转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 42 / 141 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002841 Chr03 NC_080389.1:44953762-44953776promoter 内 2793-2807 bp - 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 44954970-44955041(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGGTCACCGACGCAG
SmilChr08G003316 Chr08 NC_080394.1:34398641-34398655promoter 内 2767-2781 bp - 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 34391154-34397421(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTCGTCGGTGGTCT
SmilChr03G002840 Chr03 NC_080389.1:44953762-44953776promoter 内 2550-2564 bp - 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 44948529-44952325(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGCGTCGGTGACCC
SmilChr07G000832 Chr07 NC_080393.1:5916628-5916642promoter 内 2377-2391 bp - 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 5918252-5920364(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCCCACCGACGATG
SmilChr05G000143 Chr05 NC_080391.1:1161156-1161170promoter 内 2351-2365 bp + 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 1162806-1179835(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATCGTCGGTGGGCC
SmilChr05G001971 Chr05 NC_080391.1:20349850-20349864promoter 内 2340-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 20342535-20348203(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGTGTCGGTGAGCA
SmilChr04G000659 Chr04 NC_080390.1:7446531-7446545promoter 内 2261-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 7448271-7451141(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCTCGCCGACAACA
SmilChr05G002224 Chr05 NC_080391.1:23768221-23768235promoter 内 2048-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 23770174-23770802(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTACCACCGACGACA
SmilChr07G001112 Chr07 NC_080393.1:8227427-8227441promoter 内 1865-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 8223633-8225305(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AACCGTCGGTGACGC
SmilChr08G002513 Chr08 NC_080394.1:24280766-24280780promoter 内 1384-1398 bp + 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 24283383-24287177(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGAGTCGGTGGCTG
SmilChr05G000853 Chr05 NC_080391.1:6732419-6732433promoter 内 744-758 bp + 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 6724527-6729176(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCCCACCGACGATG
SmilChr03G003035 Chr03 NC_080389.1:47252035-47252049promoter 内 647-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 47255389-47259511(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTTGTCGGTGAATG
SmilChr02G000040 Chr02 NC_080388.1:490624-490638promoter 内 592-606 bp + 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 483264-487229(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCCCACCGACGATG
SmilChr04G003061 Chr04 NC_080390.1:47181337-47181351promoter 内 3851-3865 bp + 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 47178145-47181201(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCAGCGCCGACAACA
SmilChr04G003062 Chr04 NC_080390.1:47181337-47181351promoter 内 3735-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 47181603-47182541(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGCGCTGC
SmilChr01G000688 Chr01 NC_080387.1:15392679-15392693promoter 内 3546-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 15393134-15396782(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGCGGTTT
SmilChr05G000112 Chr05 NC_080391.1:793242-793256promoter 内 3096-3110 bp + 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 794147-794851(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTGAAAT
SmilChr08G001639 Chr08 NC_080394.1:13597931-13597945promoter 内 3093-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 13595164-13597037(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGTGTCGGTGAGCA
SmilChr05G000111 Chr05 NC_080391.1:731558-731572promoter 内 3080-3094 bp + 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 732479-733183(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTGTCGGTGAAAT
SmilChr02G003118 Chr02 NC_080388.1:52207699-52207713promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 52204851-52206767(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGCCACCGACGATC
SmilChr03G001477 Chr03 NC_080389.1:17772479-17772493promoter 内 3054-3068 bp + 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17773426-17774232(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGAGTCGGTGGAGG
SmilChr01G001758 Chr01 NC_080387.1:32295573-32295587promoter 内 2971-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 32292214-32294557(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGTGTCGGTGACAA
SmilChr03G003070 Chr03 NC_080389.1:47697448-47697462promoter 内 2969-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 47695414-47696430(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGAGTCGGTGGAGG
SmilChr07G004210 Chr07 NC_080393.1:54308828-54308842promoter 内 2842-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54301159-54307683(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTACCACCGACGTCT
SmilChr07G004192 Chr07 NC_080393.1:53951758-53951772promoter 内 2762-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 53947162-53950533(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTCACCGACGCAA
SmilChr05G001729 Chr05 NC_080391.1:16696573-16696587promoter 内 2742-2756 bp - 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 16692390-16695328(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCGTCGGTGAAGA
SmilChr05G002593 Chr05 NC_080391.1:29161230-29161244promoter 内 2729-2743 bp + 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 29162502-29165709(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GATAGTCGGTGGCGG
SmilChr06G001447 Chr06 NC_080392.1:15274329-15274343promoter 内 2699-2713 bp - 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 15275631-15279571(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGACACCGACACGA
SmilChr05G004039 Chr05 NC_080391.1:54370569-54370583promoter 内 2661-2675 bp - 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54371909-54375277(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCCTCACCGACATAG
SmilChr04G002770 Chr04 NC_080390.1:43499975-43499989promoter 内 2575-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 43493519-43498563(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGCTACCGACACAG
SmilChr08G003713 Chr08 NC_080394.1:41736548-41736562promoter 内 2557-2571 bp + 1430 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41734426-41735118(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAATCACCGACAGCC
SmilChr02G004674 Chr02 NC_080388.1:69101244-69101258promoter 内 2556-2570 bp - 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 69099466-69099813(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGCGTCGGTGAGCG
SmilChr08G000267 Chr08 NC_080394.1:1825516-1825530promoter 内 2426-2440 bp - 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1827091-1831908(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACATCACCGACGAAG
SmilChr01G005799 Chr01 NC_080387.1:74063478-74063492promoter 内 2396-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 74065083-74068284(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGTGTCGGTGAAAT
SmilChr01G004870 Chr01 NC_080387.1:66828636-66828650promoter 内 2295-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 66825406-66826944(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATTGTCGGTGCAAT
SmilChr02G005205 Chr02 NC_080388.1:73292574-73292588promoter 内 2278-2292 bp + 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 73294297-73298138(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTTGTCGGTGAAAT
SmilChr01G001759 Chr01 NC_080387.1:32295573-32295587promoter 内 2255-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 32297319-32298592(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTGTCACCGACACGT
SmilChr07G004647 Chr07 NC_080393.1:59312185-59312199promoter 内 2233-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 59304323-59310431(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTTCCGCCGACAATA
SmilChr08G004429 Chr08 NC_080394.1:53981327-53981341promoter 内 1870-1884 bp - 2117 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 53976474-53979210(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGTGTCGGTAGACG
SmilChr04G001323 Chr04 NC_080390.1:21310220-21310234promoter 内 1630-1644 bp - 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 21312591-21329516(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTGTCACCGACGGCT
SmilChr05G004230 Chr05 NC_080391.1:56123923-56123937promoter 内 1563-1577 bp + 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 56117709-56121499(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACTGAG
SmilChr02G004928 Chr02 NC_080388.1:71290427-71290441promoter 内 1517-1531 bp + 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 71292911-71295909(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGTTGTCGGTGTCGT
SmilChr02G005213 Chr02 NC_080388.1:73336798-73336812promoter 内 1372-1386 bp + 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 73339427-73341167(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTTGTCGGTGAAAT
SmilChr03G004506 Chr03 NC_080389.1:63159633-63159647promoter 内 1207-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 63156382-63156853(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGACTCAC
SmilChr07G002487 Chr07 NC_080393.1:23537428-23537442promoter 内 1130-1144 bp + 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 23540299-23548117(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGAGTCGGTGGTGG
SmilChr02G002873 Chr02 NC_080388.1:48975380-48975394promoter 内 957-971 bp + 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 48969672-48972350(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCCCACCGACAAGA
SmilChr03G003773 Chr03 NC_080389.1:56894866-56894880promoter 内 935-949 bp + 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 56886100-56891814(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTTCACCGACAGTA
SmilChr07G000201 Chr07 NC_080393.1:1264856-1264870promoter 内 674-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1258362-1261543(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTACACCGACAAAT
SmilChr07G003568 Chr07 NC_080393.1:41662772-41662786promoter 内 603-617 bp + 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41666170-41666240(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGTGGCGGTGGAGT
SmilChr03G004505 Chr03 NC_080389.1:63159633-63159647promoter 内 519-533 bp + 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 63153581-63156165(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGACTCAC