转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 32 / 121 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002408 Chr04 NC_080390.1:38644267-38644281promoter 内 3092-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38641881-38643372(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGGCCA
SmilChr05G000045 Chr05 NC_080391.1:216686-216700promoter 内 2843-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 217844-218991(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTCAA
SmilChr05G000049 Chr05 NC_080391.1:228239-228253promoter 内 2684-2698 bp + 1303 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 229556-230703(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTCAA
SmilChr05G001240 Chr05 NC_080391.1:10506179-10506193promoter 内 2658-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 10507522-10507594(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTGGCTCT
SmilChr02G002216 Chr02 NC_080388.1:39407629-39407643promoter 内 2650-2664 bp + 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 39404594-39406292(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAAAGGT
SmilChr04G000163 Chr04 NC_080390.1:1469921-1469935promoter 内 2544-2558 bp - 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1463504-1468478(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCGAGATCTGGG
SmilChr03G002097 Chr03 NC_080389.1:32419502-32419516promoter 内 2471-2485 bp - 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 32421032-32421138(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGCTTT
SmilChr04G001479 Chr04 NC_080390.1:24219429-24219443promoter 内 2405-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24221025-24221546(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACATTGGATCTGAG
SmilChr05G001577 Chr05 NC_080391.1:14439297-14439311promoter 内 2396-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14440902-14444376(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGAGTAGATCTGAG
SmilChr03G001952 Chr03 NC_080389.1:27894152-27894166promoter 内 2325-2339 bp - 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 27895828-27895934(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAGCTTT
SmilChr04G003278 Chr04 NC_080390.1:49473622-49473636promoter 内 2283-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49467144-49471918(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGCCTAGATCTGAA
SmilChr02G005310 Chr02 NC_080388.1:73996907-73996921promoter 内 2180-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 73998728-74000883(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCACATTC
SmilChr04G000252 Chr04 NC_080390.1:2296976-2296990promoter 内 2151-2165 bp - 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2291368-2295140(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTTCTAGATCTGGT
SmilChr01G005016 Chr01 NC_080387.1:68167978-68167992promoter 内 2137-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 68161119-68166128(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAGGTGGATCTGAT
SmilChr03G004638 Chr03 NC_080389.1:63990540-63990554promoter 内 1857-1871 bp - 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 63986087-63988410(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACACTGGATCTGAG
SmilChr02G003691 Chr02 NC_080388.1:58330704-58330718promoter 内 1856-1870 bp + 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 58325837-58328573(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGAATT
SmilChr01G002901 Chr01 NC_080387.1:47699303-47699317promoter 内 1738-1752 bp - 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 47696201-47697054(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGGCTAGATCTAGG
SmilChr03G000055 Chr03 NC_080389.1:532774-532788promoter 内 1735-1749 bp - 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 529683-530522(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTTAGATCTGCT
SmilChr04G001105 Chr04 NC_080390.1:15830986-15831000promoter 内 1723-1737 bp + 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 15833264-15834025(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTTCTAGATCTGGT
SmilChr05G001238 Chr05 NC_080391.1:10488919-10488933promoter 内 1702-1716 bp - 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 10482279-10486634(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACTTAGATCTGAA
SmilChr01G002003 Chr01 NC_080387.1:35535361-35535375promoter 内 1505-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35530783-35532879(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAGGTGGATCTGAT
SmilChr03G003541 Chr03 NC_080389.1:54033360-54033374promoter 内 1328-1342 bp - 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54036033-54038069(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACCTCC
SmilChr01G005320 Chr01 NC_080387.1:70431176-70431190promoter 内 1326-1340 bp - 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 70424670-70428515(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTATTAGATCTGAG
SmilChr01G005317 Chr01 NC_080387.1:70431176-70431190promoter 内 1320-1334 bp - 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 70412045-70428509(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTATTAGATCTGAG
SmilChr05G001159 Chr05 NC_080391.1:9730990-9731004promoter 内 841-855 bp + 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9734150-9735607(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTCGAGATCTGGC
SmilChr02G005308 Chr02 NC_080388.1:73996907-73996921promoter 内 628-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 73991125-73993548(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATGTGGATCTGAC
SmilChr02G002840 Chr02 NC_080388.1:48524797-48524811promoter 内 215-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 48515692-48521025(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAGCGAGATCTGGT
SmilChr03G000016 Chr03 NC_080389.1:152894-152908promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 156690-159408(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGGTAGATCTGAG
SmilChr03G000695 Chr03 NC_080389.1:7762989-7763003promoter 内 88-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 7757822-7759090(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTATATAT
SmilChr05G001713 Chr05 NC_080391.1:16400654-16400668promoter 内 2924-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 5 16401731-16403122(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGGGGC
SmilChr02G003163 Chr02 NC_080388.1:52671576-52671590promoter 内 1550-1564 bp - 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 52666333-52669139(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCGGATCTGAG
SmilChr02G000806 Chr02 NC_080388.1:13448893-13448907promoter 内 3481-3495 bp + 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 13449413-13452449(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGGTTAGATCTGAG
SmilChr01G003135 Chr01 NC_080387.1:50155353-50155367promoter 内 3040-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 50156314-50158439(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGAAATT
SmilChr02G002328 Chr02 NC_080388.1:40966097-40966111promoter 内 2837-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 40967261-40967923(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTTAGATCTAGG
SmilChr05G001469 Chr05 NC_080391.1:13482540-13482554promoter 内 2161-2175 bp + 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 13463651-13480714(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGATTCA
SmilChr04G001364 Chr04 NC_080390.1:22162404-22162418promoter 内 1313-1327 bp + 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 22158958-22159730(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGGAGGA
SmilChr01G003134 Chr01 NC_080387.1:50155353-50155367promoter 内 161-175 bp - 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 50147536-50151527(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGTG
SmilChr01G003136 Chr01 NC_080387.1:50159378-50159392promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 50159473-50160376(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGAAATT
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SmilChr05G001712 Chr05 NC_080391.1:16400654-16400668promoter 内 3574-3588 bp - 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 16393964-16400241(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCCCTGGATCTGAG
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SmilChr03G000915 Chr03 NC_080389.1:10471540-10471554promoter 内 3295-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 10469068-10470848(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTCTTT
SmilChr03G004370 Chr03 NC_080389.1:61905391-61905405promoter 内 3067-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 61906325-61910753(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAATTAGATCTAAA
SmilChr03G004403 Chr03 NC_080389.1:62212309-62212323promoter 内 2975-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 62213335-62217661(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAATTAGATCTAAA
SmilChr03G001568 Chr03 NC_080389.1:19812468-19812482promoter 内 2949-2963 bp + 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 19811092-19811430(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGGACTG
SmilChr03G000764 Chr03 NC_080389.1:8736971-8736985promoter 内 2948-2962 bp + 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 8738024-8741270(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGTCAGATCTGGC
SmilChr04G003923 Chr04 NC_080390.1:54912367-54912381promoter 内 2901-2915 bp + 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 54913467-54916873(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAATAGATCTGAT
SmilChr05G001455 Chr05 NC_080391.1:13286335-13286349promoter 内 2717-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 13287619-13292532(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTACCAGATCTGGG
SmilChr03G000933 Chr03 NC_080389.1:10636780-10636794promoter 内 2240-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 10631938-10635033(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATTCCT
SmilChr02G003495 Chr02 NC_080388.1:56180155-56180169promoter 内 1795-1809 bp - 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 56171950-56177963(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGTCTAGATCCGAA