转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 25 / 162 下载 TSV

上一页 25 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000690 Chr05 NC_080391.1:5222887-5222901promoter 内 2613-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5224275-5227206(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATCAAAAGCCAACA
SmilChr01G000216 Chr01 NC_080387.1:3782473-3782487promoter 内 2395-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 3784079-3786946(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTCGAAAAGCCGAGG
SmilChr04G002890 Chr04 NC_080390.1:45116926-45116940promoter 内 2348-2362 bp - 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45111525-45115287(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GAGTGGCTTTTCGCC
SmilChr04G000212 Chr04 NC_080390.1:1886216-1886230promoter 内 2242-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 1878878-1884471(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACTCGACTTTTCGGC
SmilChr01G006097 Chr01 NC_080387.1:76439365-76439379promoter 内 2240-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 76441126-76445290(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATCGGCTTTTGGGT
SmilChr07G000663 Chr07 NC_080393.1:4475861-4475875promoter 内 2135-2149 bp - 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 4477727-4483314(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCGGAAAAGCCGACT
SmilChr03G002196 Chr03 NC_080389.1:34579866-34579880promoter 内 2117-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 34577229-34577996(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTCAAAAGCCATGT
SmilChr02G001500 Chr02 NC_080388.1:28045902-28045916promoter 内 2074-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 28041638-28043989(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTGAGC
SmilChr07G001004 Chr07 NC_080393.1:7313167-7313181promoter 内 1904-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 7315264-7319318(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTCCCG
SmilChr05G002970 Chr05 NC_080391.1:36088992-36089006promoter 内 1871-1885 bp + 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 36091122-36092295(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATCGGCTTTTGGGT
SmilChr06G000361 Chr06 NC_080392.1:2760131-2760145promoter 内 1849-1863 bp + 2138 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 2762283-2765846(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TATTGTCTTTTCGAG
SmilChr01G005946 Chr01 NC_080387.1:75192130-75192144promoter 内 1830-1844 bp - 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 75194301-75195976(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTCAAAAGCCAACC
SmilChr02G002871 Chr02 NC_080388.1:48907574-48907588promoter 内 1677-1691 bp + 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 48893646-48905264(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTGCAAAAGCCACAT
SmilChr04G001344 Chr04 NC_080390.1:21814193-21814207promoter 内 1317-1331 bp + 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 21810830-21811523(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATGAAAAGCCACGA
SmilChr07G000101 Chr07 NC_080393.1:543063-543077promoter 内 1274-1288 bp - 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 545790-547799(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCTTAAGAGCCAAAT
SmilChr04G003182 Chr04 NC_080390.1:48527530-48527544promoter 内 1270-1284 bp + 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 48524221-48524813(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATGAAAAGCCACGA
SmilChr01G005944 Chr01 NC_080387.1:75192130-75192144promoter 内 1238-1252 bp - 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 75188299-75189381(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGTTGGCTTTTGAAG
SmilChr06G001939 Chr06 NC_080392.1:23756069-23756083promoter 内 1160-1174 bp + 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 23749703-23753242(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CCTCAAAAGCCAGAG
SmilChr07G000145 Chr07 NC_080393.1:881683-881697promoter 内 1105-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 872390-878801(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTGAGC
SmilChr08G002563 Chr08 NC_080394.1:24969601-24969615promoter 内 1024-1038 bp + 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24972578-24979185(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTTGGCTTTTGGCC
SmilChr03G002903 Chr03 NC_080389.1:45780830-45780844promoter 内 1023-1037 bp + 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45774815-45777866(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CGGGAAAAGCCAAAA
SmilChr07G000146 Chr07 NC_080393.1:881683-881697promoter 内 810-824 bp - 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 875844-878506(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTGAGC
SmilChr01G002902 Chr01 NC_080387.1:47703460-47703474promoter 内 549-563 bp + 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 47698916-47700022(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AACCAAAAGCCAAAA
SmilChr03G004748 Chr03 NC_080389.1:64585202-64585216promoter 内 531-545 bp - 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 64579967-64581746(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATTGGCTTTTCACC
SmilChr08G000492 Chr08 NC_080394.1:3559211-3559225promoter 内 507-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 3553289-3555731(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTGAAGAGCCAAAG
SmilChr07G000144 Chr07 NC_080393.1:874565-874579promoter 内 458-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 864747-871036(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TAATGGCTTTTGAGC
SmilChr08G000494 Chr08 NC_080394.1:3559211-3559225promoter 内 381-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 3562831-3569656(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTTGGCTCTTCACA
SmilChr05G001673 Chr05 NC_080391.1:15869149-15869163promoter 内 322-336 bp + 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 15860542-15865484(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CATGAAAAGCCACGA
SmilChr07G002490 Chr07 NC_080393.1:23569448-23569462promoter 内 272-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 23573177-23581153(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCAAAGAGCCAAAT
SmilChr07G003958 Chr07 NC_080393.1:50207636-50207650promoter 内 230-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 50211407-50212162(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTTCAAAAGCCAATC
SmilChr02G005140 Chr02 NC_080388.1:72820049-72820063promoter 内 202-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 72823848-72828130(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AACGAAAAGGCAAAT
SmilChr08G004874 Chr08 NC_080394.1:57859661-57859675promoter 内 94-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 57863568-57866012(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGTGAAAAGCCAATA
SmilChr07G002303 Chr07 NC_080393.1:21325143-21325157promoter 内 3884-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 21325260-21326419(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GACGAAAAGTCAAAT
SmilChr08G004712 Chr08 NC_080394.1:56551108-56551122promoter 内 1457-1471 bp + 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 56545405-56548578(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CTCGAAAAGTCGACA
SmilChr08G001855 Chr08 NC_080394.1:15938471-15938485promoter 内 3843-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 15938629-15940076(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTGAAAAGCCATGT
SmilChr01G003620 Chr01 NC_080387.1:54751751-54751765promoter 内 3582-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 2 54752170-54757040(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTCATA
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