转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 29 / 133 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005000 Chr01 NC_080387.1:68048761-68048770promoter 内 3268-3277 bp + 724 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 68049494-68051092(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G002153 Chr01 NC_080387.1:37531325-37531334promoter 内 3221-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 37529358-37530554(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G002082 Chr01 NC_080387.1:36763069-36763078promoter 内 3178-3187 bp - 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 36761057-36762255(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr02G003713 Chr02 NC_080388.1:58737789-58737798promoter 内 3169-3178 bp + 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 58732871-58736966(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr01G002139 Chr01 NC_080387.1:37376546-37376555promoter 内 3118-3127 bp + 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 37377429-37378289(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G000732 Chr01 NC_080387.1:16288924-16288933promoter 内 3116-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 16287167-16288048(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr02G002167 Chr02 NC_080388.1:38872894-38872903promoter 内 3112-3121 bp + 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 38871318-38872014(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr01G004973 Chr01 NC_080387.1:67818676-67818685promoter 内 3110-3119 bp - 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 67819567-67820587(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr01G005854 Chr01 NC_080387.1:74486218-74486227promoter 内 3053-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 74487166-74489373(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G001402 Chr01 NC_080387.1:27591923-27591932promoter 内 3043-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 27589426-27590974(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr03G000854 Chr03 NC_080389.1:9764476-9764485promoter 内 3038-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 9762111-9763522(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G001698 Chr01 NC_080387.1:31266096-31266105promoter 内 3014-3023 bp - 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 31262793-31265118(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G001084 Chr01 NC_080387.1:22268803-22268812promoter 内 2964-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 22267275-22267775(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr02G000335 Chr02 NC_080388.1:4234548-4234557promoter 内 2957-2966 bp + 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 4235592-4237346(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr02G001197 Chr02 NC_080388.1:22015764-22015773promoter 内 2822-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 22016943-22017401(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr01G000123 Chr01 NC_080387.1:2060225-2060234promoter 内 2812-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 2057057-2059045(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr01G000511 Chr01 NC_080387.1:10399785-10399794promoter 内 2785-2794 bp - 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 10401001-10401339(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr03G001048 Chr03 NC_080389.1:12214568-12214577promoter 内 2771-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 12203344-12213347(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G002122 Chr01 NC_080387.1:37226567-37226576promoter 内 2733-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 37222854-37225308(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr02G004548 Chr02 NC_080388.1:68029295-68029304promoter 内 2719-2728 bp - 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 68021422-68028022(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G000203 Chr01 NC_080387.1:3481988-3481997promoter 内 2680-2689 bp - 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 3483309-3484678(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr02G005048 Chr02 NC_080388.1:72217298-72217307promoter 内 2585-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 72218714-72221703(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr02G005046 Chr02 NC_080388.1:72195231-72195240promoter 内 2584-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 72196648-72208636(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G003687 Chr01 NC_080387.1:55263337-55263346promoter 内 2519-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 55264819-55264902(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr01G000576 Chr01 NC_080387.1:11985803-11985812promoter 内 2506-2515 bp - 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 11987298-11989109(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr01G003232 Chr01 NC_080387.1:51093688-51093697promoter 内 2425-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 51088112-51092121(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr02G005531 Chr02 NC_080388.1:75369138-75369147promoter 内 2335-2344 bp - 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 75364076-75367481(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G001964 Chr01 NC_080387.1:34972967-34972976promoter 内 2322-2331 bp + 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 34969412-34971297(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr02G004251 Chr02 NC_080388.1:64700403-64700412promoter 内 2275-2284 bp - 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 64695755-64698686(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G001951 Chr01 NC_080387.1:34725580-34725589promoter 内 2233-2242 bp + 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 34727348-34728983(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr02G003705 Chr02 NC_080388.1:58579513-58579522promoter 内 2223-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 58576139-58577744(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr01G001984 Chr01 NC_080387.1:35220067-35220076promoter 内 2220-2229 bp + 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 35221848-35224928(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G002695 Chr01 NC_080387.1:45209913-45209922promoter 内 2202-2211 bp + 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 45211712-45216382(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G003496 Chr01 NC_080387.1:53571346-53571355promoter 内 2130-2139 bp - 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 53566328-53569484(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGT
SmilChr01G006164 Chr01 NC_080387.1:77068923-77068932promoter 内 2122-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 77064432-77067053(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
SmilChr01G003688 Chr01 NC_080387.1:55263337-55263346promoter 内 2076-2085 bp - 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 55265262-55267069(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCTC
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