promoter 内 1529-1540 bp - 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 27386951-27390400(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGAG
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