转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 26 / 164 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002148 Chr08 NC_080394.1:19334778-19334792promoter 内 1158-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 19337621-19342460(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCTACCT
SmilChr05G003438 Chr05 NC_080391.1:45703127-45703141promoter 内 420-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 45706708-45713531(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr01G000716 Chr01 NC_080387.1:16037191-16037205promoter 内 158-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 16041034-16043508(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr08G000019 Chr08 NC_080394.1:148806-148820promoter 内 42-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 143549-144861(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCCTATT
SmilChr04G002874 Chr04 NC_080390.1:44881943-44881957promoter 内 3943-3957 bp - 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 44882001-44884311(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr04G002875 Chr04 NC_080390.1:44891576-44891590promoter 内 3943-3957 bp - 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 44891634-44893947(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr05G003436 Chr05 NC_080391.1:45693488-45693502promoter 内 3943-3957 bp - 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 45693546-45695864(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr06G000383 Chr06 NC_080392.1:3029304-3029318promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3026952-3029260(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr06G000384 Chr06 NC_080392.1:3040875-3040889promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3038523-3040831(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr02G002930 Chr02 NC_080388.1:49795510-49795524promoter 内 3932-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 49793183-49795455(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr05G003437 Chr05 NC_080391.1:45703127-45703141promoter 内 3926-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 45703202-45705460(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr06G002773 Chr06 NC_080392.1:40330273-40330287promoter 内 3926-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 40330348-40332737(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr07G002553 Chr07 NC_080393.1:24214044-24214058promoter 内 3907-3921 bp + 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 24214138-24218001(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTTGGGTAGGTGGG
SmilChr02G002931 Chr02 NC_080388.1:49805292-49805306promoter 内 3675-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 49802967-49804980(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10225345-10225359promoter 内 3206-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 10222400-10224564(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr05G000444 Chr05 NC_080391.1:3377976-3377990promoter 内 3188-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3375357-3377177(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAATGGGTAGGTGGA
SmilChr01G002351 Chr01 NC_080387.1:40650332-40650346promoter 内 3151-3165 bp - 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 40644255-40649496(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGATGGTAGGTGAC
SmilChr08G001119 Chr08 NC_080394.1:8692758-8692772promoter 内 3053-3067 bp - 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 8689748-8691824(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGTA
SmilChr01G000504 Chr01 NC_080387.1:10215863-10215877promoter 内 2968-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 10212918-10214844(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAC
SmilChr07G001496 Chr07 NC_080393.1:11852461-11852475promoter 内 2962-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 11853500-11853677(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGTTGGTAGGTATG
SmilChr01G004863 Chr01 NC_080387.1:66764583-66764597promoter 内 2951-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 66765633-66772172(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCACACT
SmilChr01G000506 Chr01 NC_080387.1:10225345-10225359promoter 内 2897-2911 bp + 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 10226449-10227917(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGGAGTAGGTGGG
SmilChr06G001562 Chr06 NC_080392.1:17036268-17036282promoter 内 2825-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 17032232-17035106(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATAGGGTAGGTGGA
SmilChr03G003794 Chr03 NC_080389.1:57031093-57031107promoter 内 2608-2622 bp - 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 57032486-57035206(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTAAATC
SmilChr05G002536 Chr05 NC_080391.1:28311849-28311863promoter 内 2418-2432 bp + 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 28304812-28310280(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCACACT
SmilChr01G004862 Chr01 NC_080387.1:66764583-66764597promoter 内 2410-2424 bp - 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 66758287-66763006(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGTA
SmilChr02G000502 Chr02 NC_080388.1:6907062-6907076promoter 内 2399-2413 bp + 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6903650-6905474(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTAAATC
SmilChr07G002776 Chr07 NC_080393.1:27633374-27633388promoter 内 2362-2376 bp + 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 27635013-27635868(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGAGGTAGGTGGC
SmilChr07G000543 Chr07 NC_080393.1:3741069-3741083promoter 内 2314-2328 bp - 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3742756-3744185(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCGCCGT
SmilChr01G001426 Chr01 NC_080387.1:27903817-27903831promoter 内 2313-2327 bp + 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 27899043-27902143(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTACCTACCAATCC
SmilChr05G002934 Chr05 NC_080391.1:35370893-35370907promoter 内 2311-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 35372583-35375390(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTAAATC
SmilChr01G000241 Chr01 NC_080387.1:4496174-4496188promoter 内 2279-2293 bp - 1708 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 4497896-4500637(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTAAATC
SmilChr05G001547 Chr05 NC_080391.1:14166054-14166068promoter 内 2214-2228 bp + 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14161465-14164281(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTAAATC
SmilChr03G003419 Chr03 NC_080389.1:52539067-52539081promoter 内 2213-2227 bp - 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52531900-52537293(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGTA
SmilChr07G004667 Chr07 NC_080393.1:59578394-59578408promoter 内 2121-2135 bp - 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59580274-59586853(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCAAATT
SmilChr06G002634 Chr06 NC_080392.1:37897354-37897368promoter 内 2108-2122 bp - 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 37899247-37900145(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCCCAC
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SmilChr01G002752 Chr01 NC_080387.1:45838358-45838372promoter 内 1337-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 45841022-45846134(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCACAGC
SmilChr06G002248 Chr06 NC_080392.1:31895424-31895438promoter 内 1043-1057 bp - 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 31898382-31902505(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTATCTA
SmilChr08G001774 Chr08 NC_080394.1:14960831-14960845promoter 内 709-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 14964123-14971700(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGATGGTAGGTAAG