转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 31 / 138 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004502 Chr02 NC_080388.1:67540887-67540899promoter 内 3547-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 67528523-67540445(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAAGTCAACCCG
SmilChr02G004495 Chr02 NC_080388.1:67448915-67448927promoter 内 3497-3509 bp + 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 67449419-67455324(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CGGGTTGACTAGG
SmilChr03G004431 Chr03 NC_080389.1:62460299-62460311promoter 内 3442-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 62460858-62462834(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTGTTGACTATG
SmilChr01G001440 Chr01 NC_080387.1:28073523-28073535promoter 内 3327-3339 bp - 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 28074197-28079798(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACAAGTCAACCTT
SmilChr01G003106 Chr01 NC_080387.1:49869863-49869875promoter 内 3133-3145 bp - 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 49870731-49874718(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTAGTCAACGAA
SmilChr03G002359 Chr03 NC_080389.1:37196566-37196578promoter 内 3035-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 37197532-37199867(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGTTGACTGCC
SmilChr03G004127 Chr03 NC_080389.1:60101000-60101012promoter 内 2817-2829 bp + 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 60102184-60105719(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTTTT
SmilChr01G001378 Chr01 NC_080387.1:27153257-27153269promoter 内 2442-2454 bp - 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 27147069-27151710(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACTTTGACTAGA
SmilChr01G001287 Chr01 NC_080387.1:25653779-25653791promoter 内 2404-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 25655376-25656574(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGTTGACCCAA
SmilChr02G004010 Chr02 NC_080388.1:62421066-62421078promoter 内 2250-2262 bp - 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 62422817-62427184(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATAGTCAACAGT
SmilChr02G002366 Chr02 NC_080388.1:41452950-41452962promoter 内 2231-2243 bp - 1758 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 41454720-41456010(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTAAGTCAACGAA
SmilChr01G003050 Chr01 NC_080387.1:49467369-49467381promoter 内 2156-2168 bp + 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 49460707-49465536(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCAGTCAACGAC
SmilChr01G001126 Chr01 NC_080387.1:22865443-22865455promoter 内 2134-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 22861750-22863588(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTGTG
SmilChr03G001844 Chr03 NC_080389.1:25339952-25339964promoter 内 2130-2142 bp + 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 25341823-25343163(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTGTG
SmilChr01G000489 Chr01 NC_080387.1:9957734-9957746promoter 内 2127-2139 bp - 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 9953698-9955872(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTGTG
SmilChr03G002444 Chr03 NC_080389.1:38833118-38833130promoter 内 2127-2139 bp + 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 38834992-38837166(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTGTG
SmilChr01G000655 Chr01 NC_080387.1:14570126-14570138promoter 内 2126-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 14572001-14574106(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTGTG
SmilChr03G002356 Chr03 NC_080389.1:37196566-37196578promoter 内 2055-2067 bp + 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 37181113-37194632(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCAGTCAACGAC
SmilChr03G001339 Chr03 NC_080389.1:15626883-15626895promoter 内 2028-2040 bp + 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 15628856-15634931(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTGTG
SmilChr01G000197 Chr01 NC_080387.1:3386536-3386548promoter 内 1880-1892 bp - 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 3383132-3384427(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTGTG
SmilChr01G006134 Chr01 NC_080387.1:76854343-76854355promoter 内 1876-1888 bp + 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76856468-76859505(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTGTTGACTTGT
SmilChr01G005080 Chr01 NC_080387.1:68668854-68668866promoter 内 1777-1789 bp - 2212 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 68671078-68671149(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCGAGTCAACGTG
SmilChr02G001779 Chr02 NC_080388.1:32573070-32573082promoter 内 1743-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 32575328-32579569(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCCTTTGACTATT
SmilChr01G004002 Chr01 NC_080387.1:58409891-58409903promoter 内 1282-1294 bp + 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 58412610-58415919(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TACGTTGACCTCC
SmilChr02G004953 Chr02 NC_080388.1:71493850-71493862promoter 内 901-913 bp - 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 71488154-71490762(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTTTG
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38105867-38105879promoter 内 861-873 bp - 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 38109007-38109480(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACCTT
SmilChr03G004123 Chr03 NC_080389.1:60089387-60089399promoter 内 802-814 bp - 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 60084723-60086200(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTTTT
SmilChr01G001642 Chr01 NC_080387.1:30454185-30454197promoter 内 372-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30457814-30464973(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACGTTGACTAAA
SmilChr01G003037 Chr01 NC_080387.1:49380154-49380166promoter 内 136-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 49375882-49376301(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACACT
SmilChr01G004000 Chr01 NC_080387.1:58409891-58409903promoter 内 101-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 58404496-58406003(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGAGGTCAACGTA
SmilChr03G001518 Chr03 NC_080389.1:18648090-18648102promoter 内 96-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 18641663-18644197(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAAGTCAACAGT
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38384014-38384026promoter 内 23-35 bp - 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACTTAC
SmilChr01G001015 Chr01 NC_080387.1:21315352-21315364promoter 内 243-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 6 21319110-21321772(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTGTTGACTGGT
SmilChr01G001013 Chr01 NC_080387.1:21315352-21315364promoter 内 2745-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 5 21311153-21314108(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCAGTCAACACT
SmilChr01G004338 Chr01 NC_080387.1:61511077-61511089promoter 内 2308-2320 bp + 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 5 61504998-61509396(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCAGTCAACAGT
SmilChr02G000240 Chr02 NC_080388.1:3098121-3098133promoter 内 2177-2189 bp - 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 5 3099945-3104334(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAACCGG
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