转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 33 / 130 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000513 Chr02 NC_080388.1:7076544-7076556promoter 内 3303-3315 bp - 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 7077242-7081611(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGAATATTCTCGA
SmilChr01G005015 Chr01 NC_080387.1:68160459-68160471promoter 内 3274-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 68156428-68159744(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAACGAATATTTG
SmilChr01G004323 Chr01 NC_080387.1:61395893-61395905promoter 内 3254-3266 bp + 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 61396640-61402054(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTG
SmilChr01G002993 Chr01 NC_080387.1:48845932-48845944promoter 内 2934-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 48840887-48844877(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATCAGAATATACT
SmilChr02G000204 Chr02 NC_080388.1:2637024-2637036promoter 内 2053-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 2632721-2635088(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTTCGAATATTCT
SmilChr03G000971 Chr03 NC_080389.1:11020457-11020469promoter 内 1636-1648 bp - 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 11017998-11018104(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTTAGAATATTCT
SmilChr01G002316 Chr01 NC_080387.1:40151507-40151519promoter 内 1472-1484 bp - 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 40144918-40148990(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTG
SmilChr01G002616 Chr01 NC_080387.1:44435400-44435412promoter 内 913-925 bp + 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 44438488-44441195(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGAGAATATTTC
SmilChr03G000973 Chr03 NC_080389.1:11020457-11020469promoter 内 721-733 bp - 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 11023737-11029542(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTAAG
SmilChr02G001588 Chr02 NC_080388.1:29621221-29621233promoter 内 693-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 29616400-29617925(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTTAGAATATTCT
SmilChr03G001406 Chr03 NC_080389.1:16659347-16659359promoter 内 348-360 bp - 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 16663000-16664166(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCGTGA
SmilChr01G000865 Chr01 NC_080387.1:18544177-18544189promoter 内 3974-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 18544204-18546483(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCTTTT
SmilChr01G000867 Chr01 NC_080387.1:18548028-18548040promoter 内 3974-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 18548055-18550334(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCTTTT
SmilChr02G001179 Chr02 NC_080388.1:21665413-21665425promoter 内 3931-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 21661969-21665355(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AACGGAATATTTG
SmilChr02G002039 Chr02 NC_080388.1:36708987-36708999promoter 内 3900-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 36709088-36711111(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCTTTT
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26033484-26033496promoter 内 3894-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 26033591-26035663(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGGATATTCTGAA
SmilChr01G002267 Chr01 NC_080387.1:39456757-39456769promoter 内 3811-3823 bp + 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 39454608-39456579(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCTTTT
SmilChr02G005044 Chr02 NC_080388.1:72151924-72151936promoter 内 3757-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 72152168-72164421(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCCCTT
SmilChr03G001070 Chr03 NC_080389.1:12404150-12404162promoter 内 3663-3675 bp + 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 12402708-12403824(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCCGTT
SmilChr03G001588 Chr03 NC_080389.1:20157714-20157726promoter 内 3622-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 20155339-20157347(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTG
SmilChr01G003385 Chr01 NC_080387.1:52530740-52530752promoter 内 3477-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 52531264-52532222(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATATTTG
SmilChr03G000930 Chr03 NC_080389.1:10619929-10619941promoter 内 3409-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 10620521-10654750(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCGTTA
SmilChr01G001169 Chr01 NC_080387.1:23730386-23730398promoter 内 3158-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 23731229-23732890(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTAAG
SmilChr03G000741 Chr03 NC_080389.1:8417402-8417414promoter 内 2919-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 8418484-8419344(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTAAG
SmilChr03G001995 Chr03 NC_080389.1:29457429-29457441promoter 内 2879-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 29458551-29458657(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GATGGAATATTCA
SmilChr01G003247 Chr01 NC_080387.1:51199125-51199137promoter 内 2811-2823 bp - 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 51200315-51201706(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCTCTC
SmilChr01G000578 Chr01 NC_080387.1:12097886-12097898promoter 内 2655-2667 bp + 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 12099232-12911775(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAAGAATATTCA
SmilChr02G005043 Chr02 NC_080388.1:72151924-72151936promoter 内 2488-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 72146367-72150423(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAGGGAATATTTT
SmilChr02G002287 Chr02 NC_080388.1:40406646-40406658promoter 内 2161-2173 bp + 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 40408486-40415281(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGGAGAATATCCT
SmilChr01G001433 Chr01 NC_080387.1:28000769-28000781promoter 内 1943-1955 bp - 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 28002827-28004657(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCTCTC
SmilChr02G005062 Chr02 NC_080388.1:72308371-72308383promoter 内 1598-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 72310774-72312312(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGAGAATATTTC
SmilChr01G004127 Chr01 NC_080387.1:59786413-59786425promoter 内 1206-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 59782533-59783630(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATCAGAATATACT
SmilChr01G003549 Chr01 NC_080387.1:54090679-54090691promoter 内 884-896 bp - 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 54093796-54097974(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCCCTT
SmilChr03G000104 Chr03 NC_080389.1:1161952-1161964promoter 内 733-745 bp + 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 1155514-1158696(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTAAG
SmilChr03G000321 Chr03 NC_080389.1:3661768-3661780promoter 内 692-704 bp + 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 3655196-3658471(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAATATTCTAAG
SmilChr01G006173 Chr01 NC_080387.1:77244633-77244645promoter 内 380-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 77248254-77258433(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAATATTCTTTT
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