转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 42 / 147 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002649 Chr03 NC_080389.1:42141261-42141274promoter 内 3935-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 42141327-42153624(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTCTAAA
SmilChr01G002067 Chr01 NC_080387.1:36524437-36524450promoter 内 3934-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 36522430-36524383(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGTTGACTTTCAT
SmilChr02G005315 Chr02 NC_080388.1:74038981-74038994promoter 内 3926-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74039056-74041937(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAGAAGTCAACAC
SmilChr04G002657 Chr04 NC_080390.1:41966670-41966683promoter 内 3865-3878 bp - 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 41966806-41972197(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATTAAAGTCAACCA
SmilChr02G000616 Chr02 NC_080388.1:8977920-8977933promoter 内 3812-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8978109-8984463(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGATAAGTCAACAA
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33569990-33570003promoter 内 3712-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 33570279-33572198(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACCTCCCA
SmilChr01G001903 Chr01 NC_080387.1:34137847-34137860promoter 内 3709-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 34138139-34140145(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACCTCCCA
SmilChr03G003351 Chr03 NC_080389.1:51845271-51845284promoter 内 3697-3710 bp + 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 51845575-51854471(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCCTTAT
SmilChr02G003906 Chr02 NC_080388.1:61123972-61123985promoter 内 3671-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61124302-61124374(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTGCTCC
SmilChr01G001241 Chr01 NC_080387.1:24826072-24826085promoter 内 3474-3487 bp + 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24816330-24825558(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGAAAGTCAACTC
SmilChr01G002873 Chr01 NC_080387.1:47320103-47320116promoter 内 3462-3475 bp + 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47320642-47326735(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTTTAAA
SmilChr01G000561 Chr01 NC_080387.1:11662351-11662364promoter 内 3409-3422 bp + 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 11661023-11661772(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACACCAGTCAACGA
SmilChr03G003449 Chr03 NC_080389.1:52856417-52856430promoter 内 3314-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 52853738-52855743(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAGTTGACTATTTG
SmilChr01G004355 Chr01 NC_080387.1:61728790-61728803promoter 内 3312-3325 bp + 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61729479-61746900(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTTTAAA
SmilChr01G005698 Chr01 NC_080387.1:73243690-73243703promoter 内 3267-3280 bp + 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 73244424-73246790(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTTGCC
SmilChr04G001123 Chr04 NC_080390.1:16281450-16281463promoter 内 3136-3149 bp - 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 16282315-16283636(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTGAGTCAACGC
SmilChr01G001367 Chr01 NC_080387.1:27028160-27028173promoter 内 3125-3138 bp - 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 27029036-27032467(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACACCAGTCAACGA
SmilChr01G002872 Chr01 NC_080387.1:47320103-47320116promoter 内 3023-3036 bp + 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47317702-47319138(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTAAAGTCAACCC
SmilChr01G006022 Chr01 NC_080387.1:75806747-75806760promoter 内 2933-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 75800542-75805692(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTTTGAG
SmilChr03G001730 Chr03 NC_080389.1:23249188-23249201promoter 内 2887-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 23247285-23248087(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACATAAGTCAACAA
SmilChr01G004354 Chr01 NC_080387.1:61728790-61728803promoter 内 2842-2855 bp + 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61727024-61727644(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTAAAGTCAACCC
SmilChr03G004127 Chr03 NC_080389.1:60101001-60101014promoter 内 2818-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 60102184-60105719(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTTTAA
SmilChr03G000764 Chr03 NC_080389.1:8736840-8736853promoter 内 2817-2830 bp - 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8738024-8741270(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGAAAGTCAACTC
SmilChr04G001998 Chr04 NC_080390.1:32336351-32336364promoter 内 2763-2776 bp - 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 32335047-32335126(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTATTTC
SmilChr03G003201 Chr03 NC_080389.1:49564237-49564250promoter 内 2749-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 49565489-49571966(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCCAAAGTCAAAGC
SmilChr01G002361 Chr01 NC_080387.1:40776457-40776470promoter 内 2739-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40773331-40775208(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACACCAGTCAACGA
SmilChr01G000359 Chr01 NC_080387.1:7395739-7395752promoter 内 2448-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7397292-7399378(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTTACTC
SmilChr02G004190 Chr02 NC_080388.1:64225660-64225673promoter 内 2109-2122 bp - 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 64220433-64223781(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTTTGG
SmilChr02G005465 Chr02 NC_080388.1:74950391-74950404promoter 内 1915-1928 bp + 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74945122-74948318(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAACAGTCAACAG
SmilChr01G004353 Chr01 NC_080387.1:61728790-61728803promoter 内 1858-1871 bp + 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61726229-61726660(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTAAAGTCAACCC
SmilChr03G001846 Chr03 NC_080389.1:25383244-25383257promoter 内 1853-1866 bp + 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 25376689-25381109(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAATAAGTCAACTC
SmilChr03G002422 Chr03 NC_080389.1:38473499-38473512promoter 内 1779-1792 bp - 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 38475721-38477405(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGAGAGTCAACGT
SmilChr03G001561 Chr03 NC_080389.1:19676360-19676373promoter 内 1664-1677 bp - 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19678697-19679625(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAGAGTCAACGT
SmilChr01G004357 Chr01 NC_080387.1:61762081-61762094promoter 内 1614-1627 bp + 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61756501-61759707(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTCAAAGTCAACAA
SmilChr02G001445 Chr02 NC_080388.1:27128232-27128245promoter 内 1609-1622 bp + 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 27124147-27125853(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCCCAGGTCAACGA
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