转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 35 / 134 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001145 Chr01 NC_080387.1:23410407-23410421promoter 内 359-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 23414049-23416919(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGTCTAT
SmilChr01G000655 Chr01 NC_080387.1:14568287-14568301promoter 内 287-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 14572001-14574106(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTGTGTAATGATGGG
SmilChr03G001788 Chr03 NC_080389.1:24428703-24428717promoter 内 171-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 24422338-24424887(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACACCA
SmilChr01G002413 Chr01 NC_080387.1:41497096-41497110promoter 内 60-74 bp + 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 41501037-41504490(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CGAGGTAATGATGGA
SmilChr02G000409 Chr02 NC_080388.1:5102275-5102289promoter 内 34-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5096352-5098322(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATATAA
SmilChr03G000750 Chr03 NC_080389.1:8580448-8580462promoter 内 15-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 8584434-8585764(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTGTA
SmilChr01G002328 Chr01 NC_080387.1:40436764-40436778promoter 内 9-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40440756-40444375(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTGATAATGATTGG
SmilChr02G003717 Chr02 NC_080388.1:58785289-58785303promoter 内 3409-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 58785881-58789816(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTTGTA
SmilChr03G000258 Chr03 NC_080389.1:3018016-3018030promoter 内 2612-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 5 3019405-3042594(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATCCTAATGATGAT
SmilChr02G005294 Chr02 NC_080388.1:73925452-73925466promoter 内 2704-2718 bp + 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 73922742-73924169(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTAGTTTC
SmilChr03G000257 Chr03 NC_080389.1:3016862-3016876promoter 内 1372-1386 bp + 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 3011617-3014247(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGGATA
SmilChr02G004483 Chr02 NC_080388.1:67302931-67302945promoter 内 3955-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 67302977-67307054(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTCAT
SmilChr02G003455 Chr02 NC_080388.1:55831174-55831188promoter 内 3405-3419 bp + 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 55829353-55830592(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTATATTA
SmilChr03G000116 Chr03 NC_080389.1:1282403-1282417promoter 内 2604-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 1280394-1281020(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGGATA
SmilChr03G000908 Chr03 NC_080389.1:10404320-10404334promoter 内 2443-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 10405878-10409933(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTCATAATGATGAT
SmilChr03G000907 Chr03 NC_080389.1:10404320-10404334promoter 内 1755-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 10399492-10402088(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATGACA
SmilChr03G000115 Chr03 NC_080389.1:1282403-1282417promoter 内 830-844 bp + 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 1276406-1279246(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGGATA
SmilChr02G002165 Chr02 NC_080388.1:38866342-38866356promoter 内 527-541 bp - 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 38861903-38862882(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATTAA
SmilChr01G001267 Chr01 NC_080387.1:25357310-25357324promoter 内 456-470 bp + 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 25352681-25353779(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTGTGATT
SmilChr02G000530 Chr02 NC_080388.1:7298390-7298404promoter 内 3939-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 7298452-7302000(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAACTAATGATTAT
SmilChr03G000172 Chr03 NC_080389.1:1887108-1887122promoter 内 3853-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 1883212-1886974(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
SmilChr03G000171 Chr03 NC_080389.1:1880547-1880561promoter 内 3852-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 1876652-1880412(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
SmilChr01G005868 Chr01 NC_080387.1:74621146-74621160promoter 内 3783-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 74618551-74620942(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTCCCTT
SmilChr02G001384 Chr02 NC_080388.1:26346347-26346361promoter 内 3598-3612 bp + 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 26346750-26349169(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAATAATGATTAA
SmilChr03G000631 Chr03 NC_080389.1:6962130-6962144promoter 内 3501-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 6962630-6966190(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
SmilChr03G000632 Chr03 NC_080389.1:6968107-6968121promoter 内 3501-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 6968607-6972166(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
SmilChr03G000633 Chr03 NC_080389.1:6974083-6974097promoter 内 3499-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 6974585-6978143(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
SmilChr01G003590 Chr01 NC_080387.1:54439753-54439767promoter 内 3454-3468 bp - 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 54437545-54439220(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATCTAATGATTGT
SmilChr01G003593 Chr01 NC_080387.1:54468251-54468265promoter 内 3454-3468 bp - 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 54466042-54467718(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATCTAATGATTGT
SmilChr01G003276 Chr01 NC_080387.1:51467468-51467482promoter 内 3242-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 51463545-51466723(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGAATAATGATTAT
SmilChr03G002786 Chr03 NC_080389.1:44374685-44374699promoter 内 3167-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 44370390-44373865(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAATAATGATTAT
SmilChr01G000423 Chr01 NC_080387.1:8492281-8492295promoter 内 3054-3068 bp + 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 8484833-8491348(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
SmilChr01G005149 Chr01 NC_080387.1:69268594-69268608promoter 内 2918-2932 bp - 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 69266267-69267525(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCTGATAATGATGAA
SmilChr01G005181 Chr01 NC_080387.1:69532370-69532384promoter 内 2900-2914 bp + 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 69533471-69535820(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAATAATGATTAA
SmilChr03G001357 Chr03 NC_080389.1:15942952-15942966promoter 内 2888-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 15940801-15941853(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCACTTAT
SmilChr03G002351 Chr03 NC_080389.1:37141372-37141386promoter 内 2865-2879 bp + 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 37137945-37140250(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTACAAAT
SmilChr01G002606 Chr01 NC_080387.1:44251837-44251851promoter 内 2859-2873 bp + 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 44252979-44255412(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAATAATGATTAT
SmilChr01G001804 Chr01 NC_080387.1:32970721-32970735promoter 内 2473-2487 bp - 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 32967597-32969207(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAAGTGATGATTAA
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SmilChr03G000332 Chr03 NC_080389.1:3760815-3760829promoter 内 2395-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 3756117-3759223(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGGATA
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SmilChr03G003034 Chr03 NC_080389.1:47249498-47249512promoter 内 2160-2174 bp - 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 47244691-47247671(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTACGTGATGATTAG
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SmilChr01G002498 Chr01 NC_080387.1:42821393-42821407promoter 内 190-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 42817078-42817596(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTGGTGATGATTAT
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