转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 31 / 119 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005676 Chr01 NC_080387.1:73042845-73042855promoter 内 1363-1373 bp - 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 73045483-73045929(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45059700-45059710promoter 内 1178-1188 bp + 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 45045665-45056887(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G004873 Chr01 NC_080387.1:66834211-66834221promoter 内 957-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 66837255-66837328(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCGAGTCAACG
SmilChr01G002218 Chr01 NC_080387.1:38505321-38505331promoter 内 945-955 bp - 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 38501470-38502275(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAACC
SmilChr01G004134 Chr01 NC_080387.1:59853974-59853984promoter 内 886-896 bp - 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 59857089-59858572(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr02G003241 Chr02 NC_080388.1:53675675-53675685promoter 内 845-855 bp - 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 53678831-53681910(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G002233 Chr01 NC_080387.1:38811486-38811496promoter 内 799-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 38807842-38808294(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAACC
SmilChr01G004874 Chr01 NC_080387.1:66834211-66834221promoter 内 639-649 bp + 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 66837573-66839486(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCGAGTCAACG
SmilChr02G002179 Chr02 NC_080388.1:39017804-39017814promoter 内 464-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 39013190-39014277(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAC
SmilChr01G006125 Chr01 NC_080387.1:76758740-76758750promoter 内 407-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 76762334-76763963(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TATGGTCAACG
SmilChr01G005173 Chr01 NC_080387.1:69481989-69481999promoter 内 397-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 69476337-69478395(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr02G001642 Chr02 NC_080388.1:30498239-30498249promoter 内 385-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 30501855-30503404(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G000205 Chr01 NC_080387.1:3556213-3556223promoter 内 334-344 bp + 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3546780-3552556(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G004370 Chr01 NC_080387.1:61894945-61894955promoter 内 272-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 61898674-61900356(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G002602 Chr01 NC_080387.1:44224060-44224070promoter 内 242-252 bp - 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 44219221-44220311(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TATGGTCAACG
SmilChr01G002189 Chr01 NC_080387.1:38044768-38044778promoter 内 213-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 38039935-38040990(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAC
SmilChr02G004095 Chr02 NC_080388.1:63270572-63270582promoter 内 161-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 63263398-63266742(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCATA
SmilChr01G002949 Chr01 NC_080387.1:48357432-48357442promoter 内 94-104 bp + 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 48361339-48364998(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAACC
SmilChr02G001709 Chr02 NC_080388.1:31485066-31485076promoter 内 563-573 bp - 3428 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 6 31488504-31493193(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTTCA
SmilChr01G000838 Chr01 NC_080387.1:18114355-18114365promoter 内 1877-1887 bp - 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 18104236-18112241(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CACAGTCAACA
SmilChr02G003104 Chr02 NC_080388.1:51963959-51963969promoter 内 1048-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 51966912-51969101(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTGT
SmilChr01G004226 Chr01 NC_080387.1:60637519-60637529promoter 内 475-485 bp - 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 60631906-60634003(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ACAAGTCAACT
SmilChr02G003158 Chr02 NC_080388.1:52619320-52619330promoter 内 2516-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 52616406-52617845(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTTCA
SmilChr01G005402 Chr01 NC_080387.1:71272113-71272123promoter 内 2369-2379 bp - 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 71273745-71277413(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTGT
SmilChr02G001337 Chr02 NC_080388.1:24865389-24865399promoter 内 1820-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 24861850-24863218(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTG
SmilChr01G000060 Chr01 NC_080387.1:961512-961522promoter 内 1786-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 957173-959307(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTGT
SmilChr02G003799 Chr02 NC_080388.1:59623853-59623863promoter 内 889-899 bp + 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 59619165-59620751(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTG
SmilChr01G001586 Chr01 NC_080387.1:29866818-29866828promoter 内 874-884 bp - 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 29869945-29875021(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTATG
SmilChr02G000688 Chr02 NC_080388.1:10967085-10967095promoter 内 81-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 10971005-10973024(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTTCA
SmilChr01G004196 Chr01 NC_080387.1:60417296-60417306promoter 内 3794-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 60417503-60433614(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTGT
SmilChr01G000053 Chr01 NC_080387.1:848156-848166promoter 内 3532-3542 bp + 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 848625-850513(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ACAAGTCAACT
SmilChr02G000564 Chr02 NC_080388.1:7968616-7968626promoter 内 3213-3223 bp - 778 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 7961432-7967838(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ACAAGTCAACT
SmilChr02G002279 Chr02 NC_080388.1:40282107-40282117promoter 内 3053-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 40280312-40281169(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ACAAGTCAACT
SmilChr01G003608 Chr01 NC_080387.1:54638632-54638642promoter 内 2717-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 54633004-54637358(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCGAT
SmilChr01G001086 Chr01 NC_080387.1:22304436-22304446promoter 内 2677-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 22305760-22308579(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGTG
SmilChr02G001300 Chr02 NC_080388.1:24132392-24132402promoter 内 2593-2603 bp - 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 24130922-24130994(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CATAGTCAACA
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