转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 39 / 128 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000718 Chr03 NC_080389.1:7974149-7974163promoter 内 3158-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 6 7974992-7975785(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr01G004818 Chr01 NC_080387.1:66353353-66353367promoter 内 3129-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 6 66354225-66356865(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCT
SmilChr07G000884 Chr07 NC_080393.1:6326741-6326755promoter 内 1881-1895 bp + 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 5 6320689-6324635(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr02G005512 Chr02 NC_080388.1:75244523-75244537promoter 内 1770-1784 bp - 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 75239169-75242306(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCTGCCACCGCTA
SmilChr07G002883 Chr07 NC_080393.1:29057096-29057110promoter 内 1283-1297 bp - 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 29051272-29054392(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCT
SmilChr07G000665 Chr07 NC_080393.1:4491747-4491761promoter 内 921-935 bp - 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 4494827-4500463(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGCAGCGG
SmilChr02G000019 Chr02 NC_080388.1:151423-151437promoter 内 2335-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 148845-149771(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGAGG
SmilChr05G001311 Chr05 NC_080391.1:11300265-11300279promoter 内 2311-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 11301955-11304810(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGAGG
SmilChr01G000996 Chr01 NC_080387.1:21005104-21005118promoter 内 1745-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 21001451-21002862(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr06G001796 Chr06 NC_080392.1:21073737-21073751promoter 内 1679-1693 bp + 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 21068920-21071429(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGAGG
SmilChr07G001378 Chr07 NC_080393.1:10699668-10699682promoter 内 420-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 10694653-10696101(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCTGCCACCGCTA
SmilChr05G001310 Chr05 NC_080391.1:11300265-11300279promoter 内 381-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 11294713-11296659(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCTG
SmilChr02G001707 Chr02 NC_080388.1:31397502-31397516promoter 内 356-370 bp - 3631 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 31389619-31393871(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCTG
SmilChr08G000022 Chr08 NC_080394.1:156157-156171promoter 内 3938-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 154534-156108(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCACCACCGCCG
SmilChr01G002778 Chr01 NC_080387.1:46249372-46249386promoter 内 3915-3929 bp - 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 46249458-46250993(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr01G002779 Chr01 NC_080387.1:46253620-46253634promoter 内 3915-3929 bp - 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 46253706-46255241(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr01G003418 Chr01 NC_080387.1:52817279-52817293promoter 内 3868-3882 bp + 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 52817412-52823614(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCGG
SmilChr07G004277 Chr07 NC_080393.1:55278221-55278235promoter 内 3738-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 55278484-55279518(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCTG
SmilChr01G003484 Chr01 NC_080387.1:53406251-53406265promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 53406538-53412592(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCGG
SmilChr03G001232 Chr03 NC_080389.1:14245087-14245101promoter 内 3301-3315 bp + 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 14245787-14247148(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCTG
SmilChr01G003573 Chr01 NC_080387.1:54296968-54296982promoter 内 3288-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 54294405-54296269(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr03G004745 Chr03 NC_080389.1:64557962-64557976promoter 内 3171-3185 bp - 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 64553849-64557146(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCT
SmilChr07G002664 Chr07 NC_080393.1:25850714-25850728promoter 内 2898-2912 bp - 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 25846118-25849625(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCACCACCGCCG
SmilChr07G003339 Chr07 NC_080393.1:35803858-35803872promoter 内 2887-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 35801258-35802758(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGTCACCGCCT
SmilChr08G001005 Chr08 NC_080394.1:7563684-7563698promoter 内 2729-2743 bp - 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 7564956-7566625(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGACGGCGG
SmilChr01G004270 Chr01 NC_080387.1:60948653-60948667promoter 内 2162-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 60943716-60946828(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGTGCCACCGCCG
SmilChr06G000498 Chr06 NC_080392.1:4100634-4100648promoter 内 2102-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 4095947-4098749(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGCTGG
SmilChr03G001233 Chr03 NC_080389.1:14245087-14245101promoter 内 1866-1880 bp + 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 14247222-14249043(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCTG
SmilChr08G001128 Chr08 NC_080394.1:8813560-8813574promoter 内 1805-1819 bp + 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 8815756-8817858(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCT
SmilChr08G001814 Chr08 NC_080394.1:15291210-15291224promoter 内 1706-1720 bp + 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 15293505-15298971(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCCTCCACCGCCT
SmilChr03G000066 Chr03 NC_080389.1:737353-737367promoter 内 1672-1686 bp - 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 734422-735038(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCTG
SmilChr08G000020 Chr08 NC_080394.1:156157-156171promoter 内 1518-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 153062-153688(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCACCACCGCCG
SmilChr03G004746 Chr03 NC_080389.1:64557962-64557976promoter 内 1391-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 64560572-64576340(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr01G005562 Chr01 NC_080387.1:72433933-72433947promoter 内 1087-1101 bp + 2900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 72428708-72431033(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGACGGCGG
SmilChr01G003574 Chr01 NC_080387.1:54296968-54296982promoter 内 817-831 bp + 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 54300152-54302260(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCT
SmilChr01G003568 Chr01 NC_080387.1:54249732-54249746promoter 内 385-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 54253348-54255051(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCCACCACCGCCG
SmilChr07G004605 Chr07 NC_080393.1:58857296-58857310promoter 内 307-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 58850431-58853616(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGACACCACCGCCG
SmilChr02G004472 Chr02 NC_080388.1:67103315-67103329promoter 内 154-168 bp + 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 67107162-67112851(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCACCACCGCTG
SmilChr07G003341 Chr07 NC_080393.1:35803858-35803872promoter 内 122-136 bp - 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 35807737-35808704(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGACGGCGG
SmilChr05G002738 Chr05 NC_080391.1:31559361-31559375promoter 内 3761-3775 bp - 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 31559601-31561212(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr01G000837 Chr01 NC_080387.1:18087197-18087211promoter 内 3743-3757 bp + 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 18083466-18086953(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGGGA
SmilChr08G000023 Chr08 NC_080394.1:156157-156171promoter 内 3475-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 156683-157410(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAGC
SmilChr03G001581 Chr03 NC_080389.1:19969174-19969188promoter 内 3414-3428 bp + 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 19967704-19968601(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr01G000383 Chr01 NC_080387.1:7872696-7872710promoter 内 2763-2777 bp + 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7873934-7877658(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCT
SmilChr04G001500 Chr04 NC_080390.1:24603480-24603494promoter 内 2738-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 24599504-24602231(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr05G002757 Chr05 NC_080391.1:31863980-31863994promoter 内 2640-2654 bp - 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 31865341-31870591(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGATG
SmilChr04G000835 Chr04 NC_080390.1:10487450-10487464promoter 内 2631-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 10488820-10491275(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACCCCTCCACCGCCA
SmilChr03G004116 Chr03 NC_080389.1:60054536-60054550promoter 内 2566-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60055971-60059573(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAGC
SmilChr02G003813 Chr02 NC_080388.1:59757426-59757440promoter 内 2496-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 59753881-59755935(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTGGCGGCGG
SmilChr07G000809 Chr07 NC_080393.1:5708538-5708552promoter 内 2485-2499 bp - 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 5702149-5707036(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCGG