转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 26 / 140 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000467 Chr01 NC_080387.1:9577174-9577188promoter 内 600-614 bp - 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 9580575-9582111(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCACCTAATATAT
SmilChr01G005576 Chr01 NC_080387.1:72504000-72504014promoter 内 347-361 bp - 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 72499456-72500360(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAAATTAGGTCAGC
SmilChr02G001202 Chr02 NC_080388.1:22165904-22165918promoter 内 329-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 22157462-22162246(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATATATTAGGTGAAG
SmilChr01G004831 Chr01 NC_080387.1:66453245-66453259promoter 内 324-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 66440004-66449582(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAATATTAGGTGAAT
SmilChr03G002402 Chr03 NC_080389.1:38089932-38089946promoter 内 309-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 38093624-38098454(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACCCACCTAACATCC
SmilChr03G002403 Chr03 NC_080389.1:38095676-38095690promoter 内 309-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 38099368-38104078(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACCCACCTAACATCC
SmilChr01G004140 Chr01 NC_080387.1:59903163-59903177promoter 内 245-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 59897665-59899421(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTAATATTT
SmilChr01G003210 Chr01 NC_080387.1:50878099-50878113promoter 内 211-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 50871331-50874323(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATTATTAGGTAAAC
SmilChr01G005381 Chr01 NC_080387.1:71041365-71041379promoter 内 2545-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 71042821-71045287(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTCACCTAACATCT
SmilChr02G000992 Chr02 NC_080388.1:17444779-17444793promoter 内 1719-1733 bp + 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 17438728-17442511(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAATAAGT
SmilChr03G001430 Chr03 NC_080389.1:16971452-16971466promoter 内 335-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 16966140-16967800(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCCAACTAATTTGT
SmilChr02G000993 Chr02 NC_080388.1:17444779-17444793promoter 内 3937-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 17444843-17447884(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTTATTAGGTGAGA
SmilChr01G002340 Chr01 NC_080387.1:40570340-40570354promoter 内 3670-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 40570671-40573529(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTAATTAGGTGAAT
SmilChr01G005440 Chr01 NC_080387.1:71521772-71521786promoter 内 3660-3674 bp - 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 71519011-71521445(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAAAATTAGGTAAAT
SmilChr02G003389 Chr02 NC_080388.1:55016498-55016512promoter 内 2747-2761 bp + 1240 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 55011354-55015258(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAATTTCA
SmilChr02G001732 Chr02 NC_080388.1:31812627-31812641promoter 内 2613-2627 bp + 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 31804658-31811253(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTCAACTAATTTGA
SmilChr03G003563 Chr03 NC_080389.1:54274802-54274816promoter 内 2159-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 54270485-54272974(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCTGACCTAATTCTG
SmilChr02G001627 Chr02 NC_080388.1:30228040-30228054promoter 内 2112-2126 bp + 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 30215940-30226165(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCACACCTAATTTGT
SmilChr01G003611 Chr01 NC_080387.1:54658246-54658260promoter 内 1980-1994 bp - 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 54660267-54661448(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCCAACTAATTTGT
SmilChr02G002396 Chr02 NC_080388.1:41858127-41858141promoter 内 1917-1931 bp + 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 41860211-41863413(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAATGTTAGGTGAAT
SmilChr03G002243 Chr03 NC_080389.1:35390922-35390936promoter 内 1302-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 35384450-35388237(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTGACCTAATTTTT
SmilChr03G003095 Chr03 NC_080389.1:47985278-47985292promoter 内 1064-1078 bp + 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 47980541-47982355(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTCAACTAATTTTC
SmilChr01G003772 Chr01 NC_080387.1:56080071-56080085promoter 内 1056-1070 bp + 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 56083016-56085836(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTAGGTGCCA
SmilChr02G005136 Chr02 NC_080388.1:72801967-72801981promoter 内 315-329 bp - 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 72795106-72798295(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGTGGTAGGTGAAG
SmilChr01G000792 Chr01 NC_080387.1:17216743-17216757promoter 内 270-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 17210660-17213026(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGATTTAGGTGGGA
SmilChr02G001646 Chr02 NC_080388.1:30545145-30545159promoter 内 246-260 bp + 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 30531452-30541404(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCACACCTAATTTGT
SmilChr02G001781 Chr02 NC_080388.1:32592500-32592514promoter 内 72-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 32596429-32605638(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTAAC
SmilChr01G002339 Chr01 NC_080387.1:40570340-40570354promoter 内 49-63 bp + 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 40562384-40566402(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTCACCTAATTAGA
SmilChr02G000580 Chr02 NC_080388.1:8371828-8371842promoter 内 3930-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 8368791-8371771(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GAGAATTAGGTGTAG
SmilChr02G005091 Chr02 NC_080388.1:72500977-72500991promoter 内 3875-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 72501103-72503096(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTGTGTTAGGTGAAA
SmilChr01G003042 Chr01 NC_080387.1:49408977-49408991promoter 内 3785-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 49402652-49408775(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGGTATTAGGTAAAC
SmilChr01G004306 Chr01 NC_080387.1:61254908-61254922promoter 内 3334-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 61252932-61254255(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCTCACCTACATCGG
SmilChr02G004420 Chr02 NC_080388.1:66525300-66525314promoter 内 3330-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 66525971-66527914(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AACAATTAGGTGAAA
SmilChr01G003771 Chr01 NC_080387.1:56080071-56080085promoter 内 3316-3330 bp + 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56076342-56079400(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGGCACCTAATTTTT
SmilChr02G005174 Chr02 NC_080388.1:73040765-73040779promoter 内 3041-3055 bp + 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 73041725-73043570(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGAATTTAGGTGGAA
SmilChr02G004913 Chr02 NC_080388.1:71127307-71127321promoter 内 2627-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 71123696-71125947(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTGGTTAGGTGGGA
SmilChr01G003415 Chr01 NC_080387.1:52791800-52791814promoter 内 2389-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 52787901-52790202(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTAAC
SmilChr01G004628 Chr01 NC_080387.1:64334730-64334744promoter 内 2063-2077 bp + 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 64329989-64332806(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTTCAACTAATTTTT
SmilChr01G001941 Chr01 NC_080387.1:34585976-34585990promoter 内 1900-1914 bp - 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 34588077-34591403(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACTCCTA
SmilChr01G000006 Chr01 NC_080387.1:148629-148643promoter 内 1758-1772 bp - 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 150872-154321(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TACCACCTAACTTTA
SmilChr02G005563 Chr02 NC_080388.1:75553745-75553759promoter 内 1604-1618 bp - 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 75556142-75559613(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGTCACCTACTTTCG
SmilChr02G003434 Chr02 NC_080388.1:55581625-55581639promoter 内 1528-1542 bp + 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55571670-55579166(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATTTACCTAATTTCC
SmilChr01G003480 Chr01 NC_080387.1:53361088-53361102promoter 内 1414-1428 bp + 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 53356289-53358515(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTTACCTAATTAAC
SmilChr01G000202 Chr01 NC_080387.1:3477858-3477872promoter 内 1152-1166 bp - 2835 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3470653-3475023(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATGATTAGGTGAAA
SmilChr01G000487 Chr01 NC_080387.1:9946466-9946480promoter 内 909-923 bp + 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 9942587-9943388(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGCTACCTAATTAAT
SmilChr03G003892 Chr03 NC_080389.1:58009236-58009250promoter 内 371-385 bp - 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 58012866-58013804(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCCCACCTAACACAA
SmilChr02G002384 Chr02 NC_080388.1:41783639-41783653promoter 内 165-179 bp + 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 41787475-41788302(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAAAATTAGTTGGGG
SmilChr03G002372 Chr03 NC_080389.1:37355250-37355264promoter 内 103-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 37349728-37351366(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GGTCAACTAATTTTC
SmilChr01G006024 Chr01 NC_080387.1:75818348-75818362promoter 内 3067-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 4 75812618-75817428(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCAATTTAGGTGAAA
SmilChr01G002934 Chr01 NC_080387.1:48102780-48102794promoter 内 2197-2211 bp - 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 4 48104584-48106855(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCAAATTATG