转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 50 / 134 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001379 Chr02 NC_080388.1:26099815-26099829promoter 内 3898-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 26097113-26099726(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCGTGCCGACACCC
SmilChr08G004241 Chr08 NC_080394.1:51865326-51865340promoter 内 3778-3792 bp + 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 51862922-51865117(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACATGTCGGTAGATA
SmilChr06G002828 Chr06 NC_080392.1:41049536-41049550promoter 内 3692-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 41048896-41049241(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCCTATC
SmilChr03G001225 Chr03 NC_080389.1:14147002-14147016promoter 内 3304-3318 bp + 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 14147699-14148817(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCAGAGCCGACATGG
SmilChr06G000572 Chr06 NC_080392.1:4884394-4884408promoter 内 3177-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 4881993-4883584(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTAACCGACATAG
SmilChr02G000900 Chr02 NC_080388.1:15463612-15463626promoter 内 3169-3183 bp + 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 15464444-15466622(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGGCCGACACCC
SmilChr06G002122 Chr06 NC_080392.1:28471190-28471204promoter 内 3100-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 28472091-28472936(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCACGCCGACAACA
SmilChr02G002461 Chr02 NC_080388.1:42918910-42918924promoter 内 2679-2693 bp + 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 42920232-42921125(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTTGCCGACGTGT
SmilChr07G003848 Chr07 NC_080393.1:47727167-47727181promoter 内 2672-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 47725130-47725852(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGCAAATT
SmilChr02G000919 Chr02 NC_080388.1:15906956-15906970promoter 内 2484-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 15903958-15905453(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGGCCGACACCC
SmilChr07G004292 Chr07 NC_080393.1:55474330-55474344promoter 内 2448-2462 bp + 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 55475883-55484554(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTTTTGCCGACAACG
SmilChr03G001226 Chr03 NC_080389.1:14147002-14147016promoter 内 2083-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 14148920-14152203(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCAGAGCCGACATGG
SmilChr01G003640 Chr01 NC_080387.1:54903287-54903301promoter 内 1968-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 54897961-54901268(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTAACCGACATAG
SmilChr01G000747 Chr01 NC_080387.1:16548866-16548880promoter 内 1585-1599 bp - 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 16551282-16555327(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGCGTATT
SmilChr02G003502 Chr02 NC_080388.1:56219754-56219768promoter 内 1545-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 56216197-56217312(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTAACCGACATAG
SmilChr03G000855 Chr03 NC_080389.1:9774041-9774055promoter 内 1036-1050 bp - 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 9768373-9771090(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTCCAGCCGACATGC
SmilChr02G005188 Chr02 NC_080388.1:73190410-73190424promoter 内 779-793 bp - 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 73184495-73187202(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGATGCCGACATAC
SmilChr01G003488 Chr01 NC_080387.1:53430695-53430709promoter 内 591-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 53422592-53427299(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGATGCCGACCTCC
SmilChr04G001420 Chr04 NC_080390.1:23069526-23069540promoter 内 588-602 bp - 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 23072939-23074810(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTAGGTCGGCAGTGG
SmilChr05G002024 Chr05 NC_080391.1:21003253-21003267promoter 内 67-81 bp + 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 21007187-21010120(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGACGCCGACAACC
SmilChr04G003251 Chr04 NC_080390.1:49263681-49263695promoter 内 20-34 bp - 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 49256655-49259714(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGTGGCCGACACGG
SmilChr02G001600 Chr02 NC_080388.1:29839283-29839297promoter 内 3981-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 29839303-29853545(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGAGGTCGGCATCGG
SmilChr02G002109 Chr02 NC_080388.1:37787747-37787761promoter 内 3938-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 37787810-37789432(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTGTCGGCGTCGC
SmilChr02G002111 Chr02 NC_080388.1:37793960-37793974promoter 内 3938-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 37794023-37795658(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTGTCGGCGTCGC
SmilChr02G002112 Chr02 NC_080388.1:37800174-37800188promoter 内 3938-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 37800237-37801872(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTGTCGGCGTCGC
SmilChr01G005278 Chr01 NC_080387.1:70188925-70188939promoter 内 3892-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70189034-70190936(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTTGGCCGACATTA
SmilChr03G004738 Chr03 NC_080389.1:64499873-64499887promoter 内 3892-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 64499982-64503334(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCTGCGG
SmilChr01G002972 Chr01 NC_080387.1:48650065-48650079promoter 内 3870-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 48650196-48653457(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTTGTCGGCGGGTC
SmilChr01G001196 Chr01 NC_080387.1:24116483-24116497promoter 内 3866-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24116618-24118251(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCTACCGACATTT
SmilChr01G001197 Chr01 NC_080387.1:24127023-24127037promoter 内 3865-3879 bp + 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24127159-24128791(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCTACCGACATTT
SmilChr04G001945 Chr04 NC_080390.1:31574356-31574370promoter 内 3824-3838 bp + 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 31574533-31576376(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGCTGCCGACGTCT
SmilChr07G003871 Chr07 NC_080393.1:48190938-48190952promoter 内 3671-3685 bp + 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 48191268-48192629(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTCGGACCGACATCA
SmilChr01G005262 Chr01 NC_080387.1:70093021-70093035promoter 内 3641-3655 bp + 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70093381-70095030(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTTGGCCGACATTA
SmilChr01G004686 Chr01 NC_080387.1:64930390-64930404promoter 内 3621-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 64926181-64930024(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTGCTCC
SmilChr06G002019 Chr06 NC_080392.1:26007253-26007267promoter 内 3620-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26006024-26006886(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATTTGCCGACATAT
SmilChr03G004315 Chr03 NC_080389.1:61518115-61518129promoter 内 3447-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61508826-61517575(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTGGGCCGACATCT
SmilChr06G003037 Chr06 NC_080392.1:43223899-43223913promoter 内 3395-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 43219174-43223307(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGTTGCCGACATTT
SmilChr02G000728 Chr02 NC_080388.1:11828631-11828645promoter 内 3300-3314 bp - 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11829332-11830760(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTATGTCGGCACGCC
SmilChr03G000953 Chr03 NC_080389.1:10786209-10786223promoter 内 3279-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10782182-10785501(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTGTCGGCGGTTG
SmilChr07G001368 Chr07 NC_080393.1:10608861-10608875promoter 内 3023-3037 bp - 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10609839-10612787(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTTGTCGGCGTTGG
SmilChr07G000755 Chr07 NC_080393.1:5322424-5322438promoter 内 3020-3034 bp - 967 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5318159-5321457(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CACGGACCGACATCT
SmilChr06G000130 Chr06 NC_080392.1:921257-921271promoter 内 3010-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 922248-929003(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCACAAA
SmilChr07G003594 Chr07 NC_080393.1:42019028-42019042promoter 内 2972-2986 bp + 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 42020057-42020585(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTGCGCCGACATTA
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SmilChr08G001803 Chr08 NC_080394.1:15210606-15210620promoter 内 2874-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15200018-15209493(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTTGCCGACATTT
SmilChr07G001415 Chr07 NC_080393.1:11013094-11013108promoter 内 2843-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11014252-11015211(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGAGGCCGACATGA
SmilChr05G003493 Chr05 NC_080391.1:46468007-46468021promoter 内 2812-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46469196-46471237(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTTGCCGACACAA
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SmilChr02G005500 Chr02 NC_080388.1:75144464-75144478promoter 内 2765-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 75145700-75149372(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAACGTCGGCACGGG
SmilChr07G002150 Chr07 NC_080393.1:19668741-19668755promoter 内 2678-2692 bp + 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19670064-19670483(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTCGCCGACAGCG