转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 36 / 146 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001469 Chr04 NC_080390.1:24119659-24119672promoter 内 1953-1966 bp - 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 24121707-24130736(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAGAGTCAACCCT
SmilChr02G001118 Chr02 NC_080388.1:20156638-20156651promoter 内 1909-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 20154472-20154559(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGAGGTCAACGAT
SmilChr04G003046 Chr04 NC_080390.1:46992772-46992785promoter 内 1819-1832 bp - 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 46994954-46995976(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTAAAGTCAACACA
SmilChr04G003170 Chr04 NC_080390.1:48321854-48321867promoter 内 1810-1823 bp + 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 48318661-48319676(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTAAAGTCAACACA
SmilChr01G004937 Chr01 NC_080387.1:67468212-67468225promoter 内 1770-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 67470443-67473691(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTGTTTGACTTTTG
SmilChr04G002469 Chr04 NC_080390.1:39510481-39510494promoter 内 1502-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 39506184-39507995(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGGAGGTCAACGCT
SmilChr01G004146 Chr01 NC_080387.1:59981102-59981115promoter 内 1222-1235 bp + 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 59983881-59989552(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGGTTTGACTTTGT
SmilChr01G002763 Chr01 NC_080387.1:46030107-46030120promoter 内 1221-1234 bp + 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 46032887-46037175(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCGTTGACTTCAT
SmilChr01G005377 Chr01 NC_080387.1:70998106-70998119promoter 内 1194-1207 bp + 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 70990844-70995312(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAAAGTCAAACCC
SmilChr03G004725 Chr03 NC_080389.1:64443000-64443013promoter 内 1125-1138 bp - 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 64445876-64448146(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGAATGTCAACGGC
SmilChr01G005793 Chr01 NC_080387.1:74019412-74019425promoter 内 1119-1132 bp + 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 74022294-74025132(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCTTTGACTTGTG
SmilChr05G000131 Chr05 NC_080391.1:1064156-1064169promoter 内 1018-1031 bp + 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1067139-1070320(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCTTTGACTTCGG
SmilChr02G003933 Chr02 NC_080388.1:61410939-61410952promoter 内 563-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 61405369-61407514(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGTTGACCATGG
SmilChr04G001012 Chr04 NC_080390.1:14111584-14111597promoter 内 457-470 bp - 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 14115128-14116548(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAAAGTCAAACCC
SmilChr01G000271 Chr01 NC_080387.1:5367710-5367723promoter 内 409-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5363352-5364131(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCGTAGTCAACGCC
SmilChr02G004927 Chr02 NC_080388.1:71284203-71284216promoter 内 371-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 71287833-71291720(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAAAGTCAAACCC
SmilChr03G001769 Chr03 NC_080389.1:24159756-24159769promoter 内 300-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 24163457-24169067(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTGAAGTCAACGGA
SmilChr01G003432 Chr01 NC_080387.1:52957169-52957182promoter 内 251-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 52952881-52953432(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACAAGTCAACTGC
SmilChr04G000400 Chr04 NC_080390.1:4141774-4141787promoter 内 172-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4136911-4137958(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCAAAGTCAACTTA
SmilChr02G002793 Chr02 NC_080388.1:47992295-47992308promoter 内 152-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 47986801-47988459(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAGTTGACTTTGC
SmilChr01G004785 Chr01 NC_080387.1:66058381-66058394promoter 内 71-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 66062311-66064074(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACCTCGG
SmilChr01G005832 Chr01 NC_080387.1:74331301-74331314promoter 内 3663-3676 bp + 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 74331639-74338489(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGGGTTGACTTGTA
SmilChr01G005851 Chr01 NC_080387.1:74446033-74446046promoter 内 3345-3358 bp - 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 74442519-74445390(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTTGTTGACTTTAT
SmilChr02G001468 Chr02 NC_080388.1:27409772-27409785promoter 内 3514-3527 bp - 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 27407029-27409298(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGGTTGACTATTC
SmilChr01G003660 Chr01 NC_080387.1:55026346-55026359promoter 内 3071-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 55020547-55025429(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTAAGTCAACCCC
SmilChr02G001467 Chr02 NC_080388.1:27409772-27409785promoter 内 1236-1249 bp - 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 27403928-27407020(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGGTTGACTATTC
SmilChr03G000308 Chr03 NC_080389.1:3523469-3523482promoter 内 882-895 bp + 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 3517678-3520363(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTATAGTCAACGCG
SmilChr01G001476 Chr01 NC_080387.1:28552718-28552731promoter 内 3950-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 28551799-28552680(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGGTTGACTATTC
SmilChr04G001050 Chr04 NC_080390.1:14969336-14969349promoter 内 3511-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 14969826-14970193(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACGTTGACTTGGA
SmilChr01G005817 Chr01 NC_080387.1:74161495-74161508promoter 内 3462-3475 bp + 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 74162034-74165609(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGGGTTGACTTGTA
SmilChr02G002014 Chr02 NC_080388.1:36304886-36304899promoter 内 3257-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 36301216-36304155(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAAACTC
SmilChr04G002413 Chr04 NC_080390.1:38749741-38749754promoter 内 3244-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 38750498-38751793(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCTTTGACTTATT
SmilChr03G002023 Chr03 NC_080389.1:30313462-30313475promoter 内 2977-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 30310880-30312451(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAAAGTCAAAGAA
SmilChr01G001229 Chr01 NC_080387.1:24575667-24575680promoter 内 2971-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 24569064-24574650(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTCTTTGACTTTCA
SmilChr02G001910 Chr02 NC_080388.1:34395850-34395863promoter 内 2881-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 34388363-34394743(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAAAGTCAAAGTG
SmilChr04G000972 Chr04 NC_080390.1:13040021-13040034promoter 内 2804-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 13041218-13043962(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAAAGTCAAAGAC
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SmilChr03G000176 Chr03 NC_080389.1:1908935-1908948promoter 内 2072-2085 bp - 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 1903647-1907019(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAGTTGACTTTGA
SmilChr02G001555 Chr02 NC_080388.1:28855779-28855792promoter 内 1998-2011 bp - 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 28857782-28868220(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCAAAGTCAACTTG
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SmilChr01G000060 Chr01 NC_080387.1:961591-961604promoter 内 1704-1717 bp - 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 957173-959307(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAGTTGACTTGTG
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SmilChr04G000654 Chr04 NC_080390.1:7412451-7412464promoter 内 1036-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 7406748-7409499(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTATAGTCAACGCG
SmilChr03G002823 Chr03 NC_080389.1:44717859-44717872promoter 内 683-696 bp - 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 44713523-44714554(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGGTTGACTTCGG
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SmilChr02G002043 Chr02 NC_080388.1:36816220-36816233promoter 内 454-467 bp - 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 36811218-36812686(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAGTTTGACTTTTG
SmilChr04G003567 Chr04 NC_080390.1:52045431-52045444promoter 内 13-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 52049419-52053391(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTCTTTGACTTTCA