转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 43 / 167 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001602 Chr02 NC_080388.1:29871080-29871089promoter 内 2013-2022 bp + 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 29868515-29869101(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr06G001681 Chr06 NC_080392.1:19071212-19071221promoter 内 2009-2018 bp - 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 19073204-19074525(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr08G001157 Chr08 NC_080394.1:9193772-9193781promoter 内 1957-1966 bp - 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 9189633-9191737(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr01G005016 Chr01 NC_080387.1:68168165-68168174promoter 内 1955-1964 bp - 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 68161119-68166128(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr07G002115 Chr07 NC_080393.1:19267832-19267841promoter 内 1787-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 19262595-19265627(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr07G004118 Chr07 NC_080393.1:52857945-52857954promoter 内 1747-1756 bp - 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 52860199-52862848(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr01G003589 Chr01 NC_080387.1:54432065-54432074promoter 内 1723-1732 bp - 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 54434343-54437470(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr01G002467 Chr01 NC_080387.1:42363752-42363761promoter 内 1626-1635 bp + 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 42366127-42368224(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr06G002790 Chr06 NC_080392.1:40592138-40592147promoter 内 1555-1564 bp - 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40594584-40597022(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr05G004372 Chr05 NC_080391.1:57254343-57254352promoter 内 1514-1523 bp + 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57256830-57258643(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr06G002050 Chr06 NC_080392.1:26932200-26932209promoter 内 1495-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 26928070-26929703(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr01G002518 Chr01 NC_080387.1:43152405-43152414promoter 内 1383-1392 bp - 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43148842-43149796(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr01G005341 Chr01 NC_080387.1:70625971-70625980promoter 内 1373-1382 bp - 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 70628599-70630450(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr07G004484 Chr07 NC_080393.1:57376585-57376594promoter 内 1305-1314 bp - 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57372070-57373898(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr06G002788 Chr06 NC_080392.1:40562560-40562569promoter 内 1298-1307 bp + 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40565263-40575199(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr02G001440 Chr02 NC_080388.1:27082376-27082385promoter 内 1148-1157 bp + 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 27085229-27088122(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr01G000485 Chr01 NC_080387.1:9921948-9921957promoter 内 1034-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 9924915-9928587(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr04G000171 Chr04 NC_080390.1:1530436-1530445promoter 内 1031-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1533406-1536174(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr02G000856 Chr02 NC_080388.1:14602267-14602276promoter 内 926-935 bp - 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 14605342-14605797(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr08G003856 Chr08 NC_080394.1:45099859-45099868promoter 内 774-783 bp - 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 45103086-45103475(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr07G002380 Chr07 NC_080393.1:22175612-22175621promoter 内 700-709 bp - 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 22171949-22172320(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr06G002789 Chr06 NC_080392.1:40581865-40581874promoter 内 633-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40575138-40578506(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr02G000252 Chr02 NC_080388.1:3252024-3252033promoter 内 567-576 bp + 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3246865-3248599(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr02G000929 Chr02 NC_080388.1:16153215-16153224promoter 内 541-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 16149692-16149764(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr03G001492 Chr03 NC_080389.1:18070513-18070522promoter 内 492-501 bp - 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 18074022-18075038(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr01G002520 Chr01 NC_080387.1:43152405-43152414promoter 内 476-485 bp - 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 43155930-43159761(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr02G000147 Chr02 NC_080388.1:1969905-1969914promoter 内 456-465 bp + 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1963212-1966369(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr06G001529 Chr06 NC_080392.1:16537209-16537218promoter 内 395-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 16532992-16533612(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr06G002409 Chr06 NC_080392.1:34837456-34837465promoter 内 385-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 34841072-34844052(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr08G004005 Chr08 NC_080394.1:48344542-48344551promoter 内 375-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 48348168-48356633(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr04G003555 Chr04 NC_080390.1:51935703-51935712promoter 内 374-383 bp - 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51939330-51948223(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr04G000404 Chr04 NC_080390.1:4232366-4232375promoter 内 258-267 bp + 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 4226097-4228632(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr06G000161 Chr06 NC_080392.1:1123513-1123522promoter 内 222-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1127292-1131974(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
SmilChr03G000334 Chr03 NC_080389.1:3783273-3783282promoter 内 112-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3787162-3788672(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr01G001821 Chr01 NC_080387.1:33153357-33153366promoter 内 105-114 bp - 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 33147058-33149470(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr02G000286 Chr02 NC_080388.1:3667397-3667406promoter 内 101-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 3656537-3663506(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCAGATACGG
SmilChr01G000425 Chr01 NC_080387.1:8526247-8526256promoter 内 55-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8514196-8522310(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTGC
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SmilChr03G000165 Chr03 NC_080389.1:1815487-1815496promoter 内 3864-3873 bp + 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 1813038-1815359(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCATATCTTT
SmilChr01G003583 Chr01 NC_080387.1:54395348-54395357promoter 内 3819-3828 bp + 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 54395530-54401672(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGG
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SmilChr01G001820 Chr01 NC_080387.1:33137847-33137856promoter 内 2155-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 33133079-33136010(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCATATCTTT
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SmilChr06G002114 Chr06 NC_080392.1:28259409-28259418promoter 内 1788-1797 bp - 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 28261622-28263081(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCATATCTTT
SmilChr07G000549 Chr07 NC_080393.1:3793076-3793085promoter 内 1756-1765 bp - 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 3786279-3790840(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATATGG
SmilChr07G002445 Chr07 NC_080393.1:22950047-22950056promoter 内 1557-1566 bp - 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 22952491-22955251(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCATATCTTT
SmilChr07G004030 Chr07 NC_080393.1:51457457-51457466promoter 内 934-943 bp + 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 3 51453320-51454399(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCATATCTTT