转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 54 / 135 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003734 Chr02 NC_080388.1:58974804-58974818promoter 内 2672-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 58971007-58973489(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGAAATAA
SmilChr01G002549 Chr01 NC_080387.1:43592106-43592120promoter 内 2516-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 43593591-43603703(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGTCCTTATCCGT
SmilChr03G000168 Chr03 NC_080389.1:1837624-1837638promoter 内 2391-2405 bp + 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 1839234-1840592(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTACTTCTTATCCAA
SmilChr02G000236 Chr02 NC_080388.1:3020557-3020571promoter 内 694-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 3016743-3017264(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTGATT
SmilChr02G002282 Chr02 NC_080388.1:40305812-40305826promoter 内 501-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 40299572-40302326(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGACAGC
SmilChr03G000875 Chr03 NC_080389.1:9939901-9939915promoter 内 3933-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 9939969-9943944(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATTATTATCCTC
SmilChr01G003386 Chr01 NC_080387.1:52540870-52540884promoter 内 3391-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 52539216-52540274(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATAATAAT
SmilChr02G002314 Chr02 NC_080388.1:40764101-40764115promoter 内 3325-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 40754457-40763439(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGGACGTC
SmilChr02G001898 Chr02 NC_080388.1:34275933-34275947promoter 内 3311-3325 bp - 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 34271505-34275257(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATTATTATCCTC
SmilChr02G004257 Chr02 NC_080388.1:64782403-64782417promoter 内 3257-3271 bp - 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 64783147-64783219(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGGACGTC
SmilChr03G000910 Chr03 NC_080389.1:10430181-10430195promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 10430941-10432728(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGTCCTTATCCGT
SmilChr02G000617 Chr02 NC_080388.1:8990322-8990336promoter 内 3059-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 8986416-8989394(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCCGCCTTATCCTT
SmilChr01G000847 Chr01 NC_080387.1:18313576-18313590promoter 内 3026-3040 bp + 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 18314551-18321642(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGCATCTTATCCTT
SmilChr02G004832 Chr02 NC_080388.1:70436374-70436388promoter 内 2810-2824 bp - 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 70431909-70435197(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGTTCTTATCCTC
SmilChr02G000469 Chr02 NC_080388.1:6344881-6344895promoter 内 2643-2657 bp - 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 6341401-6343537(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGCCATCTTATCCAT
SmilChr01G000787 Chr01 NC_080387.1:17137800-17137814promoter 内 2391-2405 bp + 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 17139410-17140768(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTACTTCTTATCCAA
SmilChr02G005293 Chr02 NC_080388.1:73917758-73917772promoter 内 2182-2196 bp + 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 73915211-73915953(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGCTCGAC
SmilChr03G000730 Chr03 NC_080389.1:8216960-8216974promoter 内 2081-2095 bp - 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 8212387-8215054(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTAACATTATCCTA
SmilChr02G000305 Chr02 NC_080388.1:3845661-3845675promoter 内 1949-1963 bp + 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 3847713-3851771(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCATCCTTATCACA
SmilChr03G000819 Chr03 NC_080389.1:9392294-9392308promoter 内 1362-1376 bp + 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 9386835-9389669(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGAATAC
SmilChr03G000072 Chr03 NC_080389.1:898207-898221promoter 内 1349-1363 bp + 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 900859-911088(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGACTTCTTATCCTA
SmilChr02G001217 Chr02 NC_080388.1:22374673-22374687promoter 内 1230-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 22370932-22371916(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGACCAG
SmilChr03G000911 Chr03 NC_080389.1:10430181-10430195promoter 内 1055-1069 bp + 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 10433127-10435931(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGTCCTTATCCGT
SmilChr02G002334 Chr02 NC_080388.1:41038441-41038455promoter 内 1004-1018 bp - 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 41031885-41035458(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAACCCTTATCCCC
SmilChr02G003454 Chr02 NC_080388.1:55821642-55821656promoter 内 847-861 bp + 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55824796-55826600(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAATCCTTATCTGA
SmilChr01G005566 Chr01 NC_080387.1:72460575-72460589promoter 内 603-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 72451656-72457191(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTCCCTTATCCAA
SmilChr02G000270 Chr02 NC_080388.1:3483025-3483039promoter 内 504-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 3486522-3489421(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGTCTTT
SmilChr01G003013 Chr01 NC_080387.1:49165191-49165205promoter 内 222-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 49168970-49169650(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCAGCCTTATCTTT
SmilChr01G001456 Chr01 NC_080387.1:28254124-28254138promoter 内 204-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 28243438-28250341(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGAATATT
SmilChr02G001962 Chr02 NC_080388.1:35409133-35409147promoter 内 172-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 35402068-35405318(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTAGAA
SmilChr01G001411 Chr01 NC_080387.1:27701771-27701785promoter 内 136-150 bp - 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 27705636-27708347(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAAGCA
SmilChr01G001796 Chr01 NC_080387.1:32820981-32820995promoter 内 135-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 32824847-32825280(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGAAACT
SmilChr01G001329 Chr01 NC_080387.1:26464020-26464034promoter 内 3935-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 26464086-26473494(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTTTTCTTATCCAA
SmilChr01G000786 Chr01 NC_080387.1:17137800-17137814promoter 内 3774-3788 bp + 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 17138027-17138815(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTACTTCTTATCCAA
SmilChr03G000872 Chr03 NC_080389.1:9908597-9908611promoter 内 3750-3764 bp + 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9908848-9909798(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGACTTCTTATCCTA
SmilChr01G000148 Chr01 NC_080387.1:2549074-2549088promoter 内 3695-3709 bp - 292 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2548627-2548782(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGTACCTTATCATT
SmilChr02G000901 Chr02 NC_080388.1:15472249-15472263promoter 内 3659-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 15472591-15473370(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTACTTCTTATCCAA
SmilChr02G003888 Chr02 NC_080388.1:60975582-60975596promoter 内 3611-3625 bp - 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60960018-60975206(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGTCCTTATCCGT
SmilChr01G002506 Chr01 NC_080387.1:42939973-42939987promoter 内 3585-3599 bp - 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 42935463-42939571(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATACTCCTTATCATC
SmilChr02G001060 Chr02 NC_080388.1:18840996-18841010promoter 内 3384-3398 bp + 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 18841613-18842665(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATATCATTATCCTA
SmilChr02G001087 Chr02 NC_080388.1:19496163-19496177promoter 内 3336-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 19496828-19501964(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAACCCTTATCCAT
SmilChr01G000147 Chr01 NC_080387.1:2549074-2549088promoter 内 3311-3325 bp - 676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2545090-2548398(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGTACCTTATCATT
SmilChr01G001448 Chr01 NC_080387.1:28182194-28182208promoter 内 3203-3217 bp + 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28179537-28181410(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGATCTTC
SmilChr01G001956 Chr01 NC_080387.1:34840515-34840529promoter 内 3159-3173 bp + 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34837638-34839687(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCAGATAAGGAACAT
SmilChr02G000284 Chr02 NC_080388.1:3637654-3637668promoter 内 3107-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3635326-3636774(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGACTTCTTATCCTA
SmilChr02G001009 Chr02 NC_080388.1:17843591-17843605promoter 内 3102-3116 bp - 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 17841831-17842706(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGACTTCTTATCCTA
SmilChr01G005844 Chr01 NC_080387.1:74424115-74424129promoter 内 3087-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 74421859-74423215(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGTGTGG
SmilChr03G000850 Chr03 NC_080389.1:9690493-9690507promoter 内 3085-3099 bp - 902 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9688500-9689591(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGACTTCTTATCCTA
SmilChr03G002033 Chr03 NC_080389.1:30520601-30520615promoter 内 3079-3093 bp + 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 30521523-30522614(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGACTTCTTATCCTA
SmilChr01G005814 Chr01 NC_080387.1:74138288-74138302promoter 内 3071-3085 bp + 916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 74139218-74141307(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAACCCTTATCCAT