转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 41 / 135 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001766 Chr05 NC_080391.1:17382364-17382373promoter 内 1297-1306 bp + 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 17385068-17389540(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr04G002882 Chr04 NC_080390.1:45034878-45034887promoter 内 1285-1294 bp + 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 45037594-45039789(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G002413 Chr02 NC_080388.1:42098570-42098579promoter 内 1278-1287 bp + 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 42101293-42101960(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr05G002176 Chr05 NC_080391.1:23192657-23192666promoter 内 1275-1284 bp - 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 23188455-23189940(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr01G000921 Chr01 NC_080387.1:19474088-19474097promoter 内 1272-1281 bp + 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 19476817-19479987(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGC
SmilChr02G000881 Chr02 NC_080388.1:15179150-15179159promoter 内 1262-1271 bp - 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 15173289-15176420(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr01G004634 Chr01 NC_080387.1:64357549-64357558promoter 内 1253-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 64360297-64367470(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr01G005074 Chr01 NC_080387.1:68619714-68619723promoter 内 1249-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 68622466-68624722(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr01G002609 Chr01 NC_080387.1:44295912-44295921promoter 内 1247-1256 bp + 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 44298666-44300591(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr03G003327 Chr03 NC_080389.1:51555338-51555347promoter 内 1241-1250 bp - 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 51551770-51552587(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr05G002263 Chr05 NC_080391.1:24337753-24337762promoter 内 1235-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 24340519-24344991(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G005439 Chr02 NC_080388.1:74783388-74783397promoter 内 1216-1225 bp + 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 74786173-74789076(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr04G000549 Chr04 NC_080390.1:6132650-6132659promoter 内 1207-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 6135444-6138217(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 CGCCACGTGA
SmilChr03G003630 Chr03 NC_080389.1:54970041-54970050promoter 内 1204-1213 bp + 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 54972838-54974617(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr04G004117 Chr04 NC_080390.1:56066903-56066912promoter 内 1200-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 56060212-56064111(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCT
SmilChr01G002143 Chr01 NC_080387.1:37416915-37416924promoter 内 1199-1208 bp + 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 37405867-37414122(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGCG
SmilChr01G000782 Chr01 NC_080387.1:17028124-17028133promoter 内 1197-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 17030928-17036273(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCT
SmilChr04G002674 Chr04 NC_080390.1:42158773-42158782promoter 内 1197-1206 bp + 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 42154381-42155978(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr05G000262 Chr05 NC_080391.1:2005734-2005743promoter 内 1192-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 2000847-2002934(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr02G004000 Chr02 NC_080388.1:62346838-62346847promoter 内 1186-1195 bp - 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 62339553-62344032(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr01G002151 Chr01 NC_080387.1:37498296-37498305promoter 内 1182-1191 bp + 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 37501115-37505806(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr04G000447 Chr04 NC_080390.1:4761741-4761750promoter 内 1177-1186 bp - 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 4758855-4758926(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr01G002459 Chr01 NC_080387.1:42227834-42227843promoter 内 1176-1185 bp + 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 42230659-42233117(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr03G003525 Chr03 NC_080389.1:53855228-53855237promoter 内 1170-1179 bp - 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53850877-53852406(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATCCACGTGA
SmilChr02G004711 Chr02 NC_080388.1:69373043-69373052promoter 内 1145-1154 bp - 2847 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 69365952-69370196(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G002569 Chr02 NC_080388.1:44702936-44702945promoter 内 1136-1145 bp - 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 44692150-44700080(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G000649 Chr02 NC_080388.1:9843481-9843490promoter 内 1130-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 9836147-9840619(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 AGCCACGTGC
SmilChr03G004442 Chr03 NC_080389.1:62562958-62562967promoter 内 1129-1138 bp + 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 62559979-62560095(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr02G002358 Chr02 NC_080388.1:41362606-41362615promoter 内 1125-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 41365482-41368906(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCT
SmilChr05G001525 Chr05 NC_080391.1:13968766-13968775promoter 内 1119-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 13962947-13965893(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
SmilChr03G001067 Chr03 NC_080389.1:12381226-12381235promoter 内 1108-1117 bp + 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 12384119-12390927(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr05G000276 Chr05 NC_080391.1:2133472-2133481promoter 内 1107-1116 bp - 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 2136366-2137767(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGCT
SmilChr04G002576 Chr04 NC_080390.1:41115388-41115397promoter 内 1103-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 41118286-41164029(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ATCCACGTGA
SmilChr02G001669 Chr02 NC_080388.1:30957120-30957129promoter 内 1080-1089 bp - 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 30949147-30954208(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TGCCACGTGT
SmilChr02G004585 Chr02 NC_080388.1:68340839-68340848promoter 内 1078-1087 bp - 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 68343762-68346106(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGGCG
SmilChr02G002425 Chr02 NC_080388.1:42235474-42235483promoter 内 1074-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 42238401-42241061(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 ACACGTGGCA
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