转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 33 / 128 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001819 Chr03 NC_080389.1:24850542-24850556promoter 内 1524-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 24846656-24848079(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCACCACCGCCA
SmilChr01G001147 Chr01 NC_080387.1:23455196-23455210promoter 内 1463-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 23437008-23452672(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr02G003818 Chr02 NC_080388.1:59808921-59808935promoter 内 1440-1454 bp - 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 59811482-59814508(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr02G000092 Chr02 NC_080388.1:1201468-1201482promoter 内 1293-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 1204176-1206430(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr02G003637 Chr02 NC_080388.1:57734480-57734494promoter 内 3583-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 57734898-57741109(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGGAGG
SmilChr02G002548 Chr02 NC_080388.1:44340531-44340545promoter 内 3265-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 44337856-44339809(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCGG
SmilChr05G001184 Chr05 NC_080391.1:9939095-9939109promoter 内 3153-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 9934897-9938261(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCACCACCGCCA
SmilChr06G000292 Chr06 NC_080392.1:2054020-2054034promoter 内 3114-3128 bp + 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 2054907-2056827(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCC
SmilChr02G005197 Chr02 NC_080388.1:73243700-73243714promoter 内 2954-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 73244747-73247675(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCGCCACCGCTG
SmilChr02G002646 Chr02 NC_080388.1:45852059-45852073promoter 内 2764-2778 bp + 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 45853296-45855741(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCC
SmilChr06G003085 Chr06 NC_080392.1:43722414-43722428promoter 内 2351-2365 bp + 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 43724064-43729686(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCGCCACCGCTG
SmilChr07G003746 Chr07 NC_080393.1:45695335-45695349promoter 内 2159-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 45689843-45693507(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr05G001045 Chr05 NC_080391.1:8555972-8555986promoter 内 2127-2141 bp + 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 8557846-8559583(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCACCACCGCCA
SmilChr07G003753 Chr07 NC_080393.1:45695335-45695349promoter 内 1998-2012 bp + 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 45693265-45693346(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr07G003752 Chr07 NC_080393.1:45695335-45695349promoter 内 1839-1853 bp + 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 45693107-45693187(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr07G003751 Chr07 NC_080393.1:45695335-45695349promoter 内 1688-1702 bp + 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 45692944-45693036(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr02G002222 Chr02 NC_080388.1:39489366-39489380promoter 内 1596-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 39491771-39498915(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCGCCACCGCTG
SmilChr06G003170 Chr06 NC_080392.1:44651095-44651109promoter 内 1500-1514 bp + 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 44647209-44648608(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCGA
SmilChr08G003851 Chr08 NC_080394.1:45028836-45028850promoter 内 885-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 45031952-45034403(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGGGA
SmilChr05G002381 Chr05 NC_080391.1:26225637-26225651promoter 内 828-842 bp - 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 26228810-26229884(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCGG
SmilChr04G000291 Chr04 NC_080390.1:2721958-2721972promoter 内 819-833 bp + 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 2716039-2718790(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAGAGG
SmilChr01G005076 Chr01 NC_080387.1:68636003-68636017promoter 内 743-757 bp - 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 68639261-68642398(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr04G003144 Chr04 NC_080390.1:48071768-48071782promoter 内 628-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 48075141-48076844(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCGCCACCGCTG
SmilChr07G003750 Chr07 NC_080393.1:45695335-45695349promoter 内 402-416 bp + 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 45691669-45691750(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr07G003749 Chr07 NC_080393.1:45695335-45695349promoter 内 239-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 45691511-45691587(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr07G003748 Chr07 NC_080393.1:45695335-45695349promoter 内 81-95 bp + 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 45691343-45691429(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr08G003056 Chr08 NC_080394.1:30710772-30710786promoter 内 66-80 bp - 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 30714707-30716093(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCGA
SmilChr03G003272 Chr03 NC_080389.1:50685559-50685573promoter 内 3837-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 50681887-50685409(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCACCACCGCCA
SmilChr08G003597 Chr08 NC_080394.1:38989768-38989782promoter 内 3764-3778 bp + 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 38987802-38989545(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr04G001360 Chr04 NC_080390.1:22080129-22080143promoter 内 3098-3112 bp - 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 22081032-22087702(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGACGTGG
SmilChr08G001900 Chr08 NC_080394.1:16507554-16507568promoter 内 2978-2992 bp - 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 16508577-16508650(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGCGGG
SmilChr07G000455 Chr07 NC_080393.1:3220230-3220244promoter 内 2953-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3221278-3225546(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCCCCACCGCCG
SmilChr01G001844 Chr01 NC_080387.1:33400710-33400724promoter 内 2555-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 33396188-33399278(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGACGG
SmilChr01G003153 Chr01 NC_080387.1:50326680-50326694promoter 内 2514-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 50323980-50325207(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCGCCACCGCTG
SmilChr07G004412 Chr07 NC_080393.1:56737295-56737309promoter 内 2504-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56738792-56739784(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCACCACCGCCA
SmilChr01G000194 Chr01 NC_080387.1:3355133-3355147promoter 内 2468-2482 bp + 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3351514-3353614(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr08G002494 Chr08 NC_080394.1:23912051-23912065promoter 内 2213-2227 bp - 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23913839-23914231(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCGA
SmilChr08G003226 Chr08 NC_080394.1:33165007-33165021promoter 内 2072-2086 bp + 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 33166936-33170971(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCACCACCGCCA
SmilChr06G002350 Chr06 NC_080392.1:34206248-34206262promoter 内 2028-2042 bp + 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 34198111-34204289(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr08G003051 Chr08 NC_080394.1:30675912-30675926promoter 内 1916-1930 bp - 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 30677997-30683186(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCGA
SmilChr01G002644 Chr01 NC_080387.1:44706282-44706296promoter 内 1881-1895 bp + 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44703531-44704176(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGATG
SmilChr01G003308 Chr01 NC_080387.1:51771684-51771698promoter 内 1805-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 51773880-51777439(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCGA
SmilChr07G002794 Chr07 NC_080393.1:27847158-27847172promoter 内 1394-1408 bp - 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27840381-27844565(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCGCCACCGCCC
SmilChr07G002470 Chr07 NC_080393.1:23229249-23229263promoter 内 1353-1367 bp + 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23224547-23226615(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr07G002159 Chr07 NC_080393.1:19742879-19742893promoter 内 1246-1260 bp - 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 19736589-19740138(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCA
SmilChr04G003777 Chr04 NC_080390.1:53979350-53979364promoter 内 1010-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 53967675-53976373(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGTCGCCACCGCCG
SmilChr02G003360 Chr02 NC_080388.1:54735081-54735095promoter 内 931-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54738151-54742587(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGCTGG
SmilChr02G004401 Chr02 NC_080388.1:66353459-66353473promoter 内 866-880 bp - 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 66348931-66350338(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCTC
SmilChr01G000545 Chr01 NC_080387.1:11259823-11259837promoter 内 746-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 11263078-11263679(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGCGG
SmilChr08G003055 Chr08 NC_080394.1:30710772-30710786promoter 内 498-512 bp - 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 30703923-30707283(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCGCCACCGCTG