转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 54 / 160 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000081 Chr02 NC_080388.1:1076263-1076273promoter 内 1320-1330 bp + 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 1058039-1073592(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTG
SmilChr01G002352 Chr01 NC_080387.1:40669401-40669411promoter 内 1244-1254 bp - 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 40672158-40675127(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTG
SmilChr02G001237 Chr02 NC_080388.1:22744949-22744959promoter 内 1241-1251 bp + 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 22747709-22748731(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAC
SmilChr06G000652 Chr06 NC_080392.1:5758552-5758562promoter 内 1235-1245 bp + 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 5754538-5755796(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GGAAACGGTTA
SmilChr03G003322 Chr03 NC_080389.1:51455797-51455807promoter 内 1233-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 51458565-51460118(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTG
SmilChr01G002656 Chr01 NC_080387.1:44843907-44843917promoter 内 1229-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 44841020-44841145(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCTTACGGTTA
SmilChr04G001818 Chr04 NC_080390.1:29678984-29678994promoter 内 1197-1207 bp + 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 29681788-29683348(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTATC
SmilChr01G000281 Chr01 NC_080387.1:5524871-5524881promoter 内 1147-1157 bp + 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 5521374-5522027(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTG
SmilChr04G001048 Chr04 NC_080390.1:14907241-14907251promoter 内 1123-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 14910119-14910960(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GATAACGGTTA
SmilChr03G002890 Chr03 NC_080389.1:45574435-45574445promoter 内 1013-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 45569144-45571457(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTG
SmilChr04G003326 Chr04 NC_080390.1:49993482-49993492promoter 内 1006-1016 bp - 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 49982175-49990497(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAGC
SmilChr01G001414 Chr01 NC_080387.1:27733654-27733664promoter 内 938-948 bp + 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 27727711-27730601(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTG
SmilChr01G002004 Chr01 NC_080387.1:35547490-35547500promoter 内 928-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 35540745-35544427(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GATAACGGTTA
SmilChr05G001116 Chr05 NC_080391.1:9317308-9317318promoter 内 872-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 9312383-9314189(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAGC
SmilChr01G002655 Chr01 NC_080387.1:44843907-44843917promoter 内 870-880 bp + 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 44840703-44840786(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCTTACGGTTA
SmilChr05G001391 Chr05 NC_080391.1:12468377-12468387promoter 内 767-777 bp - 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 12463256-12465153(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTTCC
SmilChr03G000325 Chr03 NC_080389.1:3730170-3730180promoter 内 761-771 bp + 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 3725567-3726940(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GATAACGGTTA
SmilChr02G001823 Chr02 NC_080388.1:33164341-33164351promoter 内 749-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 33158274-33161099(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAC
SmilChr01G002654 Chr01 NC_080387.1:44843907-44843917promoter 内 734-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 44840508-44840650(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GCTTACGGTTA
SmilChr01G001315 Chr01 NC_080387.1:26141921-26141931promoter 内 513-523 bp - 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 26137011-26138443(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAC
SmilChr03G002607 Chr03 NC_080389.1:41468992-41469002promoter 内 504-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 41461111-41465505(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAC
SmilChr05G003822 Chr05 NC_080391.1:51619243-51619253promoter 内 492-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 51614224-51615744(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAC
SmilChr02G001865 Chr02 NC_080388.1:33880748-33880758promoter 内 482-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 33884267-33884842(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GATAACGGTTA
SmilChr04G000269 Chr04 NC_080390.1:2457558-2457568promoter 内 464-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 2461095-2498487(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAC
SmilChr08G002459 Chr08 NC_080394.1:23407385-23407395promoter 内 454-464 bp - 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 23410932-23411907(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTG
SmilChr07G001636 Chr07 NC_080393.1:13773932-13773942promoter 内 368-378 bp + 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 13768909-13770309(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTG
SmilChr04G002434 Chr04 NC_080390.1:38992742-38992752promoter 内 334-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 38983845-38989085(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAC
SmilChr02G000886 Chr02 NC_080388.1:15263117-15263127promoter 内 326-336 bp + 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 15266792-15267130(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAC
SmilChr06G000726 Chr06 NC_080392.1:6685660-6685670promoter 内 325-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 6689336-6691770(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTATC
SmilChr07G003692 Chr07 NC_080393.1:44458013-44458023promoter 内 287-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 44449679-44454309(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAC
SmilChr07G003691 Chr07 NC_080393.1:44440099-44440109promoter 内 237-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 44433640-44436345(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAC
SmilChr03G003903 Chr03 NC_080389.1:58136492-58136502promoter 内 228-238 bp - 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 58131016-58132729(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAGC
SmilChr02G002624 Chr02 NC_080388.1:45566639-45566649promoter 内 193-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 45558756-45562841(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTTTACGGTTG
SmilChr04G001898 Chr04 NC_080390.1:31005158-31005168promoter 内 193-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 31008966-31011243(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTATC
SmilChr01G001097 Chr01 NC_080387.1:22468519-22468529promoter 内 162-172 bp + 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 22464592-22464690(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GATAACGGTTA
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