转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 27 / 123 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001663 Chr02 NC_080388.1:30853102-30853116promoter 内 3330-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 30853773-30857355(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGATGTCGGTGAT
SmilChr06G002482 Chr06 NC_080392.1:35672671-35672685promoter 内 3177-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 35670378-35671861(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGATGTCGGTGAT
SmilChr01G000357 Chr01 NC_080387.1:7390632-7390646promoter 内 3160-3174 bp - 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 7389110-7389805(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGATGTCGGTGAT
SmilChr01G001116 Chr01 NC_080387.1:22802648-22802662promoter 内 3158-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 22800547-22801819(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGATGTCGGTGAT
SmilChr04G002774 Chr04 NC_080390.1:43528458-43528472promoter 内 3158-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 43529301-43530784(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGATGTCGGTGAT
SmilChr06G002978 Chr06 NC_080392.1:42605753-42605767promoter 内 3154-3168 bp + 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 42606600-42607872(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGATGTCGGTGAT
SmilChr02G002813 Chr02 NC_080388.1:48181629-48181643promoter 内 3152-3166 bp + 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 48182478-48183750(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGATGTCGGTGAT
SmilChr02G003340 Chr02 NC_080388.1:54616416-54616430promoter 内 3132-3146 bp - 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 54613186-54615561(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGTATTGTCGGTGAT
SmilChr04G002319 Chr04 NC_080390.1:37489247-37489261promoter 内 3108-3122 bp - 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 37485007-37488368(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCAGATGTCGGTGAT
SmilChr02G001606 Chr02 NC_080388.1:29906120-29906134promoter 内 2679-2693 bp - 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 29904162-29904812(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAATTTGTCGGCGGT
SmilChr08G001662 Chr08 NC_080394.1:13830226-13830240promoter 内 2564-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 13831663-13835951(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACAGCATC
SmilChr07G002447 Chr07 NC_080393.1:23010130-23010144promoter 内 1894-1908 bp - 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 23012237-23013514(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACAGACGT
SmilChr02G003985 Chr02 NC_080388.1:62110993-62111007promoter 内 1632-1646 bp - 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 62105829-62108638(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTCTTGTCGGTGAC
SmilChr02G002751 Chr02 NC_080388.1:47534527-47534541promoter 内 1564-1578 bp - 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 47536964-47538247(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGCGCCT
SmilChr02G002096 Chr02 NC_080388.1:37610640-37610654promoter 内 1061-1075 bp - 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 37613580-37615449(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCACCATC
SmilChr04G000005 Chr04 NC_080390.1:86463-86477promoter 内 669-683 bp - 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 80344-83145(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGACGTGGCGGTGGT
SmilChr07G002225 Chr07 NC_080393.1:20473771-20473785promoter 内 233-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 20477539-20479968(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCGCCGACAAACCC
SmilChr04G002451 Chr04 NC_080390.1:39230464-39230478promoter 内 3842-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 39230623-39236288(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATTATGTCGGTGGT
SmilChr08G003511 Chr08 NC_080394.1:37668159-37668173promoter 内 3754-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 37666346-37667926(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACATTTGG
SmilChr08G000198 Chr08 NC_080394.1:1328633-1328647promoter 内 3670-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 1327129-1328316(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CACGGTGTCGGTGAG
SmilChr05G001404 Chr05 NC_080391.1:12617548-12617562promoter 内 3666-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 12617883-12617954(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGAGTCGGTGGC
SmilChr07G004396 Chr07 NC_080393.1:56587653-56587667promoter 内 3574-3588 bp - 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 56588080-56590805(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATCTC
SmilChr01G005341 Chr01 NC_080387.1:70627730-70627744promoter 内 3132-3146 bp - 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 70628599-70630450(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACAGTGTC
SmilChr06G000044 Chr06 NC_080392.1:362343-362357promoter 内 2987-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 363357-364842(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATCGCGTCGGTGGG
SmilChr05G001950 Chr05 NC_080391.1:19867403-19867417promoter 内 2631-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 19862415-19866047(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATACG
SmilChr03G003510 Chr03 NC_080389.1:53711281-53711295promoter 内 2608-2622 bp - 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 53712674-53716261(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACAACATG
SmilChr01G002042 Chr01 NC_080387.1:36095932-36095946promoter 内 2340-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 36091412-36094285(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTATTGTCGGCGGA
SmilChr01G001125 Chr01 NC_080387.1:22854627-22854641promoter 内 2315-2329 bp - 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 22856313-22858491(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATACG
SmilChr07G000811 Chr07 NC_080393.1:5717955-5717969promoter 内 2266-2280 bp + 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5719690-5723407(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCTGACGGTGGT
SmilChr08G002507 Chr08 NC_080394.1:24133103-24133117promoter 内 2214-2228 bp + 1773 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24124815-24131330(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATACG
SmilChr06G001083 Chr06 NC_080392.1:10821951-10821965promoter 内 2119-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 10814147-10820083(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAATCTC
SmilChr06G001187 Chr06 NC_080392.1:12085425-12085439promoter 内 1811-1825 bp + 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 12081317-12083249(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACGACC
SmilChr07G002334 Chr07 NC_080393.1:21649289-21649303promoter 内 1776-1790 bp - 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 21640900-21647078(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAATATGTCGGTGGT
SmilChr08G003100 Chr08 NC_080394.1:31204788-31204802promoter 内 1764-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 31200352-31202565(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAAGGGC
SmilChr01G004829 Chr01 NC_080387.1:66438151-66438165promoter 内 1705-1719 bp + 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 66434750-66435869(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACAGTTGC
SmilChr08G000197 Chr08 NC_080394.1:1328633-1328647promoter 内 1609-1623 bp - 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 1325100-1326255(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CACGGTGTCGGTGAG
SmilChr06G001838 Chr06 NC_080392.1:21592612-21592626promoter 内 1532-1546 bp - 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 21587931-21590157(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGCCGTCGGTGGG
SmilChr08G002142 Chr08 NC_080394.1:19282877-19282891promoter 内 1395-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 19285483-19288502(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGTATC
SmilChr02G000542 Chr02 NC_080388.1:7470799-7470813promoter 内 1387-1401 bp + 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 7473413-7474540(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGTGTCGGTGTC
SmilChr03G000728 Chr03 NC_080389.1:8201057-8201071promoter 内 1354-1368 bp + 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 8203704-8205971(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGTGGCGTCGGTGAC
SmilChr05G001205 Chr05 NC_080391.1:10141118-10141132promoter 内 1350-1364 bp + 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 10143769-10147499(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCTCTGTCGGTGAG
SmilChr07G002240 Chr07 NC_080393.1:20573885-20573899promoter 内 1337-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 20576549-20578780(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCGCCGACAATAGC
SmilChr01G001584 Chr01 NC_080387.1:29861753-29861767promoter 内 1223-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 29864531-29866855(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATAGTGTCGGTGAT
SmilChr01G001239 Chr01 NC_080387.1:24812963-24812977promoter 内 1210-1224 bp + 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 24797033-24810186(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACATTATG
SmilChr07G000810 Chr07 NC_080393.1:5717955-5717969promoter 内 997-1011 bp + 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 5710930-5714965(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCAGCGCC
SmilChr05G003011 Chr05 NC_080391.1:37341076-37341090promoter 内 888-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 37337077-37337977(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTATTGTCGGTGAG
SmilChr07G002239 Chr07 NC_080393.1:20573885-20573899promoter 内 852-866 bp - 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 20568198-20570750(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTATTGTCGGCGGA
SmilChr04G003833 Chr04 NC_080390.1:54389296-54389310promoter 内 850-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 54383779-54386159(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACACCATT
SmilChr05G002106 Chr05 NC_080391.1:22070889-22070903promoter 内 713-727 bp - 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 22065041-22067615(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGTATTGTCGGTGAT
SmilChr04G001689 Chr04 NC_080390.1:27942986-27943000promoter 内 698-712 bp - 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 27936161-27939697(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCGGCGTCGGTGCC