转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 50 / 161 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004080 Chr01 NC_080387.1:59214750-59214761promoter 内 951-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 59217800-59219762(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr03G003991 Chr03 NC_080389.1:58949916-58949927promoter 内 951-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 58952966-58956547(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr07G002532 Chr07 NC_080393.1:24008360-24008371promoter 内 920-931 bp - 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 24011441-24014797(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr05G000039 Chr05 NC_080391.1:185193-185204promoter 内 919-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 178118-182122(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr02G002915 Chr02 NC_080388.1:49470415-49470426promoter 内 903-914 bp + 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 49464290-49467328(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr01G002025 Chr01 NC_080387.1:35805261-35805272promoter 内 897-908 bp + 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 35798954-35802168(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr02G000511 Chr02 NC_080388.1:7058620-7058631promoter 内 874-885 bp + 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7054746-7055504(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr05G002508 Chr05 NC_080391.1:27820721-27820732promoter 内 873-884 bp - 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 27816193-27817604(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr05G002483 Chr05 NC_080391.1:27451472-27451483promoter 内 867-878 bp - 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 27454606-27457074(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr02G003448 Chr02 NC_080388.1:55728601-55728612promoter 内 857-868 bp + 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 55722680-55725468(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr07G003142 Chr07 NC_080393.1:33322404-33322415promoter 内 849-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 33318781-33319263(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr04G002462 Chr04 NC_080390.1:39448759-39448770promoter 内 834-845 bp - 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 39443057-39445603(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr01G003484 Chr01 NC_080387.1:53403365-53403376promoter 内 828-839 bp - 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 53406538-53412592(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr03G003918 Chr03 NC_080389.1:58255313-58255324promoter 内 822-833 bp + 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 58258492-58262037(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr06G001283 Chr06 NC_080392.1:13423327-13423338promoter 内 813-824 bp - 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 13418809-13420150(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr02G003684 Chr02 NC_080388.1:58204883-58204894promoter 内 810-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 58208074-58213277(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr07G000724 Chr07 NC_080393.1:5042426-5042437promoter 内 806-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5037956-5039242(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr03G002225 Chr03 NC_080389.1:35074510-35074521promoter 内 792-803 bp + 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 35068704-35071312(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr02G003811 Chr02 NC_080388.1:59739281-59739292promoter 内 785-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 59735596-59736076(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr08G000870 Chr08 NC_080394.1:6453044-6453055promoter 内 782-793 bp - 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 6449165-6449836(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr02G003731 Chr02 NC_080388.1:58951370-58951381promoter 内 775-786 bp - 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 58942849-58948155(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr01G004377 Chr01 NC_080387.1:61967928-61967939promoter 内 772-783 bp + 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 61971157-61977289(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr01G006185 Chr01 NC_080387.1:77364925-77364936promoter 内 769-780 bp + 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 77359226-77361704(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr07G000036 Chr07 NC_080393.1:164627-164638promoter 内 767-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 160705-161404(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr05G003291 Chr05 NC_080391.1:42998993-42999004promoter 内 756-767 bp + 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 43002238-43004539(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr01G005110 Chr01 NC_080387.1:68888836-68888847promoter 内 739-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 68892098-68897551(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr07G003955 Chr07 NC_080393.1:50107486-50107497promoter 内 725-736 bp - 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 50110762-50116392(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr08G001135 Chr08 NC_080394.1:8917174-8917185promoter 内 708-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 8920467-8922436(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr07G004672 Chr07 NC_080393.1:59669093-59669104promoter 内 703-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 59672391-59672807(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr07G002716 Chr07 NC_080393.1:26615566-26615577promoter 内 681-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 26618886-26619735(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr03G004562 Chr03 NC_080389.1:63557931-63557942promoter 内 677-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 63561255-63565218(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr07G001088 Chr07 NC_080393.1:8004100-8004111promoter 内 672-683 bp + 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7985576-8000782(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr06G003296 Chr06 NC_080392.1:45498952-45498963promoter 内 668-679 bp - 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 45491188-45495630(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
SmilChr01G000568 Chr01 NC_080387.1:11737078-11737089promoter 内 664-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 11740415-11741377(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr01G002235 Chr01 NC_080387.1:38875841-38875852promoter 内 660-671 bp - 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 38879182-38881841(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCTTTTTTGG
SmilChr07G004673 Chr07 NC_080393.1:59676316-59676327promoter 内 646-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 59679671-59688699(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAAGGAA
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