转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 42 / 128 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001061 Chr01 NC_080387.1:21922105-21922119promoter 内 1358-1372 bp + 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 21924748-21926213(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAGCGCCACCGCCG
SmilChr05G001244 Chr05 NC_080391.1:10561252-10561266promoter 内 1727-1741 bp + 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 10555588-10558992(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGATGC
SmilChr02G002645 Chr02 NC_080388.1:45846143-45846157promoter 内 781-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 45839201-45842937(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACAACCACCGCCA
SmilChr04G003680 Chr04 NC_080390.1:53254202-53254216promoter 内 3034-3048 bp - 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 53252028-53253249(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCAT
SmilChr03G000106 Chr03 NC_080389.1:1182586-1182600promoter 内 2716-2730 bp + 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 1179413-1181315(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGAGT
SmilChr05G002752 Chr05 NC_080391.1:31793556-31793570promoter 内 2400-2414 bp + 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 31786027-31791969(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGGCG
SmilChr03G003992 Chr03 NC_080389.1:58961134-58961148promoter 内 2180-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 58957357-58959327(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCACCACCGCCT
SmilChr05G002224 Chr05 NC_080391.1:23768353-23768367promoter 内 2180-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 23770174-23770802(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACTCCTCCACCGCCA
SmilChr04G003682 Chr04 NC_080390.1:53254202-53254216promoter 内 195-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 53258008-53259503(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGTGGCGGCGG
SmilChr04G001749 Chr04 NC_080390.1:28796670-28796684promoter 内 3722-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 28795046-28796405(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCACCACCGCCT
SmilChr01G004447 Chr01 NC_080387.1:62573582-62573596promoter 内 3526-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 62574057-62578662(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGGTG
SmilChr02G002483 Chr02 NC_080388.1:43216284-43216298promoter 内 3442-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 43216843-43218769(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCCTCCACCGCCT
SmilChr04G002305 Chr04 NC_080390.1:37325951-37325965promoter 内 3367-3381 bp + 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 37326585-37327405(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCGCCACCGCTG
SmilChr04G004052 Chr04 NC_080390.1:55699265-55699279promoter 内 3299-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 55699967-55702845(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGCGCCACCGCCC
SmilChr08G002384 Chr08 NC_080394.1:22599917-22599931promoter 内 3078-3092 bp - 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 22600840-22605752(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCCGC
SmilChr01G000453 Chr01 NC_080387.1:9204376-9204390promoter 内 3065-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 9199944-9203454(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCGCCACCGCTA
SmilChr02G002647 Chr02 NC_080388.1:45862595-45862609promoter 内 2852-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 45863744-45866973(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCTGC
SmilChr02G000533 Chr02 NC_080388.1:7363861-7363875promoter 内 2723-2737 bp + 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 7365139-7366519(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCCCCACCGCCT
SmilChr06G000163 Chr06 NC_080392.1:1136460-1136474promoter 内 2512-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 1137949-1142389(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACAACCACCGCCA
SmilChr03G003305 Chr03 NC_080389.1:51242977-51242991promoter 内 2447-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 51244531-51247597(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCGCCACCGCCT
SmilChr04G000382 Chr04 NC_080390.1:3882533-3882547promoter 内 2007-2021 bp + 1980 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 3877590-3880553(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTTG
SmilChr08G002711 Chr08 NC_080394.1:26713531-26713545promoter 内 1834-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 26709513-26711378(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTCG
SmilChr03G002037 Chr03 NC_080389.1:30736776-30736790promoter 内 1542-1556 bp - 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 30730632-30734331(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCCCCACCGCCT
SmilChr07G002474 Chr07 NC_080393.1:23281168-23281182promoter 内 1528-1542 bp - 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 23283641-23289195(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGGGGAGG
SmilChr04G001610 Chr04 NC_080390.1:26779085-26779099promoter 内 1264-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 26776290-26776362(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGGGGAGG
SmilChr01G000454 Chr01 NC_080387.1:9204376-9204390promoter 内 1054-1068 bp - 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 9207323-9209472(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGCGATGG
SmilChr07G003568 Chr07 NC_080393.1:41662775-41662789promoter 内 606-620 bp - 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 41666170-41666240(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGTGGG
SmilChr03G000924 Chr03 NC_080389.1:10572969-10572983promoter 内 590-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 10576380-10579464(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGGCGCCACCGCCT
SmilChr04G003823 Chr04 NC_080390.1:54356259-54356273promoter 内 405-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 54349921-54352677(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCTG
SmilChr07G002139 Chr07 NC_080393.1:19537564-19537578promoter 内 65-79 bp - 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 19526904-19533642(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTAGCCACCGCCG
SmilChr06G002511 Chr06 NC_080392.1:36006933-36006947promoter 内 41-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 35998837-36002987(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCCTCCACCGCCT
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16670459-16670473promoter 内 2825-2839 bp + 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 5 16671635-16675520(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTACTCCACCGCCG
SmilChr02G000750 Chr02 NC_080388.1:12194780-12194794promoter 内 2894-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 12192296-12193687(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCACCACCGCCG
SmilChr01G002788 Chr01 NC_080387.1:46352965-46352979promoter 内 2864-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 46347565-46351842(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCCACCACCGCCG
SmilChr07G001884 Chr07 NC_080393.1:16306674-16306688promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 16308873-16315457(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACACCACCACCGCCG
SmilChr01G006187 Chr01 NC_080387.1:77413782-77413796promoter 内 1796-1810 bp + 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 4 77415987-77416394(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACACCACCACCGCCG
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