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转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family，查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中，并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因，不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif；应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引，可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card，点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
SmilChr04G003117 XP_057809539.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr04G003114 XP_057809538.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr01G005298 XP_057788621.1
ARR-B 1
MP00010
 8344 9778 查靶基因
SmilChr03G003924 XP_057798851.1
NAC 1
MP00059
 8333 9940 查靶基因
SmilChr01G005344 XP_057788686.1
MYB 1
MP00296
 8304 9873 查靶基因
SmilChr08G004408 XP_057780613.1
MYB 1
MP00114
 8151 9897 查靶基因
SmilChr04G001094 XP_057804404.1
WRKY 1
MP00408
 8149 9902 查靶基因
SmilChr07G003597 XP_057773587.1
Nin-like 1
MP00449
 8096 9453 查靶基因
SmilChr02G005433 XP_057792682.1
WRKY 1
MP00209
 8083 9910 查靶基因
SmilChr04G004136 XP_057806072.1
MYB 1
MP00627
 8075 9835 查靶基因
SmilChr01G003955 XP_057779712.1
WRKY 1
MP00450
 8044 9901 查靶基因
SmilChr03G003685 XP_057798538.1
ERF 1
MP00558
 8044 9762 查靶基因
SmilChr07G002937 XP_057777490.1
MIKC_MADS 1
MP00096
 8019 9914 查靶基因
SmilChr02G003833 XP_057794421.1
MYB 1
MP00476
 7981 9904 查靶基因
SmilChr07G002803 XP_057777238.1
NAC 1
MP00221
 7965 9903 查靶基因
SmilChr05G002364 XP_057809766.1
WRKY 1
MP00069
 7882 9917 查靶基因
SmilChr08G003267 XP_057779249.1
MYB 1
MP00406
 7839 9917 查靶基因
SmilChr02G005012 XP_057792191.1
TALE 1
MP00670
 7758 9906 查靶基因
SmilChr07G001978 XP_057776996.1
SBP 1
MP00555
 7648 9805 查靶基因
SmilChr05G000741 XP_057764423.1
ARF 1
MP00021
 7629 9812 查靶基因
SmilChr01G004579 XP_057787263.1
MYB 1
MP00132
 7583 9926 查靶基因
SmilChr05G000593 XP_057764223.1
MIKC_MADS 1
MP00609
 7575 9941 查靶基因
SmilChr03G004518 XP_057799834.1
ERF 1
MP00529
 7559 9247 查靶基因
SmilChr06G001829 XP_057766988.1
MYB 1
MP00510
 7526 9799 查靶基因
SmilChr05G000830 XP_057764550.1
NAC 1
MP00058
 7440 9855 查靶基因
SmilChr08G002543 XP_057778423.1
bZIP 1
MP00303
 7416 9868 查靶基因
SmilChr01G002743 XP_057765725.1
MYB_related 1
MP00565
 7412 9785 查靶基因
SmilChr04G002704 XP_057807081.1
ERF 1
MP00026
 7408 9854 查靶基因
SmilChr05G001395 XP_057765344.1
WRKY 1
MP00071
 7408 9764 查靶基因
SmilChr04G002953 XP_057809314.1
ARF 1
MP00033
 7406 9827 查靶基因
SmilChr01G004199 XP_057782208.1
bHLH 1
MP00074
 7396 9969 查靶基因
SmilChr05G004009 XP_057810662.1
MYB 1
MP00216
 7342 9832 查靶基因
SmilChr03G001606 XP_057802772.1
WRKY 1
MP00539
 7338 9848 查靶基因
SmilChr02G004600 XP_057791481.1
ARF 1
MP00574
 7302 9846 查靶基因
SmilChr03G004179 XP_057799230.1
WRKY 1
MP00464
 7299 9864 查靶基因
SmilChr04G003805 XP_057805691.1
MIKC_MADS 1
MP00315
 7291 9567 查靶基因
SmilChr03G003761 XP_057798625.1
WRKY 1
MP00525
 7235 9838 查靶基因
SmilChr01G001885 XP_057806790.1
WRKY 1
MP00171
 7182 9833 查靶基因
SmilChr05G004392 XP_057811204.1
WRKY 1
MP00506
 7173 9818 查靶基因
SmilChr04G002757 XP_057807158.1
MIKC_MADS 1
MP00272
 7172 9889 查靶基因
SmilChr01G003404 XP_057773670.1
bZIP 1
MP00184
 7147 9840 查靶基因
SmilChr03G002335 XP_057801256.1
bZIP 1
MP00647
 7133 9953 查靶基因
SmilChr07G002075 XP_057773918.1
C2H2 1
MP00485
 7130 8059 查靶基因
SmilChr04G000162 XP_057807467.1
MYB 1
MP00134
 7078 8676 查靶基因
SmilChr04G000040 XP_057808382.1
ERF 1
MP00312
 7006 8490 查靶基因
SmilChr08G001896 XP_057783815.1
MYB 1
MP00564
 6984 9893 查靶基因
SmilChr02G005217 XP_057792502.1
G2-like 1
MP00022
 6959 9720 查靶基因
SmilChr05G000260 XP_057763683.1
bZIP 1
MP00040
 6920 9919 查靶基因
SmilChr01G002885 XP_057767601.1
ERF 1
MP00151
 6907 9976 查靶基因
SmilChr05G001518 XP_057765511.1
WRKY 1
MP00455
 6900 9792 查靶基因
SmilChr03G002503 XP_057801356.1
MYB 1
MP00482
 6899 8940 查靶基因
SmilChr03G001252 XP_057802461.1
bZIP 1
MP00291
 6894 9321 查靶基因
SmilChr06G001365 XP_057768799.1
SBP 1
MP00307
 6893 9755 查靶基因
SmilChr03G003439 XP_057798243.1
bHLH 1
MP00195
 6878 9832 查靶基因
SmilChr06G001111 XP_057768512.1
MYB 1
MP00388
 6870 9774 查靶基因
SmilChr02G000949 XP_057795176.1
bZIP 1
MP00318
 6849 9413 查靶基因
SmilChr01G000025 XP_057790305.1
SBP 1
MP00633
 6833 8026 查靶基因
SmilChr01G004313 XP_057783598.1
bHLH 1
MP00308
 6805 9826 查靶基因
SmilChr02G005502 XP_057792768.1
bHLH 1
MP00082
 6784 9435 查靶基因
SmilChr03G004274 XP_057799397.1
MIKC_MADS 1
MP00080
 6766 9850 查靶基因
SmilChr02G003688 XP_057794248.1
MYB 1
MP00028
 6764 9024 查靶基因
SmilChr04G003367 XP_057804957.1
MYB 1
MP00191
 6736 9690 查靶基因
SmilChr04G000157 XP_057807462.1
bHLH 1
MP00081
 6729 9942 查靶基因
SmilChr07G002147 XP_057774045.1
MYB 1
MP00500
 6697 9681 查靶基因
SmilChr05G002277 XP_057809665.1
ERF 1
MP00452
 6671 7783 查靶基因
SmilChr07G004480 XP_057776222.1
WRKY 1
MP00531
 6663 9784 查靶基因
SmilChr02G004447 XP_057797242.1
HD-ZIP 1
MP00200
 6661 9930 查靶基因
SmilChr04G000070 XP_057807324.1
bHLH 1
MP00034
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G002039 XP_057808459.1
bHLH 1
MP00660
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G005851 XP_057789306.1
MYB 1
MP00055
 6638 9685 查靶基因
SmilChr02G005238 XP_057792594.1
SBP 1
MP00634
 6619 7771 查靶基因
SmilChr06G002048 XP_057770293.1
bHLH 1
MP00035
 6618 9903 查靶基因
SmilChr07G000836 XP_057772437.1
MYB_related 1
MP00568
 6611 9696 查靶基因
SmilChr04G003119 XP_057809542.1
bZIP 1
MP00039
 6610 9936 查靶基因
SmilChr01G004114 XP_057781125.1
WRKY 1
MP00284
 6552 9774 查靶基因
SmilChr08G004246 XP_057780410.1
WRKY 1
MP00422
 6535 9791 查靶基因
SmilChr05G001980 XP_057766076.1
ARF 1
MP00153
 6534 9706 查靶基因
SmilChr04G000094 XP_057807365.1
YABBY 1
MP00620
 6504 9844 查靶基因
SmilChr02G002534 XP_057797741.1
TCP 1
MP00169
 6498 7295 查靶基因
SmilChr05G001269 XP_057765199.1
G2-like 1
MP00252
 6478 9780 查靶基因
SmilChr07G003441 XP_057773618.1
NAC 1
MP00108
 6458 9810 查靶基因
SmilChr02G001791 XP_057795933.1
TCP 1
MP00062
 6454 7249 查靶基因
SmilChr05G003285 XP_057810127.1
RAV 1
MP00024
 6450 9853 查靶基因
SmilChr05G000619 XP_057764205.1
WRKY 1
MP00167
 6439 9756 查靶基因
SmilChr04G003745 XP_057809144.1
C2H2 1
MP00416
 6433 9716 查靶基因
SmilChr02G004607 XP_057791470.1
C2H2 1
MP00608
 6398 9817 查靶基因
SmilChr02G003399 XP_057793859.1
ERF 1
MP00240
 6368 9978 查靶基因
SmilChr01G004920 XP_057788125.1
MYB_related 1
MP00607
 6362 9718 查靶基因
SmilChr06G001059 XP_057768449.1
Dof 1
MP00402
 6278 9875 查靶基因
SmilChr01G004552 XP_057786668.1
bZIP 1
MP00409
 6252 8429 查靶基因
SmilChr01G006187 XP_057798078.1
GRAS 1
MP00611
 6232 9807 查靶基因
SmilChr01G001516 XP_057803325.1
bZIP 1
MP00648
 6170 9939 查靶基因
SmilChr04G003955 XP_057805828.1
ERF 1
MP00120
 6144 7514 查靶基因
SmilChr01G004708 XP_057787833.1
WRKY 1
MP00251
 6140 9713 查靶基因
SmilChr05G001961 XP_057766054.1
MIKC_MADS 1
MP00077
 6125 9815 查靶基因
SmilChr08G000478 XP_057781809.1
GATA 1
MP00130
 6015 9821 查靶基因
SmilChr01G000943 XP_057790035.1
MIKC_MADS 1
MP00508
 5979 7481 查靶基因
SmilChr05G004106 XP_057810779.1
WRKY 1
MP00260
 5932 9706 查靶基因
SmilChr04G003973 XP_057805857.1
HD-ZIP 1
MP00013
 5927 9712 查靶基因
SmilChr03G002207 XP_057801109.1
WRKY 1
MP00299
 5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G006187; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027306-RA_Salv SmilChr01G006187 GRAS XP_057798078.1 MP00611 AAGAAAAAGACAAAAAAAAA

可能结合的靶基因

9807 个结合位点 6232 个候选靶基因 第 37 / 125 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002423 Chr02 NC_080388.1:42196290-42196309promoter 内 2030-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 42198261-42199616(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTTTTCCC
SmilChr03G003108 Chr03 NC_080389.1:48215060-48215079promoter 内 1986-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 48208721-48213064(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTCTTTTGGTCTTTTTTTC
SmilChr03G001831 Chr03 NC_080389.1:25086490-25086509promoter 内 1946-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 25088545-25089437(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAAGAAAAGACAGAGATGGA
SmilChr03G001769 Chr03 NC_080389.1:24161358-24161377promoter 内 1902-1921 bp - 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 24163457-24169067(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTCTTTTTTTCCC
SmilChr03G001766 Chr03 NC_080389.1:24098969-24098988promoter 内 1823-1842 bp - 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 24094906-24096810(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGGTAGAGACAAAGCTAAA
SmilChr02G004751 Chr02 NC_080388.1:69700349-69700368promoter 内 1701-1720 bp - 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69702649-69704762(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATCGATTTTGTCCCTTTCCT
SmilChr02G001243 Chr02 NC_080388.1:22820642-22820661promoter 内 1689-1708 bp + 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 22815321-22818349(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGTTTTTCTGTCTTTTTTCC
SmilChr03G003109 Chr03 NC_080389.1:48215060-48215079promoter 内 1505-1524 bp + 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 48211684-48212583(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTCTTTTGGTCTTTTTTTC
SmilChr03G002269 Chr03 NC_080389.1:35823710-35823729promoter 内 1489-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 35819285-35821217(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAAAGGGAGACAAACCAAGA
SmilChr03G000399 Chr03 NC_080389.1:4370128-4370147promoter 内 1222-1241 bp - 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4365807-4367368(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGGAGAAAGAGAAAAAAATA
SmilChr02G000129 Chr02 NC_080388.1:1751598-1751617promoter 内 1190-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 1754409-1755279(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAACAAGAAAAAAAAAGG
SmilChr03G002981 Chr03 NC_080389.1:46629661-46629680promoter 内 1146-1165 bp + 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46632516-46636803(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAACACGACAAAACAGCA
SmilChr02G002577 Chr02 NC_080388.1:44815986-44816005promoter 内 1083-1102 bp - 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 44818904-44820917(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CCGAGTCTTGTCTTTTTGTG
SmilChr03G002661 Chr03 NC_080389.1:42272453-42272472promoter 内 1026-1045 bp + 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 42265706-42269497(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCCCCTTGTCTCTTTTTGCC
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SmilChr03G001237 Chr03 NC_080389.1:14275613-14275632promoter 内 808-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 14278806-14279299(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAGAAGACAAGGTAGAA
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SmilChr02G000426 Chr02 NC_080388.1:5424694-5424713promoter 内 305-324 bp + 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5428390-5432739(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAATGCCAAAAGGAGA
SmilChr03G003416 Chr03 NC_080389.1:52503716-52503735promoter 内 273-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52507444-52508965(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAAAATGACAAAAATAAT
SmilChr03G002979 Chr03 NC_080389.1:46629661-46629680promoter 内 128-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46624053-46625807(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TGCTGTTTTGTCGTGTTCTT
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SmilChr02G005306 Chr02 NC_080388.1:73983848-73983867promoter 内 3064-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 73980373-73982930(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATTCTTTTTCTCTTTTTTTT
SmilChr02G004897 Chr02 NC_080388.1:70987124-70987143promoter 内 2921-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 70984733-70986063(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AACTAAAAGACAAAAGAATG
SmilChr02G004333 Chr02 NC_080388.1:65598541-65598560promoter 内 872-891 bp - 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 65593541-65595431(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAAAGAGGAAAGAGGA
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SmilChr02G002252 Chr02 NC_080388.1:39961640-39961659promoter 内 3957-3976 bp + 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 39961684-39964990(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAAAGAAAAGGAAT