转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 23 / 149 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000497 Chr03 NC_080389.1:5314445-5314452promoter 内 1817-1824 bp - 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 5316629-5320251(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G001105 Chr01 NC_080387.1:22629094-22629101promoter 内 1789-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 22623892-22626889(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G003395 Chr02 NC_080388.1:55074241-55074248promoter 内 1784-1791 bp + 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 55063768-55072031(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G000462 Chr04 NC_080390.1:4921152-4921159promoter 内 1771-1778 bp - 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 4923382-4924398(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G003749 Chr03 NC_080389.1:56547255-56547262promoter 内 1752-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 56549504-56552002(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G001645 Chr04 NC_080390.1:27359112-27359119promoter 内 1748-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 27354562-27356866(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G003211 Chr03 NC_080389.1:49714239-49714246promoter 内 1746-1753 bp - 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 49716494-49725592(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr05G001541 Chr05 NC_080391.1:14117512-14117519promoter 内 1707-1714 bp - 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 14119806-14124876(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G004982 Chr01 NC_080387.1:67874005-67874012promoter 内 1706-1713 bp - 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 67876300-67879157(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G004115 Chr04 NC_080390.1:56059508-56059515promoter 内 1705-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 56052787-56057219(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr04G000086 Chr04 NC_080390.1:760087-760094promoter 内 1688-1695 bp + 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 762400-766959(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G002091 Chr02 NC_080388.1:37541690-37541697promoter 内 1653-1660 bp + 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 37538642-37539349(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G005896 Chr01 NC_080387.1:74877599-74877606promoter 内 1646-1653 bp - 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 74879954-74880883(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G005812 Chr01 NC_080387.1:74131657-74131664promoter 内 1633-1640 bp - 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 74128540-74129296(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G002211 Chr01 NC_080387.1:38441413-38441420promoter 内 1611-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 38435503-38439030(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G000279 Chr02 NC_080388.1:3567655-3567662promoter 内 1607-1614 bp - 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 3563736-3565268(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G003160 Chr03 NC_080389.1:48958358-48958365promoter 内 1600-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 48960759-48964130(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G001018 Chr01 NC_080387.1:21352918-21352925promoter 内 1596-1603 bp - 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 21345982-21350520(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G000558 Chr01 NC_080387.1:11629220-11629227promoter 内 1595-1602 bp - 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 11625613-11626821(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G002062 Chr04 NC_080390.1:33360764-33360771promoter 内 1580-1587 bp - 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 33363185-33367784(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr02G001722 Chr02 NC_080388.1:31691497-31691504promoter 内 1567-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 31687898-31689070(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G002228 Chr01 NC_080387.1:38752063-38752070promoter 内 1564-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 38746336-38749633(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr05G000831 Chr05 NC_080391.1:6531728-6531735promoter 内 1560-1567 bp + 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 6534169-6537241(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr02G000856 Chr02 NC_080388.1:14602897-14602904promoter 内 1556-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 14605342-14605797(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G000773 Chr04 NC_080390.1:9496885-9496892promoter 内 1552-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 9491272-9494443(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G000371 Chr03 NC_080389.1:4155530-4155537promoter 内 1522-1529 bp - 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 4150391-4153058(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G000929 Chr01 NC_080387.1:19676225-19676232promoter 内 1507-1514 bp - 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 19672530-19673738(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G000643 Chr03 NC_080389.1:7133362-7133369promoter 内 1498-1505 bp - 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 7127426-7130866(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr03G002427 Chr03 NC_080389.1:38562813-38562820promoter 内 1493-1500 bp - 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 38565321-38566320(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr05G000092 Chr05 NC_080391.1:524627-524634promoter 内 1483-1490 bp + 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 521443-522116(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G001351 Chr01 NC_080387.1:26786355-26786362promoter 内 1466-1473 bp - 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 26788890-26794211(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr03G002479 Chr03 NC_080389.1:39358754-39358761promoter 内 1463-1470 bp - 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 39351458-39356223(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr01G000484 Chr01 NC_080387.1:9916204-9916211promoter 内 1386-1393 bp - 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 9918819-9919442(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G000551 Chr01 NC_080387.1:11462299-11462306promoter 内 1385-1392 bp + 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 11464915-11488037(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GGGTCAAC
SmilChr04G003424 Chr04 NC_080390.1:50831939-50831946promoter 内 1372-1379 bp + 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 50827045-50829317(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
SmilChr01G005238 Chr01 NC_080387.1:69946586-69946593promoter 内 1365-1372 bp + 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 2 69941803-69943957(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCC
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