转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 51 / 161 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003129 Chr05 NC_080391.1:39914423-39914436promoter 内 1247-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 39917177-39925436(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATGTTGACTTTGT
SmilChr02G002055 Chr02 NC_080388.1:36942856-36942869promoter 内 1158-1171 bp + 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 36945699-36946691(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCTTTGACTTTGA
SmilChr03G003252 Chr03 NC_080389.1:50389629-50389642promoter 内 1158-1171 bp - 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 50392472-50396682(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACATT
SmilChr06G000970 Chr06 NC_080392.1:9421387-9421400promoter 内 1126-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 9415331-9418525(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCGTTGACTCTTT
SmilChr05G002395 Chr05 NC_080391.1:26444295-26444308promoter 内 1125-1138 bp - 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 26440606-26441432(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTTA
SmilChr04G000757 Chr04 NC_080390.1:9248437-9248450promoter 内 1094-1107 bp + 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 9251344-9251850(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACTTACT
SmilChr04G000164 Chr04 NC_080390.1:1480199-1480212promoter 内 1093-1106 bp + 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1483107-1484835(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCTTTGACTTTCT
SmilChr04G002571 Chr04 NC_080390.1:41029387-41029400promoter 内 1091-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 41025984-41026490(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACTTACT
SmilChr05G001701 Chr05 NC_080391.1:16217395-16217408promoter 内 1083-1096 bp + 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16213345-16214490(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr04G003087 Chr04 NC_080390.1:47475500-47475513promoter 内 1072-1085 bp + 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 47471279-47472584(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr01G001066 Chr01 NC_080387.1:22012106-22012119promoter 内 1070-1083 bp + 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 22015037-22016777(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr02G003866 Chr02 NC_080388.1:60625911-60625924promoter 内 1063-1076 bp - 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 60628849-60633566(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAGAA
SmilChr03G002743 Chr03 NC_080389.1:43588141-43588154promoter 内 1062-1075 bp - 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 43591080-43592390(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr04G002569 Chr04 NC_080390.1:41020374-41020387promoter 内 1060-1073 bp - 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 41016942-41017446(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACTTACT
SmilChr03G001537 Chr03 NC_080389.1:19282719-19282732promoter 内 1049-1062 bp + 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 19275888-19279780(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAGAA
SmilChr04G001049 Chr04 NC_080390.1:14965181-14965194promoter 内 1033-1046 bp + 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 14968149-14969550(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACTTACT
SmilChr06G000286 Chr06 NC_080392.1:1958834-1958847promoter 内 1030-1043 bp - 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1961805-1964259(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr03G001433 Chr03 NC_080389.1:17021986-17021999promoter 内 1025-1038 bp - 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 17015322-17019023(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr05G001419 Chr05 NC_080391.1:12837007-12837020promoter 内 1025-1038 bp + 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12829427-12834044(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAGAA
SmilChr07G002106 Chr07 NC_080393.1:19163862-19163875promoter 内 1022-1035 bp - 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 19156201-19160896(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCTTTGACTTTGA
SmilChr01G003413 Chr01 NC_080387.1:52781829-52781842promoter 内 1007-1020 bp + 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 52784823-52784893(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr01G003517 Chr01 NC_080387.1:53779450-53779463promoter 内 991-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53771630-53776453(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr01G003695 Chr01 NC_080387.1:55313376-55313389promoter 内 973-986 bp + 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55305291-55310361(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAAGGTCAACGCC
SmilChr07G004418 Chr07 NC_080393.1:56780976-56780989promoter 内 963-976 bp - 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56773981-56777951(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr01G004999 Chr01 NC_080387.1:68030411-68030424promoter 内 944-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 68025025-68027367(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr01G004337 Chr01 NC_080387.1:61495390-61495403promoter 内 884-897 bp + 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 61489743-61492286(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAGAA
SmilChr06G001245 Chr06 NC_080392.1:12872829-12872842promoter 内 866-879 bp - 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12866229-12869707(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCGTTGACTTAAT
SmilChr01G000280 Chr01 NC_080387.1:5523416-5523429promoter 内 836-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 5517309-5520264(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGATAGTCAACGGT
SmilChr02G000098 Chr02 NC_080388.1:1276861-1276874promoter 内 816-829 bp - 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1271452-1273689(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCGTTGACTATCT
SmilChr03G002988 Chr03 NC_080389.1:46703359-46703372promoter 内 806-819 bp - 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 46706554-46707518(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAGAA
SmilChr07G004620 Chr07 NC_080393.1:59018322-59018335promoter 内 782-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 59011004-59015116(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAGAA
SmilChr07G001465 Chr07 NC_080393.1:11486823-11486836promoter 内 777-790 bp + 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 11490047-11497428(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr02G001963 Chr02 NC_080388.1:35457713-35457726promoter 内 711-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 35451519-35454436(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr04G001356 Chr04 NC_080390.1:22047462-22047475promoter 内 708-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 22040387-22044182(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACAAG
SmilChr02G005295 Chr02 NC_080388.1:73921601-73921614promoter 内 682-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 73924920-73927227(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAGAA
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