转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 26 / 152 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003274 Chr04 NC_080390.1:49433985-49434003promoter 内 1615-1633 bp + 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 49436371-49436477(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAGC
SmilChr03G001567 Chr03 NC_080389.1:19802477-19802495promoter 内 1614-1632 bp - 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19800002-19800108(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAGC
SmilChr04G001006 Chr04 NC_080390.1:14022016-14022034promoter 内 1609-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 14019536-14019642(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAGC
SmilChr04G001007 Chr04 NC_080390.1:14030648-14030666promoter 内 1609-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 14028168-14028274(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAGC
SmilChr04G001261 Chr04 NC_080390.1:19869409-19869427promoter 内 1597-1615 bp + 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19871813-19871919(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAGC
SmilChr04G003609 Chr04 NC_080390.1:52569690-52569708promoter 内 1580-1598 bp - 2403 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 52567181-52567287(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAGC
SmilChr03G001566 Chr03 NC_080389.1:19793671-19793689promoter 内 1579-1597 bp - 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19791161-19791267(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAGC
SmilChr03G001393 Chr03 NC_080389.1:16528379-16528397promoter 内 1573-1591 bp - 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 16525863-16525969(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAGC
SmilChr03G004634 Chr03 NC_080389.1:63971694-63971712promoter 内 1562-1580 bp + 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63967629-63969273(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGATGGTGGTTGGACGTA
SmilChr01G002038 Chr01 NC_080387.1:36005759-36005777promoter 内 1508-1526 bp + 2475 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 36008252-36008563(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGCTCCAACCACTACAAT
SmilChr01G001142 Chr01 NC_080387.1:23368836-23368854promoter 内 1452-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 23363977-23366305(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTCTGGTGGTTGGCGTAG
SmilChr03G000755 Chr03 NC_080389.1:8636069-8636087promoter 内 1395-1413 bp - 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8638675-8640067(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTTTGGTGGTTGAAGGAA
SmilChr02G001487 Chr02 NC_080388.1:27843478-27843496promoter 内 1233-1251 bp - 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 27840192-27840728(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCCCACAACCACCTTTCT
SmilChr01G003072 Chr01 NC_080387.1:49566256-49566274promoter 内 1103-1121 bp + 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 49569154-49572987(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACTGCCAACCACAACCTC
SmilChr01G003543 Chr01 NC_080387.1:54020271-54020289promoter 内 1052-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54014397-54017340(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCACAACCACCTGATC
SmilChr05G001874 Chr05 NC_080391.1:18964513-18964531promoter 内 932-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 18959891-18961462(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCACAACCACCTGATC
SmilChr01G000091 Chr01 NC_080387.1:1650224-1650242promoter 内 861-879 bp - 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 1653364-1654480(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATATAGGTGGTTGGCAAAT
SmilChr03G002110 Chr03 NC_080389.1:32825087-32825105promoter 内 773-791 bp + 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 32818823-32821877(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTGAAGTGGTTGGATGCC
SmilChr02G002508 Chr02 NC_080388.1:43556556-43556574promoter 内 638-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 43559919-43564748(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTGCCAACCACATCCGC
SmilChr03G000063 Chr03 NC_080389.1:707032-707050promoter 内 635-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 701800-703684(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCTTCCAACTAACTCTAC
SmilChr02G002505 Chr02 NC_080388.1:43535790-43535808promoter 内 596-614 bp + 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 43539195-43543984(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTGCCAACCACATCCGC
SmilChr03G001413 Chr03 NC_080389.1:16789748-16789766promoter 内 298-316 bp - 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 16793451-16796328(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTAAAAGTAGTTGGAACTT
SmilChr05G001829 Chr05 NC_080391.1:18319316-18319334promoter 内 279-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 18315531-18315612(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACCACTTTCAC
SmilChr01G003493 Chr01 NC_080387.1:53505038-53505056promoter 内 241-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53508798-53508904(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCATCCAACCACTTCAGC
SmilChr03G002939 Chr03 NC_080389.1:46122122-46122140promoter 内 225-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 46117412-46118364(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAAGTGGTTGTGGTGA
SmilChr03G002941 Chr03 NC_080389.1:46122122-46122140promoter 内 205-223 bp + 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 46125918-46129920(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCACCACAACCACTTTCTC
SmilChr04G000597 Chr04 NC_080390.1:6723148-6723166promoter 内 157-175 bp + 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6715491-6719322(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGGGTGGTTGGACGAA
SmilChr02G001930 Chr02 NC_080388.1:34706583-34706601promoter 内 26-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 34701680-34702626(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACCACAACCACCTGATC
SmilChr02G002794 Chr02 NC_080388.1:48021417-48021435promoter 内 25-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48016542-48017459(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATCAGGTGGTTGTGGTGG
SmilChr03G001333 Chr03 NC_080389.1:15566448-15566466promoter 内 11-29 bp + 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 15559588-15562476(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTAAAAGTAGTTGGAACCT
SmilChr02G004850 Chr02 NC_080388.1:70647600-70647618promoter 内 1965-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 70649636-70654261(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGGTGGTGGTTGAAAGAT
SmilChr04G001239 Chr04 NC_080390.1:19462285-19462303promoter 内 1781-1799 bp + 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 19464505-19469117(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCCCCAACCATCTCTAT
SmilChr03G002783 Chr03 NC_080389.1:44280250-44280268promoter 内 2917-2935 bp - 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 44275773-44279184(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTTTCCACCCACTTTCGT
SmilChr01G003230 Chr01 NC_080387.1:51078552-51078570promoter 内 2551-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 51075306-51077120(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAAAGGTGGTTGAGTATT
SmilChr02G003435 Chr02 NC_080388.1:55585856-55585874promoter 内 2461-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 55587396-55589165(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCATCCAACCACCTTTAA
SmilChr01G003231 Chr01 NC_080387.1:51078552-51078570promoter 内 1348-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 51081205-51081873(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATACTCAACCACCTTTGG
SmilChr04G002525 Chr04 NC_080390.1:40284589-40284607promoter 内 3939-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 40284651-40287196(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCAGCCAACCACCATCTC
SmilChr01G002603 Chr01 NC_080387.1:44233425-44233443promoter 内 3419-3437 bp + 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 44231924-44232861(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAAGGTTGGTTGGGGGGA
SmilChr04G001151 Chr04 NC_080390.1:16975874-16975892promoter 内 3135-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 16976740-16977351(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGAAGGTGGTTGCAGCGT
SmilChr02G002829 Chr02 NC_080388.1:48385481-48385499promoter 内 3043-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 48386439-48389938(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATGCCCAACCACAACACC
SmilChr02G004148 Chr02 NC_080388.1:63810346-63810364promoter 内 2623-2641 bp + 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 63804244-63808986(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGTTGGTGGTTGGGCCGT
SmilChr02G003204 Chr02 NC_080388.1:53184361-53184379promoter 内 2164-2182 bp + 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 53180172-53182542(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGATGGTGGTTGGCTGAA
SmilChr01G003829 Chr01 NC_080387.1:56629714-56629732promoter 内 1957-1975 bp + 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 56631758-56633259(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATACCCCAACCACTTATAA
SmilChr04G003430 Chr04 NC_080390.1:50881763-50881781promoter 内 1846-1864 bp + 2137 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 50877702-50879626(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTGAGGTGGTTGATGAAG
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SmilChr02G002281 Chr02 NC_080388.1:40298041-40298059promoter 内 994-1012 bp - 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 40288991-40295052(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACTTCCAACCAACTCACT
SmilChr02G002782 Chr02 NC_080388.1:47904827-47904845promoter 内 960-978 bp + 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 47907868-47908780(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCATCCCAACCACTAGGCC
SmilChr02G003155 Chr02 NC_080388.1:52610837-52610855promoter 内 839-857 bp - 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 52600597-52607693(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACACCCAACCACTTTGTG
SmilChr02G003156 Chr02 NC_080388.1:52610837-52610855promoter 内 797-815 bp - 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 52607271-52607651(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACACCCAACCACTTTGTG
SmilChr04G000920 Chr04 NC_080390.1:11978194-11978212promoter 内 784-802 bp - 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 11970954-11974995(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGCTGCAACCACCTTCGA