靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021663-RA_Salv |
SmilChr01G000025 |
SBP | XP_057790305.1 |
MP00633 |
TTGTACGGA |
8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 35 / 137 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G004879 |
Chr02 | NC_080388.1:70880856-70880864promoter 内 596-604 bp |
+ | 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 70876207-70877459(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr07G003166 |
Chr07 | NC_080393.1:33684156-33684164promoter 内 591-599 bp |
+ | 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 33679665-33680754(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr01G002671 |
Chr01 | NC_080387.1:44920619-44920627promoter 内 587-595 bp |
+ | 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 44924033-44932239(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr03G003842 |
Chr03 | NC_080389.1:57542768-57542776promoter 内 582-590 bp |
+ | 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 57546187-57552597(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr03G003837 |
Chr03 | NC_080389.1:57516272-57516280promoter 内 579-587 bp |
+ | 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 57519694-57522590(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr07G003168 |
Chr07 | NC_080393.1:33689562-33689570promoter 内 561-569 bp |
+ | 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 33684788-33686130(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr01G005075 |
Chr01 | NC_080387.1:68660795-68660803promoter 内 560-568 bp |
+ | 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 68627921-68657362(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr07G003974 |
Chr07 | NC_080393.1:50600863-50600871promoter 内 522-530 bp |
+ | 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 50596347-50597392(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr04G001546 |
Chr04 | NC_080390.1:25575347-25575355promoter 内 502-510 bp |
- | 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 25570353-25571856(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr04G003707 |
Chr04 | NC_080390.1:53391570-53391578promoter 内 473-481 bp |
+ | 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 53395098-53397421(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr04G001764 |
Chr04 | NC_080390.1:28989800-28989808promoter 内 439-447 bp |
- | 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 28993362-28995853(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr07G000856 |
Chr07 | NC_080393.1:6095640-6095648promoter 内 439-447 bp |
- | 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 6099202-6102523(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr06G003104 |
Chr06 | NC_080392.1:43904912-43904920promoter 内 422-430 bp |
+ | 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 43900909-43901341(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr08G003214 |
Chr08 | NC_080394.1:32953719-32953727promoter 内 420-428 bp |
- | 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 32948730-32950146(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr08G000651 |
Chr08 | NC_080394.1:4838410-4838418promoter 内 411-419 bp |
- | 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 4842000-4846180(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr02G002890 |
Chr02 | NC_080388.1:49185482-49185490promoter 内 407-415 bp |
+ | 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 49189076-49192507(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr03G003838 |
Chr03 | NC_080389.1:57520164-57520172promoter 内 366-374 bp |
+ | 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 57523799-57526567(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr02G001810 |
Chr02 | NC_080388.1:32924599-32924607promoter 内 347-355 bp |
+ | 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 32919823-32920953(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr08G001749 |
Chr08 | NC_080394.1:14711504-14711512promoter 内 318-326 bp |
+ | 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 14715187-14719858(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr04G002837 |
Chr04 | NC_080390.1:44523389-44523397promoter 内 313-321 bp |
- | 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 44516265-44519709(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr01G003098 |
Chr01 | NC_080387.1:49784656-49784664promoter 内 292-300 bp |
- | 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 49788365-49792661(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr02G005069 |
Chr02 | NC_080388.1:72359358-72359366promoter 内 269-277 bp |
- | 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 72355464-72355634(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr05G004176 |
Chr05 | NC_080391.1:55687734-55687742promoter 内 259-267 bp |
- | 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 55681295-55684000(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr07G003739 |
Chr07 | NC_080393.1:45552627-45552635promoter 内 254-262 bp |
+ | 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 45556374-45558124(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr06G001643 |
Chr06 | NC_080392.1:18568809-18568817promoter 内 251-259 bp |
+ | 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 18572559-18580309(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr02G000442 |
Chr02 | NC_080388.1:5750705-5750713promoter 内 247-255 bp |
- | 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 5754459-5756152(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr04G001617 |
Chr04 | NC_080390.1:26957150-26957158promoter 内 245-253 bp |
- | 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 26953201-26953402(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr03G000232 |
Chr03 | NC_080389.1:2758807-2758815promoter 内 228-236 bp |
+ | 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 2752746-2755042(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr03G004419 |
Chr03 | NC_080389.1:62375430-62375438promoter 内 205-213 bp |
+ | 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 62347188-62371642(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr02G002627 |
Chr02 | NC_080388.1:45621339-45621347promoter 内 169-177 bp |
- | 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 45611248-45617515(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr08G000243 |
Chr08 | NC_080394.1:1703682-1703690promoter 内 163-171 bp |
- | 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 1678160-1699852(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr02G005274 |
Chr02 | NC_080388.1:73822059-73822067promoter 内 161-169 bp |
- | 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 73813951-73818227(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr01G001082 |
Chr01 | NC_080387.1:22233710-22233718promoter 内 143-151 bp |
+ | 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 22237568-22244887(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr01G001940 |
Chr01 | NC_080387.1:34609492-34609500promoter 内 142-150 bp |
+ | 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 34587467-34605641(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr06G000699 |
Chr06 | NC_080392.1:6223844-6223852promoter 内 136-144 bp |
+ | 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 6216183-6219987(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr03G003839 |
Chr03 | NC_080389.1:57524168-57524176promoter 内 115-123 bp |
+ | 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 57528054-57530559(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr07G004621 |
Chr07 | NC_080393.1:59015438-59015446promoter 内 113-121 bp |
+ | 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 59019326-59026140(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr01G004525 |
Chr01 | NC_080387.1:63452844-63452852promoter 内 112-120 bp |
+ | 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 63446682-63448963(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr05G002498 |
Chr05 | NC_080391.1:27693327-27693335promoter 内 98-106 bp |
+ | 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 27697230-27699006(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr07G004556 |
Chr07 | NC_080393.1:58276088-58276096promoter 内 79-87 bp |
+ | 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 58280010-58286783(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr08G000354 |
Chr08 | NC_080394.1:2425657-2425665promoter 内 74-82 bp |
- | 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 2429584-2436644(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr06G002864 |
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+ | 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 41467329-41469135(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr01G004462 |
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- | 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 62720012-62722038(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr01G004448 |
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SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr06G000055 |
Chr06 | NC_080392.1:439458-439466promoter 内 27-35 bp |
+ | 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 443432-445535(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr01G002925 |
Chr01 | NC_080387.1:48032183-48032191promoter 内 22-30 bp |
- | 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 48024998-48028212(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
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- | 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 13379206-13382365(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |
SmilChr08G004419 |
Chr08 | NC_080394.1:53877797-53877805promoter 内 14-22 bp |
+ | 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.4/ 100 | 1 | 53881784-53890562(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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MP00633 |
TCCGTACAC |
SmilChr01G002298 |
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SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGA |