靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00004943-RA_Salv |
SmilChr07G002937 |
MIKC_MADS | XP_057777490.1 |
MP00096 |
CCAAAAATGGAA |
9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 50 / 161 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G004080 |
Chr01 | NC_080387.1:59214750-59214761promoter 内 951-962 bp |
- | 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 59217800-59219762(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr03G003991 |
Chr03 | NC_080389.1:58949916-58949927promoter 内 951-962 bp |
+ | 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 58952966-58956547(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr07G002532 |
Chr07 | NC_080393.1:24008360-24008371promoter 内 920-931 bp |
- | 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 24011441-24014797(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr05G000039 |
Chr05 | NC_080391.1:185193-185204promoter 内 919-930 bp |
- | 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 178118-182122(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr02G002915 |
Chr02 | NC_080388.1:49470415-49470426promoter 内 903-914 bp |
+ | 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 49464290-49467328(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr01G002025 |
Chr01 | NC_080387.1:35805261-35805272promoter 内 897-908 bp |
+ | 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 35798954-35802168(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr02G000511 |
Chr02 | NC_080388.1:7058620-7058631promoter 内 874-885 bp |
+ | 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 7054746-7055504(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr05G002508 |
Chr05 | NC_080391.1:27820721-27820732promoter 内 873-884 bp |
- | 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 27816193-27817604(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr05G002483 |
Chr05 | NC_080391.1:27451472-27451483promoter 内 867-878 bp |
- | 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 27454606-27457074(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr02G003448 |
Chr02 | NC_080388.1:55728601-55728612promoter 内 857-868 bp |
+ | 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 55722680-55725468(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr07G003142 |
Chr07 | NC_080393.1:33322404-33322415promoter 内 849-860 bp |
- | 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 33318781-33319263(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr04G002462 |
Chr04 | NC_080390.1:39448759-39448770promoter 内 834-845 bp |
- | 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 39443057-39445603(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr01G003484 |
Chr01 | NC_080387.1:53403365-53403376promoter 内 828-839 bp |
- | 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 53406538-53412592(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr03G003918 |
Chr03 | NC_080389.1:58255313-58255324promoter 内 822-833 bp |
+ | 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 58258492-58262037(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr06G001283 |
Chr06 | NC_080392.1:13423327-13423338promoter 内 813-824 bp |
- | 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 13418809-13420150(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr02G003684 |
Chr02 | NC_080388.1:58204883-58204894promoter 内 810-821 bp |
+ | 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 58208074-58213277(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr07G000724 |
Chr07 | NC_080393.1:5042426-5042437promoter 内 806-817 bp |
- | 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 5037956-5039242(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr03G002225 |
Chr03 | NC_080389.1:35074510-35074521promoter 内 792-803 bp |
+ | 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 35068704-35071312(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr02G003811 |
Chr02 | NC_080388.1:59739281-59739292promoter 内 785-796 bp |
+ | 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 59735596-59736076(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr08G000870 |
Chr08 | NC_080394.1:6453044-6453055promoter 内 782-793 bp |
- | 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 6449165-6449836(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr02G003731 |
Chr02 | NC_080388.1:58951370-58951381promoter 内 775-786 bp |
- | 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 58942849-58948155(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr01G004377 |
Chr01 | NC_080387.1:61967928-61967939promoter 内 772-783 bp |
+ | 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 61971157-61977289(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr01G006185 |
Chr01 | NC_080387.1:77364925-77364936promoter 内 769-780 bp |
+ | 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 77359226-77361704(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr07G000036 |
Chr07 | NC_080393.1:164627-164638promoter 内 767-778 bp |
- | 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 160705-161404(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr05G003291 |
Chr05 | NC_080391.1:42998993-42999004promoter 内 756-767 bp |
+ | 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 43002238-43004539(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr01G005110 |
Chr01 | NC_080387.1:68888836-68888847promoter 内 739-750 bp |
+ | 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 68892098-68897551(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr07G003955 |
Chr07 | NC_080393.1:50107486-50107497promoter 内 725-736 bp |
- | 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 50110762-50116392(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr08G001135 |
Chr08 | NC_080394.1:8917174-8917185promoter 内 708-719 bp |
+ | 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 8920467-8922436(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGAA |
SmilChr07G004672 |
Chr07 | NC_080393.1:59669093-59669104promoter 内 703-714 bp |
- | 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 59672391-59672807(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCTTTTTTGG |
SmilChr07G002716 |
Chr07 | NC_080393.1:26615566-26615577promoter 内 681-692 bp |
- | 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 26618886-26619735(+) |
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MP00096 |
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SmilChr03G004562 |
Chr03 | NC_080389.1:63557931-63557942promoter 内 677-688 bp |
+ | 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 63561255-63565218(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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SmilChr07G001088 |
Chr07 | NC_080393.1:8004100-8004111promoter 内 672-683 bp |
+ | 3318 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 7985576-8000782(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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SmilChr06G003296 |
Chr06 | NC_080392.1:45498952-45498963promoter 内 668-679 bp |
- | 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 45491188-45495630(-) |
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- | 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 11740415-11741377(+) |
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- | 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 38879182-38881841(+) |
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Chr07 | NC_080393.1:59676316-59676327promoter 内 646-657 bp |
+ | 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 59679671-59688699(+) |
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+ | 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 11301955-11304810(+) |
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+ | 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 42319543-42321569(-) |
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+ | 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.9/ 100 | 1 | 5079450-5080896(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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