转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 35 / 137 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004879 Chr02 NC_080388.1:70880856-70880864promoter 内 596-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 70876207-70877459(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr07G003166 Chr07 NC_080393.1:33684156-33684164promoter 内 591-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 33679665-33680754(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr01G002671 Chr01 NC_080387.1:44920619-44920627promoter 内 587-595 bp + 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 44924033-44932239(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr03G003842 Chr03 NC_080389.1:57542768-57542776promoter 内 582-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 57546187-57552597(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr03G003837 Chr03 NC_080389.1:57516272-57516280promoter 内 579-587 bp + 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 57519694-57522590(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr07G003168 Chr07 NC_080393.1:33689562-33689570promoter 内 561-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 33684788-33686130(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr01G005075 Chr01 NC_080387.1:68660795-68660803promoter 内 560-568 bp + 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 68627921-68657362(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr07G003974 Chr07 NC_080393.1:50600863-50600871promoter 内 522-530 bp + 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 50596347-50597392(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr04G001546 Chr04 NC_080390.1:25575347-25575355promoter 内 502-510 bp - 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 25570353-25571856(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr04G003707 Chr04 NC_080390.1:53391570-53391578promoter 内 473-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53395098-53397421(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr04G001764 Chr04 NC_080390.1:28989800-28989808promoter 内 439-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 28993362-28995853(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr07G000856 Chr07 NC_080393.1:6095640-6095648promoter 内 439-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 6099202-6102523(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr06G003104 Chr06 NC_080392.1:43904912-43904920promoter 内 422-430 bp + 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 43900909-43901341(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr08G003214 Chr08 NC_080394.1:32953719-32953727promoter 内 420-428 bp - 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 32948730-32950146(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr08G000651 Chr08 NC_080394.1:4838410-4838418promoter 内 411-419 bp - 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 4842000-4846180(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr02G002890 Chr02 NC_080388.1:49185482-49185490promoter 内 407-415 bp + 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 49189076-49192507(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr03G003838 Chr03 NC_080389.1:57520164-57520172promoter 内 366-374 bp + 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 57523799-57526567(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr02G001810 Chr02 NC_080388.1:32924599-32924607promoter 内 347-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 32919823-32920953(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr08G001749 Chr08 NC_080394.1:14711504-14711512promoter 内 318-326 bp + 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 14715187-14719858(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr04G002837 Chr04 NC_080390.1:44523389-44523397promoter 内 313-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 44516265-44519709(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr01G003098 Chr01 NC_080387.1:49784656-49784664promoter 内 292-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 49788365-49792661(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr02G005069 Chr02 NC_080388.1:72359358-72359366promoter 内 269-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 72355464-72355634(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr05G004176 Chr05 NC_080391.1:55687734-55687742promoter 内 259-267 bp - 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 55681295-55684000(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr07G003739 Chr07 NC_080393.1:45552627-45552635promoter 内 254-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 45556374-45558124(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr06G001643 Chr06 NC_080392.1:18568809-18568817promoter 内 251-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 18572559-18580309(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr02G000442 Chr02 NC_080388.1:5750705-5750713promoter 内 247-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 5754459-5756152(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr04G001617 Chr04 NC_080390.1:26957150-26957158promoter 内 245-253 bp - 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 26953201-26953402(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr03G000232 Chr03 NC_080389.1:2758807-2758815promoter 内 228-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 2752746-2755042(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr03G004419 Chr03 NC_080389.1:62375430-62375438promoter 内 205-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 62347188-62371642(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr02G002627 Chr02 NC_080388.1:45621339-45621347promoter 内 169-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 45611248-45617515(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr08G000243 Chr08 NC_080394.1:1703682-1703690promoter 内 163-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1678160-1699852(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr02G005274 Chr02 NC_080388.1:73822059-73822067promoter 内 161-169 bp - 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 73813951-73818227(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr01G001082 Chr01 NC_080387.1:22233710-22233718promoter 内 143-151 bp + 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 22237568-22244887(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr01G001940 Chr01 NC_080387.1:34609492-34609500promoter 内 142-150 bp + 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 34587467-34605641(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr06G000699 Chr06 NC_080392.1:6223844-6223852promoter 内 136-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 6216183-6219987(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACAC
SmilChr03G003839 Chr03 NC_080389.1:57524168-57524176promoter 内 115-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 57528054-57530559(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
SmilChr07G004621 Chr07 NC_080393.1:59015438-59015446promoter 内 113-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 59019326-59026140(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGA
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