转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 48 / 135 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006003 Chr01 NC_080387.1:75607710-75607724promoter 内 935-949 bp - 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 75601814-75604658(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCATTCTTATCCCA
SmilChr02G001957 Chr02 NC_080388.1:35312140-35312154promoter 内 700-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35305803-35308853(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTATCCTTATCAGC
SmilChr03G001441 Chr03 NC_080389.1:17148889-17148903promoter 内 700-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 17144939-17145602(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGAACAAT
SmilChr01G000674 Chr01 NC_080387.1:14952049-14952063promoter 内 691-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 14946348-14948753(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCGACCTTATCCTG
SmilChr01G005187 Chr01 NC_080387.1:69583050-69583064promoter 内 546-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 69586505-69589186(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAGATAAGGTAAGT
SmilChr02G005357 Chr02 NC_080388.1:74308611-74308625promoter 内 534-548 bp - 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74302413-74305158(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGTCCTTATCTAT
SmilChr01G003528 Chr01 NC_080387.1:53919620-53919634promoter 内 469-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 53913710-53916102(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATATTATT
SmilChr01G003472 Chr01 NC_080387.1:53260958-53260972promoter 内 466-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 53255097-53257437(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATATTATT
SmilChr01G003210 Chr01 NC_080387.1:50877979-50877993promoter 内 331-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 50871331-50874323(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACATTCCTTATCCCA
SmilChr01G002214 Chr01 NC_080387.1:38478083-38478097promoter 内 251-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 38481833-38482558(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGTCTTC
SmilChr01G002063 Chr01 NC_080387.1:36457482-36457496promoter 内 158-172 bp + 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 36461325-36463456(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTCATTATCCTC
SmilChr01G000073 Chr01 NC_080387.1:1266046-1266060promoter 内 660-674 bp + 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 4 1269387-1271849(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACGCCTTATCCAA
SmilChr01G004467 Chr01 NC_080387.1:62762372-62762386promoter 内 615-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 4 62755636-62759000(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGCACGG
SmilChr03G001992 Chr03 NC_080389.1:29340955-29340969promoter 内 434-448 bp - 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 4 29331425-29337402(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCCTCCTTATCAAC
SmilChr02G001517 Chr02 NC_080388.1:28279193-28279207promoter 内 3592-3606 bp - 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 28277010-28278798(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGTCGCCTTATCCTT
SmilChr01G000140 Chr01 NC_080387.1:2377708-2377722promoter 内 2753-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 2378956-2380275(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACGCCTTATCCAA
SmilChr01G002280 Chr01 NC_080387.1:39597134-39597148promoter 内 2153-2167 bp + 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 39592366-39595300(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATATTATA
SmilChr03G001607 Chr03 NC_080389.1:20432267-20432281promoter 内 1105-1119 bp + 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 20435163-20436275(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACTGCCTTATCCTT
SmilChr01G005080 Chr01 NC_080387.1:68668178-68668192promoter 内 1101-1115 bp + 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 68671078-68671149(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATACATTATCCTC
SmilChr01G005614 Chr01 NC_080387.1:72671193-72671207promoter 内 703-717 bp + 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 72666111-72667909(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTTACC
SmilChr03G001431 Chr03 NC_080389.1:16982754-16982768promoter 内 689-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 16973184-16979456(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATTACATTATCCTT
SmilChr01G005922 Chr01 NC_080387.1:75039144-75039158promoter 内 3747-3761 bp - 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 75037416-75038904(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCAAT
SmilChr01G002886 Chr01 NC_080387.1:47479366-47479380promoter 内 3654-3668 bp - 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 47479713-47482005(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGGTTAA
SmilChr01G001140 Chr01 NC_080387.1:23274631-23274645promoter 内 3442-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 23270547-23274086(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGATGTTA
SmilChr01G003187 Chr01 NC_080387.1:50621594-50621608promoter 内 3119-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 50614422-50620726(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGAAAGG
SmilChr03G002948 Chr03 NC_080389.1:46207207-46207221promoter 内 3082-3096 bp - 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 46208126-46210813(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGAAATG
SmilChr01G005118 Chr01 NC_080387.1:68979378-68979392promoter 内 2974-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 68977183-68978365(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGATAGCC
SmilChr03G002609 Chr03 NC_080389.1:41501389-41501403promoter 内 2792-2806 bp - 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 41500089-41500194(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTTCCTTATCAAT
SmilChr01G000660 Chr01 NC_080387.1:14725464-14725478promoter 内 2784-2798 bp + 1203 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 14726681-14734421(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTCACCTTATCCCG
SmilChr03G001002 Chr03 NC_080389.1:11342612-11342626promoter 内 2772-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 11338375-11341397(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGATGTTA
SmilChr03G002281 Chr03 NC_080389.1:35999552-35999566promoter 内 2448-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 35996670-35998013(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACGCCTTATCCAA
SmilChr02G000838 Chr02 NC_080388.1:14208962-14208976promoter 内 2429-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 14204480-14207404(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGTAATT
SmilChr03G001783 Chr03 NC_080389.1:24392860-24392874promoter 内 2334-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 24388463-24391207(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATCTTATCCAC
SmilChr01G000417 Chr01 NC_080387.1:8435627-8435641promoter 内 2189-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 8432765-8433829(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACGCCTTATCCAA
SmilChr03G001904 Chr03 NC_080389.1:26602013-26602027promoter 内 2106-2120 bp + 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 26595830-26600132(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGATAAT
SmilChr01G001574 Chr01 NC_080387.1:29785128-29785142promoter 内 2100-2114 bp + 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 29787029-29788408(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACGCCTTATCCAA
SmilChr02G003808 Chr02 NC_080388.1:59716058-59716072promoter 内 1652-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 59712965-59713723(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAGGGTGAAG
SmilChr01G001379 Chr01 NC_080387.1:27190422-27190436promoter 内 1625-1639 bp + 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 27187377-27188060(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGTTTAT
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SmilChr03G002664 Chr03 NC_080389.1:42297453-42297467promoter 内 1233-1247 bp - 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 42300221-42301075(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGCAGAA
SmilChr02G005474 Chr02 NC_080388.1:74987892-74987906promoter 内 1225-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 74990668-74992966(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCTACCTTATCTCT
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SmilChr02G005129 Chr02 NC_080388.1:72757268-72757282promoter 内 6-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 72761263-72763967(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATATTGAA
SmilChr03G000560 Chr03 NC_080389.1:6092404-6092418promoter 内 3982-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6092423-6094576(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGAAATG
SmilChr01G003205 Chr01 NC_080387.1:50813563-50813577promoter 内 3833-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 50811557-50813409(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGGAATTT