转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 24 / 152 下载 TSV

上一页 24 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002724 Chr01 NC_080387.1:45583462-45583476promoter 内 3426-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 45581067-45582901(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCCACCGACGACGT
SmilChr02G003508 Chr02 NC_080388.1:56269691-56269705promoter 内 3374-3388 bp + 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 56265476-56269078(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGTTGTCGGCGAAG
SmilChr04G002003 Chr04 NC_080390.1:32435560-32435574promoter 内 3278-3292 bp - 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 32431662-32434851(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGACCC
SmilChr08G001639 Chr08 NC_080394.1:13597932-13597946promoter 内 3092-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 13595164-13597037(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGGTGTCGGTGAGC
SmilChr03G001664 Chr03 NC_080389.1:21583424-21583438promoter 内 3086-3100 bp - 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 21584339-21587644(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGGTGGCGGTGGAG
SmilChr08G003404 Chr08 NC_080394.1:35955591-35955605promoter 内 2936-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 35952665-35954540(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGAATC
SmilChr03G002159 Chr03 NC_080389.1:33619960-33619974promoter 内 2837-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 33621124-33622008(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAGTTGTCGGTGGTA
SmilChr01G001270 Chr01 NC_080387.1:25379848-25379862promoter 内 2827-2841 bp + 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 25381022-25384673(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGGCACCGACAACAT
SmilChr04G001475 Chr04 NC_080390.1:24201238-24201252promoter 内 2753-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 24198554-24200004(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAATTGTCGGCGATG
SmilChr08G003025 Chr08 NC_080394.1:30404349-30404363promoter 内 2689-2703 bp - 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 30400111-30403051(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGCCACCGACAAATA
SmilChr04G000125 Chr04 NC_080390.1:1068061-1068075promoter 内 2653-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 1063140-1066727(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGTCGTCGGTGGAT
SmilChr01G001594 Chr01 NC_080387.1:30007590-30007604promoter 内 2624-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 30008967-30010165(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATTTGTCGGTGGAA
SmilChr07G004591 Chr07 NC_080393.1:58710807-58710821promoter 内 2175-2189 bp + 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 58707117-58708995(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TAGTTGTCGGCGGAT
SmilChr03G004711 Chr03 NC_080389.1:64369597-64369611promoter 内 1845-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 64364613-64367455(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCTCACCGACACTCT
SmilChr07G004393 Chr07 NC_080393.1:56533718-56533732promoter 内 1845-1859 bp + 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 56529144-56531576(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATTCGTCGGTGGCT
SmilChr08G000197 Chr08 NC_080394.1:1328632-1328646promoter 内 1610-1624 bp + 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 1325100-1326255(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGGTGTCGGTGAGT
SmilChr06G001924 Chr06 NC_080392.1:23324227-23324241promoter 内 1559-1573 bp - 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 23318666-23321799(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACGAATC
SmilChr04G002857 Chr04 NC_080390.1:44678586-44678600promoter 内 1494-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 44681093-44683097(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTTTGTCGGCGCAG
SmilChr03G002438 Chr03 NC_080389.1:38719611-38719625promoter 内 1457-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 38716641-38717081(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGAGTGTCGGTGAGG
SmilChr06G000926 Chr06 NC_080392.1:8786081-8786095promoter 内 1390-1404 bp - 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 8788692-8797229(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGGTGTCGGTGCCC
SmilChr04G002600 Chr04 NC_080390.1:41419695-41419709promoter 内 1382-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 41416498-41417090(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCTCACCGACACTCT
SmilChr04G000352 Chr04 NC_080390.1:3333304-3333318promoter 内 1376-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 3335929-3339006(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGCCGTCGGTGGCC
SmilChr04G002700 Chr04 NC_080390.1:42497590-42497604promoter 内 1374-1388 bp + 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 42490581-42494977(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTTTGTCGGCGCAG
SmilChr06G002841 Chr06 NC_080392.1:41181933-41181947promoter 内 1365-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 41173428-41179311(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGTCACCGACAACGG
SmilChr04G000354 Chr04 NC_080390.1:3373582-3373596promoter 内 1202-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 3367829-3370797(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGCCACCGACGGCGG
SmilChr07G003097 Chr07 NC_080393.1:32755712-32755726promoter 内 815-829 bp - 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 32749360-32752540(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGCCACCGACGAAGG
SmilChr05G002532 Chr05 NC_080391.1:28159952-28159966promoter 内 803-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 28163150-28165359(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCATGTCGGTGGAG
SmilChr02G000632 Chr02 NC_080388.1:9509174-9509188promoter 内 757-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 9512418-9513257(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGTTGTCGGTGCCG
SmilChr04G000921 Chr04 NC_080390.1:12015891-12015905promoter 内 747-761 bp - 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 12009710-12012651(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCCACCGACAAGAG
SmilChr01G005276 Chr01 NC_080387.1:70177021-70177035promoter 内 744-758 bp - 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 70180278-70183704(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGATGTCGGTGGCT
SmilChr05G000980 Chr05 NC_080391.1:7914791-7914805promoter 内 715-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 7918077-7921479(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATATTGTCGGTGGGT
SmilChr01G002286 Chr01 NC_080387.1:39670944-39670958promoter 内 692-706 bp - 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 39664252-39667649(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTCCACCGACAGCAT
SmilChr05G004324 Chr05 NC_080391.1:56882776-56882790promoter 内 671-685 bp + 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 56877416-56879460(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTAGTGTCGGTGAAT
SmilChr02G000483 Chr02 NC_080388.1:6597150-6597164promoter 内 663-677 bp + 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 6600488-6602111(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCACCAT
SmilChr03G000420 Chr03 NC_080389.1:4571695-4571709promoter 内 597-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 4567390-4568305(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTTCACCGACACTGG
SmilChr05G002130 Chr05 NC_080391.1:22405569-22405583promoter 内 577-591 bp + 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 22398914-22402159(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGATCGTCGGTGGAG
SmilChr06G000501 Chr06 NC_080392.1:4120534-4120548promoter 内 526-540 bp - 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 4124009-4127871(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTTGTGTCGGTGATG
SmilChr03G003694 Chr03 NC_080389.1:55876754-55876768promoter 内 499-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 55870585-55873266(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCTCTGTCGGTGGTC
SmilChr05G001015 Chr05 NC_080391.1:8319416-8319430promoter 内 448-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 8313665-8315877(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGCGCGTCGGTGGGG
SmilChr05G004146 Chr05 NC_080391.1:55397684-55397698promoter 内 396-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 55401289-55402411(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGGCGCCGACAAACC
SmilChr06G001738 Chr06 NC_080392.1:20038947-20038961promoter 内 387-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 20042561-20048611(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGCTGTCGGTGCGG
SmilChr01G001885 Chr01 NC_080387.1:33949977-33949991promoter 内 348-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 33943069-33946338(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GACCACCGACAGAGG
SmilChr01G002632 Chr01 NC_080387.1:44611660-44611674promoter 内 343-357 bp - 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 44615318-44617660(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGAGCGTCGGTGGGT
SmilChr02G003107 Chr02 NC_080388.1:52045263-52045277promoter 内 303-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 52039649-52041579(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGCACCGACAACCC
SmilChr06G001737 Chr06 NC_080392.1:20038947-20038961promoter 内 281-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 20033971-20035241(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGCACCGACAGCGG
SmilChr03G000591 Chr03 NC_080389.1:6577492-6577506promoter 内 238-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 6572757-6573743(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTTTGTCGGCGCAG
SmilChr04G002346 Chr04 NC_080390.1:37842710-37842724promoter 内 83-97 bp + 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 37846628-37847842(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCATCGC
SmilChr01G000236 Chr01 NC_080387.1:4434387-4434401promoter 内 54-68 bp - 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 4438334-4440559(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GATTCGTCGGTGGCT
SmilChr07G000844 Chr07 NC_080393.1:6009519-6009533promoter 内 14-28 bp - 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 6013506-6016163(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTCATGTCGGTGGCT
SmilChr02G004139 Chr02 NC_080388.1:63670499-63670513promoter 内 2811-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 3 63668533-63669323(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCATTGTCGGTGTGG