转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 49 / 121 下载 TSV

上一页 49 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003200 Chr02 NC_080388.1:53161384-53161398promoter 内 3509-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53158001-53160906(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr04G000444 Chr04 NC_080390.1:4713994-4714008promoter 内 3507-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4714488-4717381(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G003910 Chr02 NC_080388.1:61182320-61182334promoter 内 3500-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61182821-61185828(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr03G003149 Chr03 NC_080389.1:48818207-48818221promoter 内 3500-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 48818708-48824247(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTTGGGATCTGAT
SmilChr01G001050 Chr01 NC_080387.1:21846767-21846781promoter 内 3497-3511 bp + 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 21847271-21850188(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr03G003137 Chr03 NC_080389.1:48600901-48600915promoter 内 3496-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 48601406-48607011(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTTGGGATCTGAT
SmilChr03G003114 Chr03 NC_080389.1:48267000-48267014promoter 内 3495-3509 bp + 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 48267506-48270483(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr01G001590 Chr01 NC_080387.1:29920183-29920197promoter 内 3491-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29920693-29923607(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr01G000497 Chr01 NC_080387.1:10135133-10135147promoter 内 3490-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10131296-10134636(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G001102 Chr02 NC_080388.1:19837040-19837054promoter 内 3489-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19837552-19840447(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G002023 Chr02 NC_080388.1:36459385-36459399promoter 内 3487-3501 bp - 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36456009-36458885(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G004294 Chr02 NC_080388.1:65300167-65300181promoter 内 3479-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 65300689-65303577(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G004295 Chr02 NC_080388.1:65309918-65309932promoter 内 3479-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 65310440-65313328(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr03G000965 Chr03 NC_080389.1:10880222-10880236promoter 内 3477-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10880746-10883586(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr04G000164 Chr04 NC_080390.1:1482578-1482592promoter 内 3472-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1483107-1484835(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCGG
SmilChr02G002269 Chr02 NC_080388.1:40147317-40147331promoter 内 3466-3480 bp + 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40147852-40150693(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G003615 Chr02 NC_080388.1:57408797-57408811promoter 内 3419-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57409379-57422409(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr04G002072 Chr04 NC_080390.1:33473360-33473374promoter 内 3413-3427 bp - 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33467828-33472786(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr01G006068 Chr01 NC_080387.1:76086608-76086622promoter 内 3354-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 76087255-76090162(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr03G000974 Chr03 NC_080389.1:11031037-11031051promoter 内 3306-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 11031732-11056910(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGGGATCTAGACCC
SmilChr04G003125 Chr04 NC_080390.1:47860994-47861008promoter 内 3294-3308 bp + 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47861701-47866822(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGATTAGATCTGAT
SmilChr01G000735 Chr01 NC_080387.1:16308448-16308462promoter 内 3184-3198 bp + 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16307539-16307645(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr03G000886 Chr03 NC_080389.1:10114800-10114814promoter 内 3176-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10111702-10113989(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATTGAGATCTGAG
SmilChr01G002886 Chr01 NC_080387.1:47478791-47478805promoter 内 3079-3093 bp + 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 47479713-47482005(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTAAC
SmilChr01G000579 Chr01 NC_080387.1:12149262-12149276promoter 内 3047-3061 bp - 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12147216-12148322(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTCCGATCTGAG
SmilChr01G000580 Chr01 NC_080387.1:12149262-12149276promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 12150300-12153417(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCGGAACCC
SmilChr05G001475 Chr05 NC_080391.1:13514518-13514532promoter 内 2933-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13512575-13513464(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTCAC
SmilChr02G002288 Chr02 NC_080388.1:40415977-40415991promoter 内 2915-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40417063-40422432(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCGCCTAGATCTGAG
SmilChr02G000057 Chr02 NC_080388.1:744357-744371promoter 内 2901-2915 bp + 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 745457-746379(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTCCGATCTGAG
SmilChr03G003903 Chr03 NC_080389.1:58133825-58133839promoter 内 2891-2905 bp - 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58131016-58132729(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTCTAGATCTAGG
SmilChr03G001610 Chr03 NC_080389.1:20494195-20494209promoter 内 2881-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20492099-20493089(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTCCGATCTGAG
SmilChr04G001602 Chr04 NC_080390.1:26713597-26713611promoter 内 2872-2886 bp + 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 26708275-26712482(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTACATCC
SmilChr04G001302 Chr04 NC_080390.1:20725773-20725787promoter 内 2824-2838 bp + 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20726950-20729795(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G000549 Chr02 NC_080388.1:7640064-7640078promoter 内 2746-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7641319-7646267(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCCAAACC
SmilChr04G001560 Chr04 NC_080390.1:25897954-25897968promoter 内 2745-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25899210-25902942(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATTTAGATCTGCA
SmilChr03G000750 Chr03 NC_080389.1:8582996-8583010promoter 内 2563-2577 bp - 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8584434-8585764(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAAATTG
SmilChr02G001198 Chr02 NC_080388.1:22116483-22116497promoter 内 2548-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22117936-22121739(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTAGATCTAGAACT
SmilChr03G002958 Chr03 NC_080389.1:46348604-46348618promoter 内 2505-2519 bp + 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 46350100-46352683(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTGAGATCTGAC
SmilChr03G004485 Chr03 NC_080389.1:62977548-62977562promoter 内 2501-2515 bp + 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62971886-62976062(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCGG
SmilChr03G002294 Chr03 NC_080389.1:36145955-36145969promoter 内 2462-2476 bp + 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36147494-36149380(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr03G003745 Chr03 NC_080389.1:56506317-56506331promoter 内 2455-2469 bp - 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56501836-56504785(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr03G003744 Chr03 NC_080389.1:56495026-56495040promoter 内 2454-2468 bp - 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56490544-56493493(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr03G000053 Chr03 NC_080389.1:519156-519170promoter 内 2403-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 520754-524608(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGCTTCG
SmilChr03G000743 Chr03 NC_080389.1:8516290-8516304promoter 内 2289-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8471601-8514592(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTAAATTG
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SmilChr02G005573 Chr02 NC_080388.1:75609739-75609753promoter 内 2127-2141 bp + 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 75605921-75607879(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCCGATTG
SmilChr02G004967 Chr02 NC_080388.1:71574085-71574099promoter 内 2126-2140 bp + 1861 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71575960-71577118(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTGCCAGATCTGTG
SmilChr04G001501 Chr04 NC_080390.1:24612744-24612758promoter 内 2102-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24614643-24615796(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTTCTAGATCCGAA
SmilChr01G004180 Chr01 NC_080387.1:60254637-60254651promoter 内 2078-2092 bp - 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 60242014-60252728(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGACTGGATCTGAC
SmilChr03G003311 Chr03 NC_080389.1:51361331-51361345promoter 内 2020-2034 bp - 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51358897-51359364(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTTCTAGATCTCGT