转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 5 / 134 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003294 Chr03 NC_080389.1:51042222-51042236promoter 内 1462-1476 bp - 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 51044761-51045769(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATCTTT
SmilChr03G002571 Chr03 NC_080389.1:40902124-40902138promoter 内 749-763 bp - 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 40896814-40898886(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGATAATGATTAT
SmilChr02G000828 Chr02 NC_080388.1:14036942-14036956promoter 内 179-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 14040764-14042516(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATC
SmilChr03G003218 Chr03 NC_080389.1:49819068-49819082promoter 内 3602-3616 bp + 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 49814543-49818683(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATCATT
SmilChr03G002482 Chr03 NC_080389.1:39408026-39408040promoter 内 3538-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 39408489-39409055(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTGCCATC
SmilChr01G003377 Chr01 NC_080387.1:52457886-52457900promoter 内 3194-3208 bp - 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 52451698-52457093(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATATAATGATGAT
SmilChr02G000195 Chr02 NC_080388.1:2457159-2457173promoter 内 3014-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 2454735-2456186(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATCTTT
SmilChr02G003889 Chr02 NC_080388.1:60983040-60983054promoter 内 1928-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 60985113-60991057(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACTATA
SmilChr02G002193 Chr02 NC_080388.1:39155779-39155793promoter 内 1918-1932 bp - 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 39152112-39153710(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGGGGCAATGATTAC
SmilChr01G001371 Chr01 NC_080387.1:27052990-27053004promoter 内 1911-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 27055080-27057634(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATCTTT
SmilChr02G005524 Chr02 NC_080388.1:75320697-75320711promoter 内 1723-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 75315098-75318433(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATGGT
SmilChr01G000337 Chr01 NC_080387.1:6926223-6926237promoter 内 1526-1540 bp - 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6928698-6929318(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATC
SmilChr02G000638 Chr02 NC_080388.1:9671752-9671766promoter 内 1358-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9664075-9669123(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATAATAATGATGAT
SmilChr03G003311 Chr03 NC_080389.1:51362145-51362159promoter 内 1206-1220 bp - 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 51358897-51359364(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAATAATGATTAC
SmilChr03G001376 Chr03 NC_080389.1:16245992-16246006promoter 内 1004-1018 bp + 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 16248989-16250404(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGATAATGATTAT
SmilChr02G005525 Chr02 NC_080388.1:75320697-75320711promoter 内 108-122 bp - 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 75324590-75342843(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTACATTT
SmilChr03G001810 Chr03 NC_080389.1:24713585-24713599promoter 内 1416-1430 bp - 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 24703512-24711014(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAATAATGATTGC
SmilChr02G003831 Chr02 NC_080388.1:59952874-59952888promoter 内 3675-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 59953200-59954266(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATAACAATGATTAC
SmilChr02G004640 Chr02 NC_080388.1:68853902-68853916promoter 内 461-475 bp - 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 68857442-68859086(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTC
SmilChr02G002297 Chr02 NC_080388.1:40513455-40513469promoter 内 3966-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 40506142-40513434(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGAT
SmilChr03G000738 Chr03 NC_080389.1:8382110-8382124promoter 内 3926-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 8382185-8385838(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTC
SmilChr01G003942 Chr01 NC_080387.1:57755989-57756003promoter 内 3856-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 57754694-57755858(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGAT
SmilChr02G002118 Chr02 NC_080388.1:37920261-37920275promoter 内 3655-3669 bp + 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 37918720-37919929(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTC
SmilChr02G005109 Chr02 NC_080388.1:72599531-72599545promoter 内 3297-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 72597857-72598841(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATGATTGT
SmilChr01G003212 Chr01 NC_080387.1:50902385-50902399promoter 内 2844-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 50894465-50901242(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGAT
SmilChr03G001901 Chr03 NC_080389.1:26542261-26542275promoter 内 1679-1693 bp - 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 26544583-26544654(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTC
SmilChr03G001947 Chr03 NC_080389.1:27783736-27783750promoter 内 1679-1693 bp + 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 27781357-27781428(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTC
SmilChr03G001302 Chr03 NC_080389.1:15252412-15252426promoter 内 1607-1621 bp - 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 15248385-15250032(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGAT
SmilChr02G001320 Chr02 NC_080388.1:24541789-24541803promoter 内 1006-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 24544784-24546737(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTACATCC
SmilChr03G000246 Chr03 NC_080389.1:2922915-2922929promoter 内 510-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 2917171-2919438(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTTTT
SmilChr03G002986 Chr03 NC_080389.1:46691016-46691030promoter 内 227-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 46684796-46687256(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTATTTTC
SmilChr03G000739 Chr03 NC_080389.1:8388099-8388113promoter 内 3926-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 8388174-8391827(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTC
SmilChr02G003190 Chr02 NC_080388.1:53054584-53054598promoter 内 3913-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 53054672-53059747(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGAT
SmilChr02G002117 Chr02 NC_080388.1:37916510-37916524promoter 内 3645-3659 bp + 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 37914969-37916168(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTC
SmilChr01G003514 Chr01 NC_080387.1:53750890-53750904promoter 内 2958-2972 bp - 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 53751933-53757502(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTACATCC
SmilChr03G000247 Chr03 NC_080389.1:2922915-2922929promoter 内 2741-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 2924175-2925187(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATGAT
SmilChr03G001988 Chr03 NC_080389.1:29133026-29133040promoter 内 2404-2418 bp - 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 29124350-29131443(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGATGTAATGATTAG
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SmilChr01G000024 Chr01 NC_080387.1:448891-448905promoter 内 1846-1860 bp + 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 451046-452337(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTGTAATGATGAC
SmilChr02G002709 Chr02 NC_080388.1:46959722-46959736promoter 内 1586-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 46957238-46957321(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTTTT
SmilChr03G002951 Chr03 NC_080389.1:46234168-46234182promoter 内 1387-1401 bp + 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 46228713-46231568(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTACTTTT
SmilChr03G000752 Chr03 NC_080389.1:8588598-8588612promoter 内 1256-1270 bp - 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 8591343-8605619(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTACAGCT
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SmilChr03G001303 Chr03 NC_080389.1:15257927-15257941promoter 内 901-915 bp - 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 15261027-15263785(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTTTT
SmilChr01G000191 Chr01 NC_080387.1:3279649-3279663promoter 内 3451-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 6 3280199-3282033(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATCTTG
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SmilChr01G001656 Chr01 NC_080387.1:30614480-30614494promoter 内 3477-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 5 30609923-30613970(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATCTTG
SmilChr02G002375 Chr02 NC_080388.1:41637947-41637961promoter 内 2397-2411 bp + 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 5 41636284-41636357(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACGTTT
SmilChr01G005977 Chr01 NC_080387.1:75438226-75438240promoter 内 1900-1914 bp + 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 5 75433252-75436139(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATCTTG