转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 45 / 133 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001000 Chr03 NC_080389.1:11325170-11325179promoter 内 1129-1138 bp + 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 11321347-11322307(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr01G004456 Chr01 NC_080387.1:62687740-62687749promoter 内 1117-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 62681442-62684865(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGT
SmilChr02G004140 Chr02 NC_080388.1:63680353-63680362promoter 内 1093-1102 bp - 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 63683261-63690250(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCAA
SmilChr01G000287 Chr01 NC_080387.1:5637197-5637206promoter 内 1043-1052 bp - 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5640155-5641397(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr01G004130 Chr01 NC_080387.1:59820030-59820039promoter 内 1030-1039 bp + 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 59813110-59817068(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCAA
SmilChr02G004158 Chr02 NC_080388.1:63898531-63898540promoter 内 1024-1033 bp - 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 63901508-63904482(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCC
SmilChr01G003250 Chr01 NC_080387.1:51216572-51216581promoter 内 1017-1026 bp - 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 51219556-51221377(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCC
SmilChr01G000037 Chr01 NC_080387.1:601294-601303promoter 内 994-1003 bp - 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 604301-606337(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCT
SmilChr01G002213 Chr01 NC_080387.1:38487652-38487661promoter 内 959-968 bp - 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 38481612-38484619(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGA
SmilChr01G002230 Chr01 NC_080387.1:38797107-38797116promoter 内 959-968 bp - 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 38791046-38794074(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGA
SmilChr02G000839 Chr02 NC_080388.1:14202204-14202213promoter 内 898-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 14205307-14207987(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGT
SmilChr02G005216 Chr02 NC_080388.1:73352506-73352515promoter 内 822-831 bp + 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 73355685-73358919(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGA
SmilChr01G000261 Chr01 NC_080387.1:5053680-5053689promoter 内 821-830 bp + 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5056860-5057612(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGT
SmilChr02G001531 Chr02 NC_080388.1:28569434-28569443promoter 内 819-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 28562341-28566261(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGGATAAGGA
SmilChr02G003636 Chr02 NC_080388.1:57737745-57737754promoter 内 802-811 bp + 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 57730340-57734555(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCAG
SmilChr02G000716 Chr02 NC_080388.1:11517134-11517143promoter 内 744-753 bp - 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 11520391-11520497(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr02G000551 Chr02 NC_080388.1:7728233-7728242promoter 内 742-751 bp - 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 7723383-7724983(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGA
SmilChr02G004820 Chr02 NC_080388.1:70315417-70315426promoter 内 737-746 bp + 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 70318681-70323365(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGT
SmilChr03G000347 Chr03 NC_080389.1:3903141-3903150promoter 内 733-742 bp - 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 3906409-3908226(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr02G001957 Chr02 NC_080388.1:35312141-35312150promoter 内 704-713 bp + 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35305803-35308853(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCAG
SmilChr01G000323 Chr01 NC_080387.1:6380734-6380743promoter 内 666-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 6384069-6392414(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr01G003863 Chr01 NC_080387.1:56898738-56898747promoter 内 660-669 bp + 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56891702-56895406(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCC
SmilChr01G002292 Chr01 NC_080387.1:39750126-39750135promoter 内 643-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 39753484-39761977(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCC
SmilChr01G002356 Chr01 NC_080387.1:40746522-40746531promoter 内 636-645 bp + 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 40740704-40743166(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCC
SmilChr02G000677 Chr02 NC_080388.1:10562969-10562978promoter 内 608-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 10566362-10570937(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr02G001198 Chr02 NC_080388.1:22114509-22114518promoter 内 574-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 22117936-22121739(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCAA
SmilChr01G000305 Chr01 NC_080387.1:5949092-5949101promoter 内 572-581 bp + 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5952521-5955281(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGT
SmilChr03G000166 Chr03 NC_080389.1:1817044-1817053promoter 内 566-575 bp - 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 1820479-1822311(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCT
SmilChr02G003049 Chr02 NC_080388.1:51283993-51284002promoter 内 554-563 bp + 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 51287440-51289156(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGG
SmilChr01G002003 Chr01 NC_080387.1:35536354-35536363promoter 内 517-526 bp - 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35530783-35532879(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGGATAAGGA
SmilChr01G001977 Chr01 NC_080387.1:35177888-35177897promoter 内 504-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35173127-35174400(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGA
SmilChr01G002086 Chr01 NC_080387.1:36850487-36850496promoter 内 492-501 bp + 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 36845998-36846987(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCT
SmilChr02G002864 Chr02 NC_080388.1:48804557-48804566promoter 内 480-489 bp + 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 48808078-48808711(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTGATAAGGA
SmilChr02G000362 Chr02 NC_080388.1:4660254-4660263promoter 内 477-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 4652574-4656739(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGT
SmilChr01G002085 Chr01 NC_080387.1:36823409-36823418promoter 内 476-485 bp + 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 36818949-36819893(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr02G003588 Chr02 NC_080388.1:57083463-57083472promoter 内 468-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 57086996-57088465(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGT
SmilChr02G000012 Chr02 NC_080388.1:87021-87030promoter 内 446-455 bp - 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 90576-95584(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr01G003470 Chr01 NC_080387.1:53244526-53244535promoter 内 382-391 bp - 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 53248145-53250479(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr01G003227 Chr01 NC_080387.1:51044868-51044877promoter 内 380-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 51039238-51041256(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGT
SmilChr03G000893 Chr03 NC_080389.1:10228478-10228487promoter 内 379-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 10221382-10224865(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr02G000022 Chr02 NC_080388.1:187932-187941promoter 内 354-363 bp - 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 183631-184294(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGT
SmilChr02G003484 Chr02 NC_080388.1:56108833-56108842promoter 内 340-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56105110-56105181(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCT
SmilChr01G003210 Chr01 NC_080387.1:50877980-50877989promoter 内 335-344 bp + 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 50871331-50874323(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCCC
SmilChr02G005257 Chr02 NC_080388.1:73677031-73677040promoter 内 293-302 bp + 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 73671042-73673332(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCAA
SmilChr02G002151 Chr02 NC_080388.1:38722796-38722805promoter 内 271-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 38726526-38737738(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr02G002200 Chr02 NC_080388.1:39233944-39233953promoter 内 252-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 39230132-39230204(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCCT
SmilChr01G002664 Chr01 NC_080387.1:44879866-44879875promoter 内 192-201 bp - 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 44872611-44876066(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGGATAAGGA
SmilChr02G002924 Chr02 NC_080388.1:49641294-49641303promoter 内 191-200 bp + 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 49645104-49649297(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TTGATAAGGT
SmilChr01G003034 Chr01 NC_080387.1:49362926-49362935promoter 内 142-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 49366785-49371200(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCAA
SmilChr01G002436 Chr01 NC_080387.1:41948360-41948369promoter 内 136-145 bp + 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 41952225-41956509(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGGATAAGGG